Discussion :

[crochepatte]

Bonjour,
Je souhaiterai dans un sequence, remplacer les motifs correspondant à une expression regulière par le meme nombre d'un autre caractere (N par exemple)....

Exemple: avec une expression reguliere

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
 
s/([ATGC]{1})\1{4,}/ ... /g

Je souhaiterai que

"ATGCAAAAAAATGCTCG" devienne "ATGCNNNNNNTGCTCG"

Je pense que c'est assez facile, mais je n'ai pas trouvé l'astuce

Merci

[MarneusCalgarXP]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

s/A/N/g

[GLDavid]

Salut ami bioinformaticien !

Voici ma méthode :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
my $s = "ATGCAAAAAAATGCTCG";
print $s."\n";
if($s=~/(A{4,}|C{4,}|G{4,}|T{4,})/){
        my $motif = $1;
        my $substitute;
        for(0..(length($motif)-1)){
                $substitute.='N';
        }
        $s=~s/$motif/$substitute/;
}
print $s."\n";

Apparemment, cela marche.
Et en plus, c'est facilement adaptable en fonction

En espérant t'avoir aidé.

@++

[Leishmaniose]

Salut,

Tout d'abord je me demande pourquoi ne pas avoir posté sur le sous-forum Perl > bioinformatique qui serait plus adapté pour ta requête. Ensuite, d'après ce que j'ai compris de ta question, il s'agit de masquer les répétition dans une séquence ADN... Pour cela, il existe déjà plusieurs programmes disponibles comme par exemple : repeatmasker, etc. sans compter les filtres utilisés par des programmes tel que blast et qui permettent de masquer les répétitions tout en cherchant les similitudes par alignement de séquences, notes que ces filtres sont utilisables seuls comme c'est le cas de dust. Mais bon si ça te dit de traduire ça en Perl...

Bonne continuation et @+ sur Forum des développeurs > Autres langages et outils > Perl > Bioinformatique

[crochepatte]

Merci beaucoup,

MarneusCalgarXP -> Pas si simple, je cherche pas à remplacer seulement des motifs d'une paire de base...

GLDavid-> J'avais deja une solution similaire mais je me demandais si la fonction substitute ne prenait pas en compte ce genre de requetes...Tant pis, je reste à ma bonne vieille méthode...

Leishmaniose-> Tout depends de la notion de "repeat" (on va gardé ce terme puisque tu l'as employé). La notion même de repeat au sens où je la considere dans mon application n'est pas du tout identique à celle considérée par les principaux outils disponibles via le web...Et combien même aprés avoir trouver un outil disponible sur le Web, celui doit etre disponible gratuitement, et integrable dans mon logiciel...Par conséquent, etant donné toutes ses contraintes, je trouve que "developper" une fonction de 10 lignes au maximum, est bien moins couteux et forcement parfaitement adapté.
Concernant mon post dans cette section, j'ai bien posté ici consciemment, car à mon sens, ma question ne se limite pas au domaine de la bioinformatique, mais concerne l'utilisation générale de la fonction "substitute"... J'espere avoir été clair

Donc à bientot sur le Forum des développeurs > Autres langages et outils > Perl > je choisis la section en fonction de mes demandes...

[Leishmaniose]

Dans ce cas est-il possible d'avoir une idée sur ta notion de repeat...

et pour ce qui est des utilitaires que j'ai cité dans mon message, je te confirme que ce sont des solutions totalement free et qui s'adaptent bien au développement d'autres logiciels... Par exemple le dust est écrit en C, son code source est disponible ainsi que plusieurs binary adaptés à une multitude de plate-forme...

Pour finir, je respecte parfaitement ta liberté de choisr le sous forum qui te parait le plus adapté pour ton post, et dans ce cas précis je comprend que ton post concerne l'utilisation globale de la fonction "substitute" d'où le choix du sous-forum langage. Néanmoins, je persiste à dire que la solution à ton problème ne peut être que bioinformatique... Je m'explique : As tu pensé à faire un tour sur le module BioPerl...! je suis sûr que tu trouveras une fonction toute prête pour ce genre d'application...

Bonne continuation.

[crochepatte]

Pour ce qui concerne ma notion de repeat...Cela prend en compte precisement un nombre nb d'occurences (entre nbmin et nbmmax) d'un motif de n (entre min et max) paire de bases. Sachant qu'a chaque n est associé un intervelle nbmin...nbmax) particulier...
Par exemple...

n vaut 1; nb entre [5,7]
n vaut 2; nb entre [4,8]
n vaut 3; nb entre [4,7]
etc...

Je ne connais pas d'outils qui permettent autant une telle souplesse dans le parametrage...

D'autant plus, comme je l'ai précisé auparavant, cela est tres facile de mise en oeuvre en perl...Donc autant m'epargner le casse tete d'un installation, d'une adaptation a un autre code ou à une utilsation...J'ai assez utilisé d'autres modules (BioPerl ou autre...) ou executable pour savoir qu'au final il m'est plus facile de programmer diectement une fonction...Bien entendu cela est subjectif...
Par contre ton rasionnement est parfaitement justifié pour des utilisations d'algo bien plus complexe (blast, clustalW, ...)

Voila, merci pour ton interet...Si tu as d'autres remarques, n'hésites pas...
Bonne continuation...

[Leishmaniose]

Reçu 5/5, au fait tu es entrain de chercher à développer non pas un repeat masker mais plutot un microsatellites masker... C'est ça ?

A ce que j'ai compris de l'exemple que tu donne, les repeat sont au fait des microsatellites du style :

mononucléotidique (e.g. AAA) --> nbre de répétitions de 5 à 7
dinucléotidique (e.g. ATAT) --> nbre de répétitions de 4 à 8
...

Si c'est le cas, eh ben j'ai deux choses à dire :

1- Il existe un script perl gratuit qui s'appel misa.pl et qui permet de localiser des microsatellites dans une séquence ADN, dont tu peux t'en inspirer pour ce que tu veux faire. Si ça t'intéresse en voici le lien :

http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/misa.html

2- Si c'est vraiment de microsatellites que tu es entrain de parler je confirme le fait que ton post serait mieux placer dans le sous-forum bioinfo paske ceci t'aurait permis de parler avec des mots techniques aussi bien du domaine bio que celui de l'info.

Good luck.