Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un problème pour installer un module.

J'ai fait la recherche dans ppm mais il n'est pas présent.
J'aimerais donc essayer d'entrer directement l'URL comme expliqué dans le tuto de ce forum.

Le module vient du
http://search.cpan.org/~sendu/bioper...o/Tools/HMM.pm

... je ne sais pas quelle adresse entrer. Je suis sous Windows XP.


Sinon j'ai fait autrement

Download, then unpack the tar file. For example:

>gunzip bioperl-1.5.2_100.tar.gz
>tar xvf bioperl-1.5.2_100.tar
>cd bioperl-1.5.2_100

Now issue the build commands:

>perl Build.PL
>./Build test


Merci,

Jasmine,

[Jedai]

J'ai un problème pour installer un module.

J'ai fait la recherche dans ppm mais il n'est pas présent.
J'aimerais donc essayer d'entrer directement l'URL comme expliqué dans le tuto de ce forum.

Le module vient du

En fait ce module vient de la distribution bioperl, qui est disponible sur les repository ppm d'ActiveState. Utilise donc ppm pour l'installer.

Now issue the build commands:

>perl Build.PL
>./Build test

C'est plutôt :
perl Build.PL
Build
Build test
Build install

sous Windows (je crois que Module::Build utilise pl2bat automatiquement sous Windows), et quel résultat te donne ces commandes (si tu as réussi à utiliser ppm, oublie cette méthode) ?

--
Jedaï

[djibril]

Pour les modules bioperl, je te conseil d'installer le repository bioperl suivant :
bioperl : http://bioperl.org/DIST/package.xml

T'installe ce repository ce sera déjà un bon debut.
Mais bon malgré ça, je n'ai pas ton module HMM.
sinon voici une autre doc de bioperl, je ne sais pas si tu l'as.

Courage

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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perl Build.PL
Build
Build test
Build install

Ces commandes sont utiles pour la creation de modules à la CPAN, je te deconseil de l'utiliser. Essaye ppm, c'est la meilleure façon d'installer un module sous windows. ça evite beaucoup d'ennuis

[Jedai]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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5
 
perl Build.PL
Build
Build test
Build install

Ces commandes sont utiles pour la creation de modules à la CPAN, je te deconseil de l'utiliser. Essaye ppm, c'est la meilleure façon d'installer un module sous windows. ça evite beaucoup d'ennuis

Oui, c'est pourquoi la première partie de mon message l'encourageait à plutôt utiliser ppm.
Néanmoins si tu n'as pas le module qu'il décrit, c'est probablement que ce module n'est apparu que dans une version plus récente. Peut-être serait-il préférable d'installer le PPM de la dernière version (tu décompresse l'archive et tu fais "ppm install chemin_vers_le_ppd_qui_était_dans_l'archive").

--
Jedaï

[Jasmine80]

Merci pour vos réponses,

J'avais fait la recherche sur 7 rep pour rechercher bioperl-1.5.2_102 > Bio::Tools::HMM

ActiveState PPM2 Repository
ActiveState Package Repository
bribes
theoryx
BioPerl
Roth
CPAN

Mais aucun ne possédait 'HMM' ni 'bioperl-1.5.2' en mots clés... HMM suffisait il dans la recherche?

ce module n'est apparu que dans une version plus récente. Peut-être serait-il préférable d'installer le PPM de la dernière version

Une version plus récente de quoi? de PPM...je patauge vraiment, c'est un peu chinois pour moi tout ça .
Les repositories se mettent à jour automatiquement non?

J'ai déjà utilisé Build.pl, quels sont les ennuis qui peuvent arriver? Dois-je le désinstaller et recommencer avec un ppm> install chemin_HMM?


Merci,

Jasmine

[Jedai]

Mais aucun ne possédait 'HMM' ni 'bioperl-1.5.2' en mots clés... HMM suffisait il dans la recherche?

"bioperl" suffisait.

Une version plus récente de quoi? de PPM...je patauge vraiment, c'est un peu chinois pour moi tout ça .

Non, une version plus récente de Bioperl, les versions de Bioperl sur les repositories d'ActiveState sont assez ancienne.

Les repositories se mettent à jour automatiquement non?

Ils se mettent à jour lorsqu'on les mets à jour, ce qui selon les modules peut-être plus ou moins complexe (problème de compilation sous Windows principalement).

J'ai déjà utilisé Build.pl, quels sont les ennuis qui peuvent arriver? Dois-je le désinstaller et recommencer avec un ppm> install chemin_HMM?

Pas grand chose de grave... D'autant plus que je ne sais même pas si tu as vraiment fait l'installation : si tu n'as fait que "Build test" rien n'a été fait, ni la construction, ni l'installation de la distribution.

Je te conseille de télécharger l'archive que je t'ai indiquée, la décompresser et de faire "ppm install" sur le .ppd qui est à l'intérieur.

Bio::Tools::HMM n'est pas disponible tout seul, il fait partie de la distribution Bioperl (de toute façon, pour faire de la bioinformatique avec Perl, mieux vaut utiliser Bioperl).

--
Jedaï

[Jasmine80]

Merci,

Je vais essayer comme tu me le conseils.
Ne vaudrait-il pas mieux que je vérifie les modules déjà installés? Il y a une commande spéciale non? Sinon la nouvelle version ne voudra pas s'installer. Ca avait duré plus de 10 min avec plein de texte se déroulant dans le shell..à mon avis il s'est installé.

Sinon j'avais trouvé un script sur le net

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! /usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
no warnings 'redefine';
use File::Find;
 
my @files;
find
(
        sub
        {
                push @files, $File::Find::name
                if -f $File::Find::name && /\.pm$/
        },
        @INC
);
 
print join "\n", @files;
 
 
close;

j'ai plus de 3600 modules, c'est pas normal, y'en a plein que je n'utilise pas qui se sont installés automatiquement qvec d'autres. Puis-je les laisser ou vaut il mieux les supprimer?


il y a
Perl/lib/Bio/Tools/Run/Pise/PiseApplication/hmmbuild.pm
Perl/lib/Bio/Tools/Run/Pise/PiseApplication/hmmcalibrate.pm
Perl/lib/Bio/Tools/Run/Pise/PiseApplication/hmmconvert.pm
Perl/lib/Bio/Tools/Run/Pise/PiseApplication/hmmemit.pm
...

Merci,


Jasmine,

[djibril]

même en regardant sur la doc bioperl, je ne trouve pas ton module bio::tools:hmm, mais plutot Module:Bio::Tools::Tmhmm
donc Peux etre qu'il n'est pas encore dispo, bizarre.
Même en regardant le package bioperl il n'est pas present

[Jedai]

Si, il y est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

<PROVIDE NAME="Bio::Tools::HMM" VERSION="1.0050021"/>

--
Jedaï

[Jasmine80]

J'ai essayé de l'installer directement dans le ppm
C:\Perl\HMM\bioperl-1.5.2_102
C:\Perl\HMM\bioperl-1.5.2_102\Bio\Tools\HMM.pm

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ppm> install HMM\bioperl-1.5.2_102

et ça ne fonctionne pas
Où est mon erreur?

J'ai aussi essayé en renommant 'bioperl-1.5.2_102' simplement 'bioperl'
Est-ce que je doit donner le chemin à partir de la racine C?
Est-ce un problème de slash au lieu de mon backslah?
Ne dois-je installer que HMM.pm afin que cela fonctionne?

Merci,

Jasmine,

[djibril]

oui jedai, je suis d'accord avec toi, mais bon c'est bizarre.
si tu fais

ppm-shell
search Bio::Tools::HMM

=> il te liste les modules et il est bien dedans
si tu fais install

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Bio::Tools::HMM

, il ne le trouve pas.

Neanmoins, en faisant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -e "use Bio::Tools::HMM"

tu t'apercois qu'il a besoin du package bioperl-ext
hors dans ton ppm, tu verras que tu ne disposes que de bioperl-gui, bioperl-db
bioperl-network et bioperl-run

donc faut l'installer.

[djibril]

J'ai essayé de l'installer directement dans le ppm
C:\Perl\HMM\bioperl-1.5.2_102
C:\Perl\HMM\bioperl-1.5.2_102\Bio\Tools\HMM.pm

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ppm> install HMM\bioperl-1.5.2_102

et ça ne fonctionne pas
Où est mon erreur?

J'ai aussi essayé en renommant 'bioperl-1.5.2_102' simplement 'bioperl'
Est-ce que je doit donner le chemin à partir de la racine C?
Est-ce un problème de slash au lieu de mon backslah?
Ne dois-je installer que HMM.pm afin que cela fonctionne?

Merci,

Jasmine,

Je te deconseil d'essayer d'installer manuellement les modules.
Pour l'instant reponds à mes questions suivantes :
1) As tu le repository bioperl ?
Actuellement, il existe de packages bioperl (1.2.3 et la plus recente 1.5.2_100)
Pour l'installer, j'ai les juste ajouter dans mon repository via ppm
name : bioperl1
location : http://bioperl.org/DIST/package.xml

name : bioperl2
location : http://bioperl.org/DIST/RC

2) toujours dans l'interface ppm
tape bio
Ensuite, as tu les modules bioperl-db, bioperl-network, bioperl-gui ?

3) As tu bioperl-ext ?
En ce qui me concerne, je ne l'ai pas, donc faudrait peut essayer de l'installer.
Donc je cherche

Voilà

[Jasmine80]

1) As tu le repository bioperl ?
Actuellement, il existe de packages bioperl (1.2.3 et la plus recente 1.5.2_100)
Pour l'installer, j'ai les juste ajouter dans mon repository via ppm
name : bioperl1
location : http://bioperl.org/DIST/package.xml
name : bioperl2
location : http://bioperl.org/DIST/RC

OUi, j'ai les sept suivants:
ActiveState PPM2 Repository
ActiveState Package Repository
bribes
theoryx
BioPerl
Roth
CPAN

2) toujours dans l'interface ppm
tape bio
Ensuite, as tu les modules bioperl-db, bioperl-network, bioperl-gui ?

ppm> bio

la commande est inconnue (je suis sous Windows XP, je ne sais pas si c'est important de le préciser)



Jasmine,

[Jedai]

Tapes juste "search bioperl", puis "install n" ou n sera le numéro désignant la dernière version de bioperl dans la liste que vient de te donner search.

Ensuite, il va falloir que tu installes le moteur en C qui permet d'utiliser HMM, je l'ai compilé pour toi, mais je ne suis pas sûr qu'il fonctionne bien... A toi d'essayer. Pour l'installer, tu vas télécharger l'archive que je met en pièce jointe, et la décompresser dans un répertoire "rep" quelconque. Ensuite tu feras en ligne de commande : "ppm install rep\Bio-Tools-HMM.ppd".

Dis nous si ça marche.

--
Jedaï

[Jasmine80]

Un grand merci de faire tout cela pour moi, c'est très gentil.
J'ai le choix entre

bioperl [1.2.3] Bioinformatics Toolkit
bioperl [1.2.3] bioperl
Bioperl1-1.4 [1.4] Bioperl 1.4 PPM3 Archive
bioperl-gui [0.7] tK interface...
bioperl-gui [0.7] bioperl-gui

Je peux prendre le 3eme? Pourquoi est-il écrit Archive?


Jasmine,

[djibril]

je te disais de mettre bio dans le champ de recherche de ppm (dans l'interface).
Sinon via le DOs, tu peux faire comme te l'a dis jedai.
ppm-shell
ppm> search bioperl*
et moi j'ai

1: bioperl
Bioinformatics Toolkit
Version: 1.5.2_100
Released: 2006-12-6

2: bioperl
Bioinformatics Toolkit
Version: 1.2.3

3: bioperl-db
bioperl-db - package for biological databases
Version: 1.5.2_100
Released: 2006-12-6

4: bioperl-gui
Tk interface to Bio::SeqI objects
Version: 0.7

5: bioperl-network
bioperl-network - package for biological networks
Version: 1.5.2_100
Released: 2006-12-6

6: bioperl-run
bioperl-run - wrapper toolkit
Version: 1.5.2_100
Released: 2006-12-6

moi j'ai ppm 4 (ppm version)

[Jasmine80]

tu feras en ligne de commande : "ppm install rep\Bio-Tools-HMM.ppd".

Cela semble avoir fonctionner
J'ai à l'écran:

Installing C:\Perl\site\lib\Bio\Ext\HMM.pm
Successfully installed Bio-Ext-HMM version 0.1 ActivePerl 5.8.3.809

Par contre si dans un programme j'utilise

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Bio::Tools::HMM;

J'obtiens

Can't locate Bio/Tools/HMM.pm in @INC (@INC contains: P:\Perl\scripts\MANIPU~1\HMM\ C:/Perl/lib C:/Perl/site/lib .) at P:\Perl\scripts\MANIPU~1\HMM\HMM.pl line 12.

J'ai dans
C:\Perl\site\lib\auto\Bio\Ext\HMM\
3 fichiers: .packlist, HMM.bs, HMM.dll

Je ne vois pas de HMM.pm


Jasmine,

[Jedai]

C'est parce que tu n'as toujours pas installé Bioperl... Je te fais le même paquetage mais pour Bioperl cette fois :
tu télécharges l'archive, tu la décompresses dans le répertoire rep et tu lances "ppm install rep\bioperl.ppd".

Archive.

--
Jedaï

[djibril]

C'est parce que tu n'as toujours pas installé Bioperl... Je te fais le même paquetage mais pour Bioperl cette fois :
tu télécharges l'archive, tu la décompresses dans le répertoire rep et tu lances "ppm install rep\bioperl.ppd".

Archive.

--
Jedaï

normalement, il n'y a même pas bseoin de compiler.
En rajoutant les repositories de bioperl que j'ai cité plus haut, ça suffisait pour installer bioperl via l'interface TK.