visualiser fichier grib

**DiverSIG** · 27/05/2024, 14h17

Bonjour,

J'essaie de visualiser un fichier grib avec matplotlib.

J'ai installé matplotlib, eccodes, cfgrib et ecmwflibs

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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grib = xr.open_dataset(self.file, engine="cfgrib")
 
ds = grib.isel(step=0, heightAboveGround=0)
temperature = ds['dpt']
print(temperature.shape)
print(type(temperature))

Résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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(601, 801)
<class 'xarray.core.dataarray.DataArray'>

Mais quand je veut afficher les données graphiquement avec matplotlib, je fais temperature.plot(), j'ai l'erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ECCODES ERROR   :  JPEG support not enabled. Please rebuild with -DENABLE_JPG=ON

Pourquoi il cherche le support jpeg, alors je passe une instruction de matplotlib?
comment résoudre le problème?

Merci,
Nico

**jurassic pork** · 28/05/2024, 07h07

hello,

pour pouvoir t'aider , il va falloir que tu nous donnes plus d'infos :
1 - Sous quel O.S es tu ?
2 - Quelle est ta version de python ? les versions des modules utilisés ?
3 - Quel est ton code complet.

Moi avec ce code sous windows 11 python 3.10 eccodes 1.7.0 ecmwflibs 0.6.3 cfgrib 0.9.12 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import xarray as xr
import matplotlib.pyplot as plt
import cartopy.crs as ccrs
import cartopy
ds = xr.open_dataset("d:/temp/era5-2mt-2019-03-uk.grib", engine="cfgrib")
ds = ds - 273.15
fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
ax = plt.axes(projection=ccrs.Robinson())
ax.coastlines(resolution="10m")
plot = ds.t2m[0].plot(
    cmap=plt.cm.coolwarm, transform=ccrs.PlateCarree(), cbar_kwargs={"shrink": 0.6}
)
plt.title("ERA5 - 2m temperature British Isles March 2019")
plt.show()

cela fonctionne et j'obtiens ceci :
Nom : BritishGrib.png
Affichages : 76
Taille : 84,9 Ko

Ami calmant, J.P

**DiverSIG** · 28/05/2024, 08h06

Bonjour,

Je suis sous Windows 10, avec les mêmes versions de eccodes, ecmwflibs et cfgrib, et cartopy version 0.23.0, et Python 3.11.

Quand je lance le code, j'ai l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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mypath\Tests python\format grib2\python\venv\Lib\site-packages\cartopy\io\__init__.py:241: DownloadWarning: Downloading: https://naturalearth.s3.amazonaws.com/10m_physical/ne_10m_coastline.zip
  warnings.warn(f'Downloading: {url}', DownloadWarning)

Si je supprime l'affichage des coastlines, j'ai bien la carte qui s'affiche.

Concernant mes données, je teste des jeux de données météo france, téléchargeables ici (modèle Arome)
Quand je check mon jeu de données, j'ai ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<xarray.Dataset> Size: 2GB
Dimensions:            (step: 6, heightAboveGround: 24, latitude: 601,
                        longitude: 801)
Coordinates:
    time               datetime64[ns] 8B ...
  * step               (step) timedelta64[ns] 48B 07:00:00 08:00:00 ... 12:00:00
  * heightAboveGround  (heightAboveGround) float64 192B 20.0 35.0 ... 3e+03
  * latitude           (latitude) float64 5kB 53.0 52.98 52.95 ... 38.03 38.0
  * longitude          (longitude) float64 6kB -8.0 -7.975 -7.95 ... 11.98 12.0
    valid_time         (step) datetime64[ns] 48B ...
Data variables:
    z                  (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    tke                (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    clwc               (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    crwc               (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    cswc               (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    ciwc               (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    cc                 (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    q                  (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
    dpt                (step, heightAboveGround, latitude, longitude) float32 277MB ...
Attributes:
    GRIB_edition:            2
    GRIB_centre:             lfpw
    GRIB_centreDescription:  French Weather Service - Toulouse
    GRIB_subCentre:          0
    Conventions:             CF-1.7
    institution:             French Weather Service - Toulouse
    history:                 2024-05-28T07:52 GRIB to CDM+CF via cfgrib-0.9.1...

J'essaie d'afficher les données de la variable dpt, avec step=0 (07:00:00), et heightAboveGround=0 (20.0)
mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    ds = xr.open_dataset(myfile, engine="cfgrib")
    fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
    ax = plt.axes(projection=ccrs.Robinson())
    plot = ds.dpt[0][0].plot(
       cmap=plt.cm.coolwarm, transform=ccrs.PlateCarree(), cbar_kwargs={"shrink": 0.6}
    )
    plt.show()

... et j'ai toujours la même erreur.

Nico

**DiverSIG** · 28/05/2024, 11h17

Le problème était déjà identifié en 2019. cf. ici et ici

quid de la solution?

Nico

**jurassic pork** · 28/05/2024, 11h39

moi je n'ai pas d'erreur d'affichage avec ce code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import xarray as xr
import matplotlib.pyplot as plt
import cartopy.crs as ccrs
import cartopy
ds = xr.open_dataset("d:/temp/aromeAntille.grib", engine="cfgrib")
print(ds)
fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
ax = plt.axes(projection=ccrs.Robinson())
ax.coastlines(resolution="10m")
plot = ds.t[0].plot(
    cmap=plt.cm.coolwarm, transform=ccrs.PlateCarree(), cbar_kwargs={"shrink": 0.6}
)
plt.title("ANTIL__0025__HP1__000H__2024-05-27T00_00_00Z ")
plt.show()

il utilise le fichier arom-om-ANTIL__0025__HP1__000H__2024-05-27T00_00_00Z.grib2

<xarray.Dataset> Size: 120MB
Dimensions: (heightAboveGround: 12, latitude: 529, longitude: 945)
Coordinates:
time datetime64[ns] 8B ...
step timedelta64[ns] 8B ...
* heightAboveGround (heightAboveGround) float64 96B 20.0 50.0 ... 3e+03
* latitude (latitude) float64 4kB 22.9 22.88 22.85 ... 9.725 9.7
* longitude (longitude) float64 8kB 284.7 284.7 284.7 ... 308.3 308.3
valid_time datetime64[ns] 8B ...
Data variables:
wdir (heightAboveGround, latitude, longitude) float32 24MB ...
z (heightAboveGround, latitude, longitude) float32 24MB ...
t (heightAboveGround, latitude, longitude) float32 24MB ...
r (heightAboveGround, latitude, longitude) float32 24MB ...
pres (heightAboveGround, latitude, longitude) float32 24MB ...
Attributes:
GRIB_edition: 2
GRIB_centre: lfpw
GRIB_centreDescription: French Weather Service - Toulouse
GRIB_subCentre: 0
Conventions: CF-1.7
institution: French Weather Service - Toulouse

history: 2024-05-28T11:33 GRIB to CDM+CF via cfgrib-0.9.1...

Nom : AromeAntille.jpg
Affichages : 63
Taille : 61,3 Ko

**DiverSIG** · 28/05/2024, 15h40

La même chose avec mon fichier sur la France --> ça plante toujours !

Une piste que j'ai trouvé:
Le fichier des Antilles (qui fonctionne) a les longitudes au format 0/360°, alors que le fichier sur la France (qui ne fonctionne pas) a les longitudes au format -180/180.

Code :

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<xarray.Dataset> Size: 17MB
Dimensions:            (latitude: 601, longitude: 801)
Coordinates:
    time               datetime64[ns] 8B ...
    step               timedelta64[ns] 8B 07:00:00
    heightAboveGround  float64 8B 20.0
  * latitude           (latitude) float64 5kB 53.0 52.98 52.95 ... 38.03 38.0
  * longitude          (longitude) float64 6kB -8.0 -7.975 -7.95 ... 11.98 12.0
    valid_time         datetime64[ns] 8B ...
Data variables:
    z                  (latitude, longitude) float32 2MB ...
    tke                (latitude, longitude) float32 2MB ...
    clwc               (latitude, longitude) float32 2MB ...
    crwc               (latitude, longitude) float32 2MB ...
    cswc               (latitude, longitude) float32 2MB ...
    ciwc               (latitude, longitude) float32 2MB ...
    cc                 (latitude, longitude) float32 2MB ...
    q                  (latitude, longitude) float32 2MB ...
    dpt                (latitude, longitude) float32 2MB ...
Attributes:
    GRIB_edition:            2
    GRIB_centre:             lfpw
    GRIB_centreDescription:  French Weather Service - Toulouse
    GRIB_subCentre:          0
    Conventions:             CF-1.7
    institution:             French Weather Service - Toulouse
    history:                 2024-05-28T15:23 GRIB to CDM+CF via cfgrib-0.9.1...

Comment modifier le fichier sur la France pour avoir des longitudes au format 0/360 ?

Je ne sais pas si c'est ça qui fait planter, mais peut-être que Cartopy a des problèmes avec ça ?

Nico

**jurassic pork** · 28/05/2024, 16h12

Quel est le fichier grib que tu utilises car il y a des HP1 SP1 SP2 etc ...

**DiverSIG** · 29/05/2024, 04h21

HP2 téléchargé ici!
https://mf-models-on-aws.org/#arome-...-04-27/00/HP2/

j'ai pris 07H12H.grib2

Nico

**jurassic pork** · 29/05/2024, 06h43

Hello,
cela ressemble à un problème sous windows car j'ai la même erreur que toi sous windows mais cela fonctionne sous Lubuntu 22.04
avec ce code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import xarray as xr
import matplotlib.pyplot as plt
import cartopy.crs as ccrs
import cartopy
ds = xr.open_dataset("/home/user/Documents/arome-france_HP2.grib", engine="cfgrib")
print(ds)
fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
ax = plt.axes(projection=ccrs.Robinson())
ax.coastlines(resolution="10m")
plot = ds.dpt[0][0].plot(
    cmap=plt.cm.coolwarm, transform=ccrs.PlateCarree(), cbar_kwargs={"shrink": 0.6}
)
plt.title("AROME__FRANCE__HP2__ 07H12H ")
plt.show()

Nom : aromeLubuntu.jpg
Affichages : 47
Taille : 51,8 Ko

ami calmant, J.P

visualiser fichier grib

Calcul scientifique Python

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