Discussion :

[claire14pb]

Salut à tous!

Je cherche à savoir comment fait pour activer un drapeau en perl qui prendra la valeur vraie ou faux?

Du genre if $orf_démarré = FAUX {...}
J'arrive pas à l'écrire comme il faut et du coup ca ne marche pas.

Et j'ai un autre problème comment fait pour ajouter une suite de caractères dans une liste : par exemple ajouter $polypep_orf à @liste_orf

Merci d'avance pour vos réponses parce que je vais craquer si ca marche pas lol;

Claire

[djibril]

j'ai pas tres bien compris ton premier souci. tu veux faire une action si condition fausse?
alors tu fais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (! condition ) { condition etait fausse}
ou
unless (condition) {condition etait fausse}

exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $nb = 3;
unless ($nb eq "2") {print "1: chiffre different de 2\n";}
ou 
if ($nb ne "2") {print "2: chiffre different de 2\n";}
ou
if (! ($nb eq "2")) {print "3: chiffre different de 2\n";}

reexplique please. Par contre pour rajouter une chaine de caractere à une liste, tu peux faire un push

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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push (@liste_orf , $polypep_orf);

voilà

[claire14pb]

Merci pour la réponse;
En fait ma variable $ORF_demarre devient Vrai quand elle rentre le caractère 'M' et jusqu'à un caractère '*'. Et la boucle ne doit tourner que qd cette condition est vraie. ca donne ca en code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  my $polypep_ORF = '';
  my $ORF_demarre = FAUX; ## comment écrire ca de facon à ce que ca marche!##
 
  my $taille = length($polypepb);
 
    for(my $j=1; $j<=$taille; $j= $j+1){
    my$acide_amine = substr($polypepb,$j-1,1);
 
      #Pour démarrer un ORF
 
      if($acide_amine eq 'M') {
      $ORF_demarre = VRAI;
 
     }
      #Etendre un ORF en cours
 
      if ($ORF_demarre = VRAI) {
      $polypep_ORF = $polypep_ORF.$acide_amine;
 
      }
 
      #Terminer un ORF en cours
 
      if ($ORF_demarre eq '*') {
      $ORF_demarre = FAUX;
      push(@liste_orf,$polypep_ORF);
     # $polypep_ORF = '';
      }
    }

J'espère que ca sera plus clair!

[2Eurocents]

En perl, un scalaire (une variable) correspond à FAUX si sa valeur est :
- 0 (le nombre)
- "" (une chaine vide)
- undef (une valeur spéciale indiquant que la variable n'est pas utilisée (définie))

Toutes les autres valeurs sont VRAI lors de tests logiques.

En te souhaitant la bienvenue sur nos forums (ce sont tes deux premiers posts ) et une bonne continuation.

[djibril]

Un(e) bioinformaticien(ne) de plus
bah pourquoi ne pas faire simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $polypep_ORF = ''; 
  my $ORF_demarre = "FAUX"; # initialisé à faux  
  my $taille = length($polypepb); 
 
    for(my $j=1; $j<=$taille; $j= $j+1){ 
    my $acide_amine = substr($polypepb,$j-1,1); 
 
      #Pour démarrer un ORF 
 
      if($acide_amine eq 'M') { 
      $ORF_demarre = "VRAI"; 
 
     } 
      #Etendre un ORF en cours 
 
      if ($ORF_demarre eq "VRAI") { 
      $polypep_ORF = $polypep_ORF.$acide_amine; 
 
      } 
 
      #Terminer un ORF en cours 
 
      if ($ORF_demarre eq '*') { 
      $ORF_demarre = "FAUX"; 
      push(@liste_orf,$polypep_ORF); 
     # $polypep_ORF = ''; 
      } 
    }

[2Eurocents]

Un(e) bioinformaticien(ne) de plus

Ah, la la la la !

Ceci dit, algorithmiquement, tu as un défaut : tu ne termines jamais les ORF en cours, puisque je ne te vois jamais fixer $ORF_demarre à "*".

Bon courage.

[claire14pb]

Effectivement comme ca ca commence quand on rencontre un 'M' mais ca ne s'arrête pas quand on rencontre un '*'.
Comment faire je craque lol.
Et par contre je comprend pas j'arrive pas à ajouter le résultat qu'on trouve dans la liste

[2Eurocents]

Je ne suis pas Bio-Info Pur Info, j'ai donc besoin de quelques données supplémentaires (même si j'ai encore de bonnes bases en bio).

Tes ORF commencent avec un M et se terminent avec une * dans la chaine $polypepb ? C'est bien ça ?

Et ce que tu veux au final, c'est une liste de tous les ORF contenus dans $polypepb ?

Si oui (aux deux questions), il y a peut-être un moyen de tout simplifier et de tout faire en une ligne de code au moyen des expressions rationnelles ... bon, Ok, 2 ou 3 lignes, 5 à tout casser avec les commentaires 8)

[djibril]

resumons, si ton orf ressemble à
$orf = "Myuiucd GDYUBYTKVYRT*dsge";
tu voudrais recupere Myuiucd GDYUBYTKVYRT c'est ça??
alors une regex suffit

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$orf =~ /^(m.+)*/i;
$polypep_ORF = $1;
push(@liste_orf,$polypep_ORF);

tu lis ta sequence et recupere de la methionine M au premier codon stop trouvé * via une expression reguliere. Ensuite ta chaine est mise dans ton tableau @liste_orf à la case suivante

[claire14pb]

Oui c'est bien ca. Je cherche dans polypepb tous les ORF qui commence par un M et finisse par un *
Merci de ton aide

[djibril]

donne un exemple des sequence que tu traites!

[claire14pb]

Alors comme exemple au pif :

$polypepb= 'ACGATMATAT*ASPMRTSXNY*TF'

On cherche donc à avoir dans la liste
@liste_orf = ('MATAT','MRTSXNY')

Voila, voila!!!
Claire

[2Eurocents]

Alors, voici la magie de Perl (qui a dit sorcellerie ? qu'on le mène au bûcher !)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $polypepb= 'ACGATMATAT*ASPMRTSXNY*TF' ;
@liste=($polypepb =~ m/(M.+?)\*/g);

Et tout est fait !

Moi j'aime bien. 8)

Veux-tu des explications ?

[claire14pb]

Ca marche!!!!!!!!
Par contre je veux bien les explications lol parce que ca fait un peu sorti de nul part mdr.
En tout cas merci beaucoup je suis super contente
Claire

[djibril]

rajoute un i pour la casse et pas besoin du m pour match

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $polypepb= A*CGmAThmrddMATAT*ASPMRTSXNY*TF; 
my @liste=($polypepb =~ /(m.+?)\*/gi); 
$, =" ,";
print @liste;

[2Eurocents]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

@liste=($polypepb =~ m/(M.+?)\*/g);

L'opérateur =~ fait la mise en correspondance avec une expression rationnelle.

Celle ci est "m/(M.+?)\*/g" :
- m pour match (recherche de correspondance). C'est l'opération par défaut, mais j'ai l'habitude de la préciser quand j'utilise =~.
- (M.+?) est entre parenthèses, pour que ce soit la partie mémorisée de notre mise en correspondance.
- M.+? signifie un "M", suivi de caractères quelconques (le '.'), en nombre quelconque > 1 (le '+'), mais en en prenant le moins possible (le '?').
- \* signifie le caractère '*'. On est obligé de le backquoter, sinon il prend une signification indiquant une répétition.
- g enfin est un indicateur pour traiter toutes les occurences de notre motif, et pas seulement la première (g comme global). On peut, ici préciser 'i' pour être "case-insensitive.

Et toute la magie est que cet opération (variable =~ RegExp) retourne une liste des correspondances trouvées. On la range donc directement dans @liste.

Cool, non? 8)

[claire14pb]

Merci beaucoup pour tes explications c'est super gentil.
J'ai encore une petite question :
Comment faire pour que le résultat de mon programme aille à la ligne quand il arrive au bout de l'écran.
Je sais pas trop comment expliquer En fait pour le moment même si mon résultat fait 10000 caractères (lol) il reste sur une seule ligne.

MErci d'avance
Claire

[djibril]

un \n dans ton print equivaut à un retour chariot.
exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print "ma ligne 1 \n ma deuxieme ligne \n";

[2Eurocents]

Avec ce séparateur de saut de ligne, diverses options s'offrent à toi, selon le cas.

Si affiches la liste ainsi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$,=", "; print @liste;

alors tu peux altérer le séparateur pour ajouter les sauts de ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$,=",\n"; print @liste;

Tu peux aussi (plutôt) choisir d'afficher la liste par un parcours explicite :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print "$_\n"  foreach (@liste);

Et si le problème est qu'un élément (une seule chaine) est trop long, alors une expression rationnelle bien sentie peut le tronçonner :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$a = 'a' x 333; # une chaine de 333 caractères 'a'
$a =~ s/(.{40})/$1\n/g; # Et un peu de découpage en blocs de 40 caractères;
print "$a\n"; # mais toujours en une seule chaine !

Voila, je crois que l'on approche très fort de la résolution de ton problème 8)

Bonne continuation.

[claire14pb]

Merci beaucoup ca marche super.
Claire