Pour répondre à la question initiale :
$output = shell_exec("./monscript.sh");
Ceci étant dit , il peut y'avoir des problèmes de permissions, puisque c'est l'utilisateur qui exécute apache qui va exécuter le script (en général www-data) et c'est généralement un compte assez limité justement pour éviter des problèmes de sécurité.
Au delà de ca si les traitement sur les images ne sont "que" des redimensionnement simple , il serait probablement plus judicieux de les faire en PHP pour entre autre traiter facilement les erreurs. Avec un retour de script c'est bien plus fastidieux.
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