Discussion :

[jemore]

Bonjour,

Je voudrais obtenir toutes les solutions possibles pour une expression régulière mais je suis confronté à une sélection des matchs qui se fait par défaut avec java.
Pour être plus clair voici un exemple :
Expression régulière = Pattern.compile("atg.{10,15}.gt");
Je l'utilise avec la séquence suivante : atgagaaagagatctgtgtaat
j'obtiens une seule solution alors qu'il y en a deux !!
Solution Java : atgagaaagagatctgtgt
Manque la solution : atgagaaagagatctgt
J'ai entendu parler d'autres types de quantificateurs (=>avide = celui que j'utilise dans mon exemple) comme les quantificateurs réticents("{10,15}?") et possessif ("{10,15}+"). Mais l'un me donne le match le plus court (atgagaaagagatctgtgt ) mais pas le match le plus long (atgagaaagagatctgtgtaat) et l'autre ne convient pas non plus.

Y a-t-il une manière de procéder pour obtenir toutes les solutions de mon expression régulière ?

merci à l'avance pour vos réponses.

[sozie9372]

Oula ! T'es faché ? lol
Tiens, tu peux peut être essayer un truc comme ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public static String[] containsPattern(String pattern, String s) {
		Matcher mat = Pattern.compile(pattern, Pattern.DOTALL).matcher(s);
		if (mat.find()) {
			String[] results = new String[mat.groupCount()];
			for (int i = 0; i <= mat.groupCount(); i++) {
				if (mat.group(i) != null)
					results[i] = mat.group(i);
				else
					results[i] = new String("");
			}
			return results;
		} else {
			return null;
		}
	}

[le y@m's]

Tu peus simplifier

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public static String[] containsPattern(String pattern, String s) {
    Matcher mat = Pattern.compile(pattern, Pattern.DOTALL).matcher(s);
    List<String> results = new ArrayList<String>();
    while (mat.find()) {
         results.add(mat.group());
    }
    return results.toArray(new String[results.size()]);
}

[jemore]

sozie9372 a écrit :

Oula ! T'es faché ? lol

non non ça va, j'ai pris mes pillules roses ce matin...

Je pense que je n'ai pas été assez clair dans mon explication. Enfin de compte je ne cherche pas à retrouver des groupes dans mon expression régulière mais des matchs. Il m'est impossible de déterminer à l'avance où se trouverons les motifs qui pourront se trouver entre les bornes {10,15} donc les groupes ne peuvent pas être déterminés.
La solution serait de prendre la plus courte séquence qui match avec le quantificateur réticent "{10,15}?" puis ensuite de d'augmenter mon début d'interval au niveau de la fin du match (premier "gt") par exemple {14,15}? et ainsi de suite jusqu'à ce qu'il n'y ai plus de solutions.

Je suis pas sûr d'être bien clair. Si vous avez des questions n'hésitez pas.

[petitpasdelune]

Pour les expressions régulières je ne peux que te conseiller d'utiliser PERL si ce n'est que pour ça. Si tu utilises la recherche de motifs dans le cadre d'une appli de bioinfo, alors il existe toujours l'API BioJAVA (http://www.biojava.org)

PPDL.

PS : je sais, je n'ai toujours pas répondu à ta question
PS : je ne suis pas sûr que BioJAVA t'apporte de l'aide