Discussion :

[matt67]

Bonjour,

Je travaille actuellement des images dicom d'un fantôme, constitué de billes sphériques réparties régulièrement dans l'espace 3D selon un motif cubique de 30 mm. Mes billes font 15 mm de diamètre et sont visibles sur la coupe IRM que je mets en pièce jointe au format jpeg (faute de pouvoir le mettre en dcm) par des "pseudo" cercles noirs (absence de signal en ces billes). Mon problème est le suivant : j'aimerais pouvoir d'une manière automatique détecter toutes les billes de ma coupe et déterminer de manière précise l'ensemble des centres de gravités. J'ai donc déjà commencé un code qui binarise l'image et exécute une fermeture morphologique pour enfin utiliser bwtraceboundaries et regionprops afin de détecter les centres de gravités. Mais pour le moment, tous les centres de gravités des billes ne sont pas détectés et il y a même des fausses détections. J'ai mis un faible critère sur l'aire de la région pour limiter les fausses détection mais le résultat n'est pas encore probant et des billes manquent à la détection.
Merci pour toute aide que vous pourrez trouver, parce que j'ai essayer un peu tout dans le domaine morphologique (ouverture, fermeure, top-hat) et aussi détectionde contours mais peu de résultats satisfaisants...
Ci-dessous, mon code:

Code :

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%variable pour reconstruire le nom
name1='MR.'; 
name3='.dcm';
 
   %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
   %Lecture de la première image dicom
   %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    name=strcat(name1,int2str(cpt),name3);
    Ima1info=dicominfo(name);
    Ima1= dicomread(Ima1info);
    x0=Ima1info.ImagePositionPatient(1);
    y0=Ima1info.ImagePositionPatient(2);
    z0=Ima1info.ImagePositionPatient(3);
    op=Ima1info.ImageOrientationPatient;
    dimpix=Ima1info.PixelSpacing;
    nbcoupes=Ima1info.ImagesInAcquisition;
    Ima2=uint16(Ima1);      %Changement de format
    Ima5=imadjust(Ima2);    %Ajustement de la dynamique
 
%%%%%%%%%%%%%%%
% Binarisation 
%%%%%%%%%%%%%%%
 
level = graythresh(Ima2);
Ima3 = im2bw(Ima2,level);
 
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Opérations morphologiques
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 
% Définition de l'élément structurant et fermeture
 
se = strel('disk',4,0);  %ES forme disque de rayon lissé
Ima4 = imclose(Ima3,se);
figure (2)
imshow(Ima4);
 
%Détection des marqueurs par caractérisation des labels de régions
 
[B,L,N] = bwboundaries(Ima4);   
reg=regionprops(L,'Centroid','EquivDiameter','Area');
Cg=[];      %Initialisation des variables 
 
%Récupération des centres de gravités et rayons des sphères
 
    for i=N+1:length(reg)           
        Cg(i-N,: )=[reg(i).Centroid(1) reg(i).Centroid(2)];
%         Ray(i-N)=reg(i).EquivDiameter/2;
        Aire(i-N)=reg(i).Area*dimpix(1)*dimpix(2);
    end
 
cgf=[0 0];      %Initialisation des variables
rayf=0;
n=0;
xy=[];
but=1;
 
%Détection des sphères sur image originale
 
figure (3)                      
imshow(Ima5,[],'notruesize');hold on;
% theta=linspace(0,2*pi,150);   %tracé des cercles
    for i=1:size(Cg,1)
 
      if Aire(i)>=430
          Cg=Cg(i+1:size(Cg,1),: );
      end
    end
          cgf=[cgf;Cg];
          plot(cgf(2:size(cgf,1),1),cgf(2:size(cgf,1),2),'.');
    while but == 1                     % permet de rajouter des centres de gravités à la main
        [xi,yi,but] = ginput(1);
        plot(xi,yi,'.r')
        n = n+1;
        xy(n,: ) = [xi yi];
    end
hold off;
cgf=[cgf(2:size(cgf,1),: );xy];
 
figure (4)
hold on
imshow(Ima5,[]);
for i=1:size(cgf,1)
    plot(cgf(i,1),cgf(i,2),'.');
end
hold off

[ol9245]

Bjr,
On peut certainement argumenter sur ton code. par exemple je ne serais pas "philosophiquement" partisant de faire une binarisation en première étape car la binarisation te fait perdre une quantité phénoménale d'info. un tophat avant est probablement préférable.

Cependant, ces arguments ont tous leur limite. La difficulté principale est que, en effet, l'oeuil "voit" des billes même là ou il n'y en a pas (au sens algorithmique du terme). Pourquoi , parceque tes billes sont sur une trame régulière et que l'oeuil les cherche aux noeuds de la trame.

Est-il logique/licite/utile dans ta démarche de faire la même chose :
- trouver les billes qui sortent facilement sans trop forcer. Celles dont tu peux être sur.
- calculer la trame qui se fite sur leurs positions
- rechercher en des noeuds précis lesbilles sur les noeuds encore vides ?

OL