Discussion :

[sombrero2003]

Bonjour à tous

je dois executer l'instruction suivante un grand nombre de fois

r2c(:,ones(1,nc)).*Y_2c

r2c est un vecteur colonne, que je réplique nc fois pour qu'il ait la même dimension que Y_2c.

Y_2c (de l'ordre de 300x300) est pleine de 0 (en moyenne j'ai quatre éléments non nuls par ligne !!!). J'avais donc pensé utiliser sparse(Y_2c) pour gagner en temps de calcul.

J'obtiens le résultat inverse avec une augmentation du temps d'execution d'environ 1/4 !!!

J'avoue que cela me laisse pantois.

Merci d'avance pour vos suggestions.

[rostomus]

Salut,

A mon avis, le but de sparse n'est pas de diminuer le temps d'execution, mais pour réduir la taille des gros matrices en mémoire.
et en générale, lorsqu'on gagne en mémoire, on perd en temps, et inversement.

[divlys]

c'est parce que le temps dépend du mode de stockage de la matrice spare, c'est pour ca que ca augmente un peu. Je crois qu'elles sont stockées par colonne si mes souvenirs sont bon , donc il faut utiliser des parcours par colonne.

Mais ta matrice est petite , j'ai bossé avec des matrices creuses de 100 000 variable, c'est ca que j'appelle grande , car là, ca devient très intéressant et indispensable de bosser avec des matrices spares.

Par contre, je ne vois pas bien ce que fait ta ligne

r2c(:,ones(1,nc)).*Y_2c

pourquoi il y a un ., c'est pour élément par élément ca?

[tug83]

pourquoi il y a un ., c'est pour élément par élément ca?

oui c'est ça

[divlys]

donc r2c et Y_2c doivent être des matrices de même taille ou r2c scalaire

mais c'est quand même bizarre, les indices de colonnes de r2c
r2c(:,ones(1,nc))

[sombrero2003]

C'est juste une technique qui est conseillée dans l'aide pour répliquer une matrice (cf code de repmat).

nc est le nombre de colonne de Y_2c.
et r_2c est un simple vecteur colonne. L'instruction permet de genérer une matrice de nc colonnes toutes identiques à r_2c.

Je suis bien d'accord que cette instruction est assez étrange mais elle est très rapide.


Pour répondre à divlys, certes ma matrice n'est pas colossale mais elle doit être recalculée environ 5000 fois à chaque fois que j'execute mon code.

Comme ce même code doit être inclus dans une routine d'optimisation (-> ececution de l'instruction plusieurs centaines de milliers de fois), chaque ms gagnée sur cette instruction a un effet important sur mon temps de calcul global.

Si vous pensez qu'une autre structure serait plus efficace, je serai très heureux de l'essayer.

Merci d'avance

[Jerome Briot]

As-tu utilisé PROFILE pour analyser le temps d'exécution de ton code ?
Pour être sur qu'il n'y a pas d'autres endroits à optimiser.

De plus, si ton code n'est pas trop long (et si il n'y a pas de problème de droit) peux-tu nous le montrer ?

[sombrero2003]

La fonction kernel est appelée par ode15s.
En gros, c'est pour faire de la chimie, les temps d'execution sont indiqués juste en dessous.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function dcdt = Kernel(t,c,C_ic,Y_ic,k_ic,C_1c,Y_1c,k_1c,C_2c,Y_2c,k_2c,nc) %1
 
ric =k_ic.*c(C_ic).^2; %2
ER_ic=sum(ric(:,ones(1,nc)).*Y_ic); %3
r1c =k_1c.*c(C_1c); %4
ER_1c=sum(r1c(:,ones(1,nc)).*Y_1c); %5
r2c =k_2c.*c(C_2c(:,1)).*c(C_2c(:,2)); %6
ER_2c=sum(r2c(:,ones(1,nc)).*Y_2c); %7
 
dcdt=transpose(sum([ER_ic;ER_1c;ER_2c])); %8

----Temps (Ubuntu 7.04 - Matlab 7.4 - Pent M 1.4Ghz 512 Mb)

Kernel executé 4030 fois

2/ negligible
3/ 0.350 s
4/ negligible
5/ 1.689 s
6/ 0.298 s
7/ 7.111 s
8/ 0.337 s

Les tailles des matrices pour ce test

Y_2c: 254*233

Y_1c: 75*233

Y_ic: 7*233

J'espère que cela aide

[Jerome Briot]

Quelle version de Matlab utilises-tu ?

Mais au fait, en relisant la discussion, je me demande vraiment ce que tu gagnes en utilisant des matrices sparses ici ? Est-ce vraiment significatif par rapport à des matrices full ? Vu la taille de tes matrices, j'en doute ?

[Jerome Briot]

As-tu aussi essayé la préallocation de mémoire ?

Quelque chose comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function dcdt = Kernel(t,c,C_ic,Y_ic,k_ic,C_1c,Y_1c,k_1c,C_2c,Y_2c,k_2c,nc) %1
 
ER=zeros(...,...);
 
ric =k_ic.*c(C_ic).^2; %2
ER(...,...)=sum(ric(:,ones(1,nc)).*Y_ic); %3
r1c =k_1c.*c(C_1c); %4
ER(...,...)=sum(r1c(:,ones(1,nc)).*Y_1c); %5
r2c =k_2c.*c(C_2c(:,1)).*c(C_2c(:,2)); %6
ER(...,...)=sum(r2c(:,ones(1,nc)).*Y_2c); %7
 
dcdt=transpose(sum(ER)); %8

Ou encore :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function dcdt = Kernel(t,c,C_ic,Y_ic,k_ic,C_1c,Y_1c,k_1c,C_2c,Y_2c,k_2c,nc) %1
 
ER=zeros(...,...);
 
ric =k_ic.*c(C_ic).^2; %2
ER(...,...)=(ric(:,ones(1,nc)).*Y_ic); %3
r1c =k_1c.*c(C_1c); %4
ER(...,...)=(r1c(:,ones(1,nc)).*Y_1c); %5
r2c =k_2c.*c(C_2c(:,1)).*c(C_2c(:,2)); %6
ER(...,...)=(r2c(:,ones(1,nc)).*Y_2c); %7
 
dcdt=transpose(sum(ER)); %8

Il faut bien sur adapter ces solutions aux dimensions des matrices dans le code

[divlys]

C'est juste une technique qui est conseillée dans l'aide pour répliquer une matrice (cf code de repmat).

nc est le nombre de colonne de Y_2c.
et r_2c est un simple vecteur colonne. L'instruction permet de genérer une matrice de nc colonnes toutes identiques à r_2c.

Je suis bien d'accord que cette instruction est assez étrange mais elle est très rapide.

merci pour l'info, c'est intéressant

Pour répondre à divlys, certes ma matrice n'est pas colossale mais elle doit être recalculée environ 5000 fois à chaque fois que j'execute mon code.

Comme ce même code doit être inclus dans une routine d'optimisation (-> ececution de l'instruction plusieurs centaines de milliers de fois), chaque ms gagnée sur cette instruction a un effet important sur mon temps de calcul global.

(lol, j'adorre l'optimisation, j'ai fait les maths appliquées, j'étais spécialisée en optimisation non linéaire et en analyse numérique , mais ca commence à dater)
c'est ton nombre d'itération qu'il faut diminuer, je crois que tu vas avoir du mal à gagner sur le temps d'une itération car il est trop court et tes matrices sont trop petites. Tu peux tester des petits trucs, c'est la seule chose à faire je pense
bonne continuation dans ton travail