Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous,

J'ai un petit souci avec l'orienté objet. ^^ Je débute.
J'ai un module Restriction.pm qui est appelé par une programme Restriction.pl.
Mon module pocède une fonction qui renvoie un résultat

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

return (1, $E1, $E2, @Tailles1, @Tailles2);

Que mon programme récupère

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my ($Switch, $E1, $E2, @Tailles1, @Tailles2) = $Enz2->COMPARE($Enz4);

Le problème est que mes deux array (composées de chiffres) sont fusionnées lors de l'envoi.

Mes array dans le module juste avant le return ont pour valeurs
@Tailles1 donne 51, 966, 1968
@Tailles2 donne 698, 2356

Mes array dans le programme juste après leur récupération ont pour valeurs
@Tailles1 donne 51, 966, 1968, 698, 2356
@Tailles2 est vide


Est-ce normal? Pourriez-vous m'expliquer?

Merci,


Jasmine,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
 
#----------------------------------------------- Restriction.pm --------------------------------------------#
#       Ce module prend en entrée des informations de cartes de restriction de plasmides
# (cf ComparaisonRestrictions.pl et Restriction.pl)
#       crée pour chaque enzyme un objet
#                               nom seq plasmide coupé par cette enzyme         $self->{SEQUENCE}
#                               taille seq plasmidique                          $self->{TAILLE}
#                               nom de l'enzyme en question                     $self->{ENZYME}
#                               son site de restriction                         $self->{SITE}
#                               la fréquence à laquelle elle coupe le plasmide  $self->{FREQUENCE}
#                               les positions de coupure                        $self->{POSITIONS}
#       et renvoie les enzymes coupant un nombre différent de fois mes deux plasmides
# ainsi que la taille des fragments obtenus                     return ($E1, $E2, @Tailles1, @Tailles2);
#----------------------------------------------- Restriction.pm --------------------------------------------#
 
 
=h
Dans le programme appelant ce module afin de créer un objet
my $Enz1 = Restriction->new ("Seq1", "5222", "Acc65I", "G'GTAC_C", 2, "1391, 3608");
=cut
 
 
 
use strict;
use warnings;
package Restriction;                                       # nom du package
 
 
sub new                                                 # fonction est définie
{
        my ($Classe, $Sequence, $Taille, $Enzyme, $Site, $Frequence, $Positions) = @_;
        my $self = {};                                  # référence anonyme vers une table de hachage vide
        bless ($self, $Classe);                         # indique que la référence est liée au package (à la classe)
        $self->{SEQUENCE} = $Sequence;
        $self->{TAILLE} = $Taille;
        $self->{ENZYME} = $Enzyme;
        $self->{SITE} = $Site;
        $self->{FREQUENCE} = $Frequence;
        $self->{POSITIONS} = $Positions;
        return $self;
}
1;                                                      # code de retour du module NE PAS OUBLIER
 
 
# fonction de comparaison qui renvoie les enzymes coupant un nombre différent de fois mes deux plasmides
# ainsi que la taille des fragments obtenus
 
sub COMPARE()
{
         my ($E1,$E2) = @_;
         # print $E1->{SEQUENCE}."\t".$E1->{ENZYME}."\t".$E1->{FREQUENCE}."\t". $E2->{SEQUENCE}."\t".$E2->{ENZYME}."\t".$E2->{FREQUENCE}."\n";
         if (($E1->{ENZYME} eq $E2->{ENZYME}) && ($E1->{FREQUENCE} != $E2->{FREQUENCE}))
        {
                # calcul des tailles des fragments de E1
                my @Localisations1 = split(/,/, $E1->{POSITIONS});
                my @Tailles1;
 
                my $i=0;
                foreach my $Loc1 (@Localisations1)
                {
                        $i++;
                        if(exists $Localisations1[$i])
                        {
                                my $taille = $Localisations1[$i] - $Localisations1[$i-1] + 1;
                                push (@Tailles1, $taille);
                                # print "i = ".$i."\t".$Localisations1[$i]."\t".$Localisations1[$i-1]." => $taille\n";
 
                        }
                }
 
                my $SommeT  = 0;
                foreach my $T (@Tailles1)
                {
                        $SommeT  = $SommeT + $T;
                }
                my $taille =  $E1->{TAILLE} - $SommeT;
                push (@Tailles1, $taille);
 
                # calcul des tailles des fragments de E2
                my @Localisations2 = split(/,/, $E2->{POSITIONS});
                my @Tailles2;
 
                my $i2=0;
                foreach my $Loc2 (@Localisations2)
                {
                        $i2++;
                        if(exists $Localisations2[$i2])
                        {
                                my $taille2 = $Localisations2[$i2] - $Localisations2[$i2-1] + 1;
                                push (@Tailles2, $taille2);
                                #print "\ni = ".$i."\t".$Localisations2[$i2]."\t".$Localisations2[$i2-1]." => $taille2\n";
                        }
                }
 
                my $SommeT2  = 0;
                foreach my $T (@Tailles2)
                {
                        $SommeT2  = $SommeT2 + $T;
                }
                my $taille2 =  $E2->{TAILLE} - $SommeT2;
                push (@Tailles2, $taille2);
 
                # renvoi du résultat
               return (1, $E1, $E2, @Tailles1, @Tailles2);
 
        }
        else
        {
                return (0, 0, 0, 0, 0);
        }
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Code :

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#------------- Restriction.pl ----------------#
 
use strict;
use warnings;
use Restriction;
use Data::Dumper;
 
 
 
my $Enz1 = Restriction->new ("Seq1", "5222", "Acc65I", "G'GTAC_C", 2, "1391, 3608");
my $Enz2 = Restriction->new ("Seq1", "5222", "AflIII", "A'CryG_T", 3, "6, 56, 1021");
my $Enz3 = Restriction->new ("Seq2", "5306", "Acc65I", "G'GTAC_C", 4, "63, 1200, 2563, 4038");
my $Enz4 = Restriction->new ("Seq2", "5306", "AflIII", "A'CryG_T", 2, "569, 2879");
 
 
 
my ($Switch, $E1, $E2, @Tailles1, @Tailles2) = $Enz2->COMPARE($Enz4);
 
if ($Switch == 1)
{
        print $E1->{ENZYME}." enzymes égales de fréquence différente\n";
        print "\nLe plasmide ".$E1->{SEQUENCE}." de taille ".$E1->{TAILLE}." est coupée".$E1->{FREQUENCE}." fois\n\t Fragments de tailles : ";
        foreach my $T1 (@Tailles1)
        {
                print "$T1\t";
        }
        print "\nLa plasmide ".$E2->{SEQUENCE}." de taille ".$E2->{TAILLE}." est coupée".$E2->{FREQUENCE}." fois\n\t Fragments de tailles : ";
        foreach my $T2 (@Tailles2)
        {
                print "$T2\t";
        }
}
 
 
 
 
close;

[crochepatte]

Oui c'est un probleme tres bien connu et expliqué dans la FAQ...

http://perl.developpez.com/faq/?page...nC4#sectionC41

Il faut que tu passes les tableaux par reference

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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return (1, $E1, $E2, \@Tailles1, \@Tailles2);

Tout est expliqué dans la FAQ...

http://perl.developpez.com/faq/?page=sectionC4

Si tu as besoin de conseil, n'hesites pas...
Bonne chance...

[Jasmine80]

A merci beaucoup, ça fait une heure que je me casse la tête sur ce problème.
Je ne risque pas de l'oublier


Bon week end,


Jasmine,



... deux petites barres manquantes et rien ne va plus ^^