Le mieux serait que tu ouvres un fichier dans ton script Perl, que tu y inscrives la valeur de PK, et que tu refermes le fichier. Je n'ai plus la syntaxe en tête, mais ça se trouve facilement (sans doute dans la FAQ, ou alors via Google).
Mais tu peux aussi simplement écrire la valeur de PK sur la sortie standard, et utiliser les opérateurs de redirections Unix pour stocker le résultat dans ton fichier.
Si tu veux récupérer la valeur la plus élevée de ta colonne, le mieux est de laisser faire ton SGBD, avec par exemple une requête SQL du genre :
SELECT max(pk_nom_de_table) FROM nom_de_table;
Si tu as créé un fichier qui ne contient que la valeur du PK, et que tu veux le lire, ou l'utiliser dans un script shell, tu peux utiliser :
ma_var=`cat nom_du_fichier`
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