Discussion :

[maryach]

vous pouvez m'expliquer comment concatener les valeurs d'un tableau, j'ai un tableau ou il y a plusieurs valeurs d'aa et je vais les rassembler dans une sequence $seq par exemple,quand j'utilise le point de concaténation ça me fait genre
v
vk
vkd
vkdc
ça concatene pas tout à la fois?
merci de me repondre.

[kahya]

c'est pas très explicite, on peut avoir un bout de code?

[Sarrus]

tu iteres sur ton tableau et à chaque boucle tu fais un .= sur ta variable.

[maryach]

voilà!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if($_POST['initiationcode']=='initiation' and $_POST['readingframe']=='direct1' and $_POST['strand']=='direct')
{
	for ($i=0;$i<strlen($sequence);$i=$i+3)// on extrait le triplet suivant dans la séquence
	{
	$triplet=substr($sequence,$i,3);
		if(strlen($triplet)==3)
		{
		$aa=$code[$triplet];
		echo $aa;
		}	
		else
		{
		}

maintenant je veux concaténuer tous les $aa dans une variable $seq.

[Sarrus]

ben :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$seq .= $aa

[maryach]

c ce ke j'ai fait mais àa me donne genre
$aa1
$aa1$aa2
$aa1$aa2$aa3
si comme si il concatène 1 par 1 à chaque ligne?!!
moi je veux que ça me donne une suite d'aa

[Sarrus]

ben à chaque fois qu'il passe dans ton for, il ajoute un bout à $seq.

Je ne comprends pas ton probleme,

à la sortie de ta boucle for tu devrais avoir ta variable $seq contenant toutes tes variables $aa

[Sarrus]

ton echo il faut le mettre apres le for

[maryach]

salut,
j'ai une séquence par exemple de cette forme :
ATCDQGMAGWSSVVAKLI*LKPIKLCG[COLOR[/COLOR]="Blue"]M[/COLOR]KKLEQDS*
avec ce code :
$is_orf=FALSE;// l'opération suivante renvoie les ORFs souhaités.
for ($i=0;$i<strlen($seq);$i++)// on parcourt la séquence protéique ranvoyée.

{
$aa=substr($seq,$i,1);
if($aa=='M')
{
$is_orf=TRUE;
}
elseif($aa=='*')
{
$is_orf=FALSE;
}
if($is_orf==TRUE)
{
$ORF=$ORF.$aa;
}
else
{
;
}
}
je prend seulemnt les parties qui commence par un M et qui finissent pas un *
le problème que je bloque sur le fait de lui dicter comment passe à la deuxième partie en rouge, ça veut dire envoyer les deux celle en rouge et celle en jaune chacune separement?
je en sais pas si je me suis bien fais comprendre

[julp]

On doit pouvoir simplifier la chose en utilisant directement les expressions régulières :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$seq = "ATCDQGMAGWSSVVAKLI*LKPIKLCGMKKLEQDS*";
preg_match_all('/M(.*)\*/U', $seq, $m, PREG_SET_ORDER);
foreach ($m as $orf) {
    echo $orf[1] . '<br/>';
}

Je vous recommande de lire : Initiation aux expressions régulières en PHP, si besoin.

[sohnic]

Bonjour,
Au lieur de te prendre la tete comme ca, pourquoi est-ce que tu n'exploses pas ta chaine selon les *. Deja tu obtiens tes proteines potentielles. Ensuite, pour chacune d'elle tu lis du premier M a la fin....
Sohnic

[maryach]

,waw!
tu peux pas seulement m'aider à rectifier mon code pour que ça marche?

[sohnic]

C'est plus rectifier, c'est voir autrement !
En plus reinventer la roue ....

Bon, allez :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$seq = "ATCDQGMAGWSSVVAKLI*LKPIKLCGMKKLEQDS*";
$tab_prot=explode('*',$seq);
foreach($tab_prot as $prot_potentielle)
{
      $pos_premier_M=strpos($prot_potentielle,'M');
      $prot=substr($prot_potentielle,$pos_premier_M);
      echo $prot;
}

A peu de chose pres ca doit ressembler a ca. Personnellement je ferais aussi un test sur la taille de la proteine obtenue....

Par curiosité, c'est un stage de quoi que tu fais ?

Sohnic

[maryach]

merci shonic , en fait c'est un projet en PHP : creer un site web interactif, et j'ai choisi de faire un traducteur de séquences d'ADN

[sohnic]

Mais, c'est un projet specifique a la bioinfo ? Pour une entreprise ? Et quel niveau (BTS, master) ?
Je sais que je suis curieuse, mais ca me permet aussi de savoir quel sont les stages en vogue cette année.

Bon courage pour la suite,

Sohnic

[maryach]

non e n'est pas un stage, en fait je suis en biologie celluleire, et j'ai choisie comme unité libre programation de sites web, alors j'ai un projet à faire et à faire et à rendre le 21 mai,voilà
pas de problèmes je suis prêt à repondre a toutes questions

[sohnic]

Ok, merci pour l'info. Je ne savais pas qu'on proposait cette option en bio cel. Mais ca me semble etre une evolution logique des programmes vue l'importance que prend l'informatique dans ce domaine.

Bonne continuation....

Sohnic

[maryach]

merci a toi aussi