Discussion :

[J-r_R]

Bonjour,

j'ai une table (en fait une requête) dans la quelle sont enregistrés des séquences de protéines similaires (HLA-A, B et C), codées par plusieurs gènes ; plus précisément les Acides aminés (AA représenté par un code à une lettre) présents à différentes positions (le 5ème AA, 7 ème, 9ème...) pour chaque protéine (3 différentes) et chaque allèle (2 par protéine) de plusieurs personnes (identifiées par un Code_Patient).
Je voudrais compter pour chaque personne le nombre d'AA différents à chaque position sur l'ensemble des 6 séquences protéiques...

Code_Patient	HLA	Allele		5	7	9	24	34
IG-01-001	A	1		M	Y	F	A	V
IG-01-001	A	2		M	Y	S	A	V
IG-01-001	B	1		M	Y	Y	A	V
IG-01-001	B	2		M	Y	H	T	V
IG-01-001	C	1		M	Y	Y	A	V
IG-01-001	C	2		M	Y	D	S	V
IG-01-002	A	1		M	Y	Y	A	V
IG-01-002	A	2		M	Y	S	A	V
IG-01-002	B	1		M	Y	Y	T	V
IG-01-002	B	2		M	Y	H	T	V
IG-01-002	C	1		M	Y	Y	A	V
IG-01-002	C	2		M	Y	Y	A	V

Je commence donc par un GROUP by pour regrouper les Code_Patient
Et je mets dans SELECT un count distinct sur chaque variable représentant une position d'AA (5 ; 7 ; 9 ...)

en vue d'obtenir le résultat suivant :

Code_Patient	DivAA_5	DivAA_7	DivAA_9	DivAA_24	DivAA_34
IG-01-001	1	1	5	3	1
IG-01-002	1	1	3	2	1

Code :

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SELECT Rq_CMH1_Phe.Code_Patient, Count(distinct (Rq_CMH1_Phe.[5])) AS DivAA_5, Count(distinct (Rq_CMH1_Phe.[7])) AS DivAA_7, Count(distinct (Rq_CMH1_Phe.[9])) AS DivAA_9
FROM Rq_CMH1_Phe
GROUP BY Rq_CMH1_Phe.Code_Patient;

j'obtiens le message d'erreur suivant : fonction "distinct" non définie dans l'expression
Je sais pour l'avoir vue sur un tutoriel de ce forum que cette fonction existe en SQL (la syntaxe était un peu différente, mais produisait une "erreur de syntaxe"...) , mais peut-être n'est elle pas prise en charge par Access 2013..?
Merci d'avance à tous ceux qui pourront m'aider à résoudre ou contourner ce problème !!

[marot_r]

Bonjour.

Autant que je sache Access est SQL 92 compatible (et n'a pas change recement) et Count Distinct ne fait pas parti de son vocabulaire.

La meilleur facon de le faire selon moi est de faire une requete de regroupement et de faire le comptage sur cette requete.
Et avec l'editeur de SQL vraiment basique de Access, je ne te recommande pas les requetes imbriquees non plus.
Tu peux utiliser DCount() sur cette requete, quelque chose comme DCount("[5]", "TaRequeteRegroupement", "[Code_Patient]=""" & [Rq_CMH1_Phe].[Code_Patient] & """").
Ou

• Code_Patient est suppose alphanumerique.
  Si le code n'est pas un champ texte, ne pas mettre les "".
• TaRequeteRegroupement est le nom de ta requete qui te donne les valeurs uniques.

A+

[J-r_R]

MERCI !

ça veut dire qu'il faut faire une requête pour chaque colonne ? Il y en a 54... et après les regrouper dans une nouvelle table (J'envisageais de faire la même chose sur d'autres variables, donc à multiplier par 3 ou 4 !)
Et pas d'espoir qu'une version plus récente améliore ce point selon toi
Va me falloir beaucoup de temps ou alors je renonce à ce projet en attendant de maitriser un autre SGBD.

[marot_r]

Bonjour.

Et pas d'espoir qu'une version plus récente améliore ce point selon toi

Non, j'ai la version 2016 et COUNT DISTINCT n'est pas dedans.

Code :

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 Va me falloir beaucoup de temps ou alors je renonce à ce projet en attendant de maitriser un autre SGBD.

Tu peux aussi, perso je recommanderai MS SQL Express Edition, presque toute la puissance de MS SQL Server, le prix : 0$.
Plus complique toute fois a maitriser et installer que Access.

Il y en a 54

Tu ne peux pas faire un select TesValeurs group by TesValeur from TaSource ?
Peut-etre peux-tu repenser la facon dont tu traites tes donnees pour avoir tes valeurs en colonne plutot qu'en ligne.
Access comme la plus part des BD prefere avoir :

• Clef, Valeur1
• Clef, Valeur2
• Clef, Valeur3

que

• Clef, Valeur1, Valeur2, Valeur3.

Si non, je te suggere de faire une function VBA dans ce cas, ca peut etre un peu long a l'execution mais tu n'auras a l'ecrire qu'une fois.

Code :

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public function CountDistinct(prmNomChamp as string, prmCritere as string) as long
   dim result as long
   dim SQL as string
   SQL = "Select [" & prmNomChamp & "] from [Rq_CMH1_Phe]"
   SQL = SQL & " Group By [" & prmNomChamp & "]"
   dim db as dao.database:set db=current
   dim r as dao.recordset : set r=db.openrecordset(SQl, dbOpenSnapshot)
 
   if r.recordcount <> 0 then
      r.movelast 'Force le comptage des enregistrements
   end if
 
   result=r.recordcount
 
   r.close: set r=nothing
   db.close:set db=nothing
 
   CountDistinct=0
end function

s'utilise :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

SELECT Rq_CMH1_Phe.Code_Patient, CountDistinct("5", "[Code_Patient]=""" & [Rq_CMH1_Phe].[Code_Patient] & """") AS DivAA_5 ...

On doit pouvoir tout faire avec du SQL au lieu du melange SQL / DAO mais cela ne me vient pas.

Autre possibilite est d'utiliser du VBA pour creer les X requetes dont tu as besoin.
Une fois crees, tu n'as plus qu'a les utiliser.

Enfin derniere possibilite qui me vient, faire tes stats en Excel qui est vraiment bon a "cruncher" des donnees.
Tu gardes Access pour la facilite a gerer des infos de qualite.
Tu fais tes presentations, stats et calculs dans Excel en te basant sur les donnees contenues dans Access.

A+

[J-r_R]

Ta solution de créer la fonction en VBA me paraît la plus élégante et la plus efficace (elle me re-servira !!)
Je vais voir si j'arrive à la mettre en oeuvre : j'ai l'impression que tu m'as donné toutes les info, mais j'avoue que j'ai encore jamais utilisé VBA dans Access...

Mille merci à toi !!!!!

[marot_r]

Je pense que oui, mais il m'arrive de faire des elypses car c'est "evident" quand tu en fait depuis 20 ans.

N'ehsite pas a demander des details si besoin.

A+

[J-r_R]

Bonjour,

Je m'en sortais pas avec le code VBA... Finalement j'ai suivi ton premier conseil :

Tu ne peux pas faire un select TesValeurs group by TesValeur from TaSource ?
Peut-être peux-tu repenser la facon dont tu traites tes donnees pour avoir tes valeurs en colonne plutot qu'en ligne.
Access comme la plus part des BD prefere avoir :

• Clef, Valeur1
• Clef, Valeur2
• Clef, Valeur3

que

• Clef, Valeur1, Valeur2, Valeur3.

J'ai repris la structure de ma table que j'ai transformée pour avoir

Code_Patient	HLA	Allele		Position	AA
IG-01-001	A	1		M	5	M
IG-01-001	A	1		M	7	Y
IG-01-001	A	1		M	9	F
IG-01-001	A	1		M	24	A
IG-01-001	A	2		M	5	M
IG-01-001	A	2		M	7	Y
IG-01-001	A	2		M	9	S
IG-01-001	A	2		M	24	A
IG-01-001	B	1		M	5	M
IG-01-001	B	1		M	7	Y
IG-01-001	B	1		M	9	Y
IG-01-001	B	1		M	24	A

, ce qui est sans doute plus "propre"; et me permet de faire très simplement une première requête avec GROUP BY Code_Patient, HLA, Allele, Position, AA.
Et une seconde avec GROUP BY Code_Patient, HLA, Allele, Position et un SELECT count(AA).
Qui me donne exactement ce que je voulais !!!

De plus ça simplifiera d'autres requêtes que je dois faire dessus...

MERCI encore pour ton aide.