Discussion :

[raspout81]

bonjour,

J'ai deux tables que je souhaite utiliser dans ma base de données :
- une table genes_in_operons (id_operon INT , locus VARCHAR, id_organism INT)
-all_vs_all (locus VARCHAR, accessionVARCHAR, Pvalue INT)

la table genes_in_operons contient tous les 'locus' que je souhaite afficher dans mes resultats. Ci-dessous ma requete :

Code :

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SELECT id_operon,genes_in_operons.locus,A1.Pvalue,A2.Pvalue FROM genes_in_operons
LEFT OUTER JOIN all_vs_all AS A1
ON genes_in_operons.locus=A1.locus
LEFT OUTER JOIN all_vs_all AS A2
ON A1.locus=A2.accession
WHERE A2.locus=$locus_target
AND A1.accession=$locus_target
AND id_organism =$id_org_refer

$locus_target et id_org_refer étant defini precedemment dans mon code (c'est du perl, mais peu importe)

Mon probleme est que la jointure sur les deux tables all_vs_all n'existe pas toujours. Mais je voudrais un resultat du genre :

+--------------------------------------------------------------+
| id_operon | locus | A1.Pvalue |A2.Pvalue |
+--------------------------------------------------------------+

Et que quand la condition A0.locus=A1.locus ou A0.locus =A2.accession ne peut pas etre trouvé dans les tables jointes la ligne s'affiche quand meme dans les resultats, sans renseigner les deux derniers champs.

Voila j'espere avoir été a peu pres clair. Si ce n'est pas le cas, je suis a votre entiere disposition.

Merci d'avance.

[Lawyer666]

Je crois que tu as oublié de préciser à quelle table faisait référence A0. :/
A genes_in_operons je présume ?

[ced]

Bonjour,

Je suis pas sûr d'avoir tout bien saisi, mais essaie en changeant la deuxième condition de jointure comme ça :

Code :

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SELECT id_operon,genes_in_operons.locus,A1.Pvalue,A2.Pvalue FROM genes_in_operons
LEFT OUTER JOIN all_vs_all AS A1
ON genes_in_operons.locus=A1.locus
LEFT OUTER JOIN all_vs_all AS A2
ON genes_in_operons.locus=A2.accession
WHERE genes_in_operons.locus=$locus_target
AND A1.accession=$locus_target
AND id_organism =$id_org_refer

La différence, c'est que si il n'y a pas de correspondance entre genes_in_operons et accession, la seconde jointure peut quand même se faire.

ced

[raspout81]

Merci de vous interesser à mon cas.
Corcenant le A0, c'est juste une erreur de copie dans le poste, mais lors des mes essais j'avais bien mis le A0 en alias de ma table genes_in_operons.

Concernant la deuxieme solution (ced), j'ai effectivement essayé ça, mais le resultat et le meme.En effet en général lorsque la premiere jointure n'est pas possible, la deuxieme non plus)

En fait pour mieux expliquer mon probleme :

-j'ai ma table gene_in_operons avec une liste de genes (locus) (cette table contient tous les locus que je souhaite avoir dans mon resultat)

-la deuxieme table all_vs_all, contient une liste de comparaison entre ces genes (locus vs accession) et lui attribue une valeur de vraissemblance (Pvalue). Seulement dans cette table il n'y a pas toutes les comparaisons entre tous les genes de la table genes_in_operons.

en realite dans une premiere requete je recupere tous les genes de la table genes_in_operon (dans un boucle, donc un gene a chaque tour que j'appelle 'x'). Puis dans une deuxieme boucle, je recupere une serie d'autres genes (que j'appelle 'y'). Et dans la meme requete, je souhaite recuperer la Pvalue correspondante a X comparé à Y, et Y comparé àX.Et si la comparaison n'existe pas (ligne inexistante dans la table all_vs_all) qu'il me renvoie la valeur NULL ou UNDEF pour mes Pvalues. Et actuellement la requete ne me renvoie la ligne que si tous les champs existent !! Voila J'espere avoir eclairci le probleme.

Je sais pas trop, peut etre inserer des sous requetes, ou je ne sais pas quoi. Je pourrais resoudre le probleme en faisant trois requetes, mais comme la base de données est considerable, la perte de temps devient importante.

Je precise que ce sont des requetes executés dans un programme perl (USE DBI

Pour résumé, je veux afficher simplement ma table genes_in_operons, et lorsque la jointure est possible, je la fait et j'affiche les valeurs, si impossible afficher la ligne avec des valeurs NULL pour les deux derniers champs.

Merci d'avance.

Bien entendu, toujours a votre disposition pour de plus amples renseignements.

PS:si d'aventure vous aviez une idée pour mettre un titre un peu plus parlant, je suis preneur !!

[ced]

Bon, je suis toujours pas sûr de comprendre ce que tu appelles des boucles...
Ce sont des boucles du code ?
Autre question, qui conditionne un peu la requête : est-ce que, dans all_vs_all, tu as une symétrie entre locus et accession. Je m'explique : reprenons X et Y comme locus, as-tu potentiellement 2 lignes différentes avec locus = X, accession = Y pour l'une (et sa Pvalue) puis locus = Y, accession = X pour l'autre (avec sa Pvalue, qui peut être la même ou pas... on s'en moque pour la requête).
Voilà une requête qui croise tous les X et Y d'un coup, sans ramener le cas X = X :

Code :

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select gio.locus, gio2.locus, ava.locus, ava.accession, ava.Pvalue
from genes_in_operons gio
inner join genes_in_operons gio2 on gio.locus <> gio2.locus
left join all_vs_all ava on ava.locus = gio.locus and ava.accession = gio2.locus
order by gio.locus, gio2.locus

Ca fait ce que tu veux ?

ced

[raspout81]

ok, oui on peut trouver deux lignes comparant X et Y donnant une Pvalue, puis une comparant Y et X donnant une autre Pvalue. Ton code ne me donnait pas tout a fait ce que je voulais, mais il m'a permis de me rendre compte que je devais inclure mes conditions sur le ON des jointures. Au bout du compte, le code est assez simple :

Code :

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SELECT A0.id_operon,A0.locus,A1.Pvalue,A2.Pvalue
FROM genes_in_operons A0
LEFT JOIN all_vs_all A1 ON A1.locus=A0.locus and A1.accession=$locus_target
LEFT JOIN all_vs_all A2 ON A2.accession=A1.locus and A2.locus=$locus_target
where A0.id_organism=$id_org_target

Merci d'avoir passer du temps sur mon problème.

Bonne continuation.