Discussion :

[maryach]

slt tout le monde, voilà! je suis un projet de PHP : réaliser un traducteur des sequences d'ADN, et j'aimerai savoir si vous avez une solution afin de définir un format FASTA dans mon script en utilisant explode te implode...en bref je veux qu'on quelqu'un rentre la séquence en format fasta, le logiciel ne traduit pas la prmière ligne qui est le nom de la séquence et les informations portée sur elle...et merci d'avance...
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[haltabush]

Heu...
c'est quoi, FASTA?

[maryach]

voilà un lien pour savoir ce q ue c'est FASTA :
http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA

[louveteau02]

Il y a toujours un retour à la ligne après la première ligne ?

Format Fasta :

>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
IENY

[sohnic]

Bonjour,
Par curiosité quel est l'interet de réinventer la roue ? Des traducteurs de séquences fasta, il y en a plein et gratuits (transeq, par exemple, très facilement integrable dans un exec).
Sinon, pour ton probleme, tu dois faire un explode sur \n (éventuellement supprimer les \r) et reconcatener tout ca (sauf le premier élément du tableau qui contient le nom de la séquence) si tu veux avoir tous tes codons, y compris à la fin des lignes.

Sohnic

[maryach]

en fait je réalise un projet en programmation c pour ça, a part ça je sais qu'il y pas mal de traducteurs de qéquences...merci pr ta réponse...

[maryach]

oui louveteau tjrs

[louveteau02]

Comme a dit Sohnic :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
$sequence  = sequence fasta récupérée par un formulaire;
list($info, $seq) = explode("\n", $sequence, 2);
echo $info;
echo $seq;

[maryach]

merci infiniment!

[maryach]

je vais vous deanger encore une fois, quelqu'un sait comment dire au script de commencer la lecture par un ATG et la finir par un STOP, et puis continuer la lecture et ainsi de suite ATG, STOP et il affiche tous les morceaux?...merci d'avance...

[sohnic]

J'utiliserais la fonction strpos pour faire cela, dans un foreach, pour passer tous tes STOP qui sont, je suppose dans un tableau (du moins c'est ce qui me parait le plus simple).

Enfin, moi, je traduirais plutot à la volée en parcourant la chaine (avec substr, par exemple), en mettant le classique * pour un stop trouvé, et ce trois fois en decalant à chaque fois le départ d'un caractère pour avoir les trois frames. N'oublie pas que tu dois faire aussi la sequence complémentaire. J'espère aussi que ta séquence ne contient pas du code dégénéré, ce qui risque de te compliquer la tache.
Ensuite tu explodes le résultat sur les *.
Si tu veux connaitre les positions de tes traductions relativement à ton adn, tu peux le faire en calculant les tailles des proteines obtenues.

Bon courage !

S.

[EDIT]N'oublie pas que tu n'es pas sur un forum bioinfo ! Il y en a un dans la section perl.[/EDIT]

[maryach]

merci bcp, oui t'inkiete pas j'ai pas oubié le ccomplémentaire, en fait mon programme traduit maintenant les séquences...et mnt je vais ajouter ce ke vs m'avaez expliquez pr me donne les frames...a+ et encore merci...