Discussion :

[guiillaume63]

Bonjour,

J'ai un fichier qui est formatter comme cela :

rs# SNPalleles chrom pos strand genome_build center protLSID assayLSID panelLSID QC_code NA06985 NA06991 NA06993 NA06994 NA07000 NA07019 NA07022 NA07029 NA07034 NA07048 NA07055 NA07056 NA07345 NA07348 NA07357 NA10830 NA10831 NA10835 NA10838 NA10839 NA10846 NA10847 NA10851 NA10854 NA10855 NA10856 NA10857
J'aimerai faire une expression régulière pour récupérer TOUTES les références NA...., le problème c'est que tout mes fichiers n'ont pas le même nombre de référence. Comment puis je faire pour faire un truc du genre tant qu'il y a NA\d* récupere moi ces valeurs??

Merci de votre aide

[Jim_Nastiq]

je te reponds vite fait, mais d'instinct je ferais un truc dans le genre ...(mon instinct a souvent mauvais instinct )

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while(<FILE>)
{
  if( $_ =~ /NA[0-9][0-9][0-9][0-9][0-9]/)
  {
    $liste .= NA.$1.$2.$3.$4.$5;
  }
}

si ca peut au moins t'orienter...

[guiillaume63]

Et ben en fait tu doit pas avoir compris ce que je voulais dire. Désolé j'ai du mal m'exprimer.
La avec ton expression régulière tu récupère qu'une référence NA.... mais moi je voudrait mettre dans un tableau toutes mes références NA.... . La dans mon exemple il y a 27 références.

Merci

[lami20j]

Salut,

Bonjour,

J'ai un fichier qui est formatter comme cela :

rs# SNPalleles chrom pos strand genome_build center protLSID assayLSID panelLSID QC_code NA06985 NA06991 NA06993 NA06994 NA07000 NA07019 NA07022 NA07029 NA07034 NA07048 NA07055 NA07056 NA07345 NA07348 NA07357 NA10830 NA10831 NA10835 NA10838 NA10839 NA10846 NA10847 NA10851 NA10854 NA10855 NA10856 NA10857
J'aimerai faire une expression régulière pour récupérer TOUTES les références NA...., le problème c'est que tout mes fichiers n'ont pas le même nombre de référence. Comment puis je faire pour faire un truc du genre tant qu'il y a NA\d* récupere moi ces valeurs??

Merci de votre aide

Si après NA tu as que des chiffres

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use warnings;use strict;
 
my @na = grep { /NA\d{5}/ } `cat fichier.txt`;

lami20j

[pospos]

la il les concatene dans une chaine
si tu les veux dans un tableau il suffit que tu les y push
apres le probleme avec l'exemple donné c'est qu'il ne choppe qu'une seul NA par ligne (et si ca se trouve tout est sur la meme ligne dans ton fichier...)

(et en plsu enf ait il ne faisait pas de capture, mais bon c'est le principe)

EDIT: je ne parle pas de la solution de l'ami lami, mais de la premiere reponse

tu peux faire ca (non testé) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open(my $fh, '<', $file) or die $!;
my $content = do {local $/; <$fh>}; # slurp
close $fh;
my @liste = $content =~ /\b(NA\d{5})\b/g;
print join("\n", @liste);

[guiillaume63]

Oui tout a fait, toutes mes références sont sur une même ligne donc cela ne marche pas

[pospos]

le bout de code que je t'ai fillé il doit marcher normalement

[guiillaume63]

Et ben cela m'écrit rien dans ma console.
Je test un truc dans ce genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@ref =();
@ref = $_ =~ /(NA\d+)/g;
while (@ref){print @ref;}

Mais c'est pas encore cela.

Merci de votre aide cela fait plaisir....

[guiillaume63]

Si c'est bon cela marche .
La boucle while n'est pas utile.
Quand je fait un print @ref, j'ai toutes mes références.

Merci

[pospos]

bizare, je viens de tester chez moi, en mettant l'exemple de fichier source que tu a donné dans un fichier, a ca marche nikel

[guiillaume63]

Oui tout a fait , j'avais fait une erreur dans mon copier coller, désolé.
Merci de votre aide, c'est sympas.

[lami20j]

Salut,

Salut,Si après NA tu as que des chiffres

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use warnings;use strict;
 
my @na = grep { /NA\d{5}/ } `cat fichier.txt`;

lami20j

Corréction de ma version (mea culpa )

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
#
use warnings;use strict;
 
my @na = grep { /\bNA/ } split /\s+/,`cat fichier.txt`;
print @na+0,"\n";

lami20j