Oui il y a un moyen, il faut modifier la base de registre pour spécifier/modifier une application associée à une extension.
Dans ton cas il s'agit de la valeur par défault de la clé
HKEY_CLASSES_ROOT\jarfile\shell\open\command
qui normalement doit valoir
"C:\Program Files\Java\jre1.5.0_07\bin\javaw.exe" -jar "%1" %*
ou quelque chose de similaire. Il te suffit de remplacer javaw par java.
Attention, car maintenant à chaque fois que tu exécutera un jar, il le sera avec la commande java et pas javaw et tu aura donc une fenêtre de ligne de commande qui s'ouvrira systématiquement même pout les applications "graphiques".
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