convertir chaque element d'une liste

**fripette** · 09/08/2007, 15h51

Bonjour !
La chose semble simple. Je suis relativement contente du code que j'ai pondu mais il marche pas et je sais pas pourquoi.

Le principe : parcourir une sequence LRAEMN.... et remplacer chaque position par la lettre en cours
exemple :
la lettre en cours est A
donc dans la sequence MTESTAAVTTSGHSLT :
dans mon fichier sortie je devrais avoir
ATESTAAVTTSGHSLT
MAESTAAVTTSGHSLT
MTASTAAVTTSGHSLT
ainsi de suite jusqu' à la derniere
MTESTAAVTTSGHSLA

puis on fait la même chose pour la lettre suivante (les lettres sont determines dans @AcideAmine)
voici ce que j'ai fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq = "";
 
while (my $ligne = <INFILE>) {
 
	if ($ligne =~ /^[\s\t]+$/) 
		{ next }   
 
	else {		
              #mutation de chaque position de la chaine 
		my @AcideAmine= ();
		@AcideAmine =("A","R","N","D","C","Q","E","G","H","I","L","K","M","F","P","S","T","W","Y","V");
 
		my $aa;
		chomp($ligne); #enleve le saut à la ligne à la fin 
		my @seq = split(//,$ligne);
		foreach $aa(@AcideAmine) {		
			#induction de la mutation pour chaque lettre de la sequence
			foreach my $lettre(@seq){
 
				my $x= $lettre cmp $aa;
				if ($x != 0){
					splice(@seq,$seq[$lettre],1,$aa);
					$seq = join(";",@seq);
					$seq=~ s/;$//;
					print OUTFILE $seq."\n"
							}
				else 
					{next}
 
						}
					}
 
		}
}

mon message d'erreur est :
Argument "N" isn't numeric in array element at Mutation.pl line 39, <INFILE> line 4.
Argument "D" isn't numeric in splice at Mutation.pl line 39, <INFILE> line 4.

Je suis d'accord que c'est pas numerique et justement c'est pas ce que je veux !
en plus j'utilise splice qui est fait pour les listes???
no comprendo

danke schon sehr sehr

**djibril** · 09/08/2007, 15h55

je deplace le sujet dans le sous forum bioinfo
Quel le but de ton script bioinformatiquement parlant par curiosité? Créer des mutation ponctuelle? et pourquoi le A?

**Arioch** · 09/08/2007, 15h57

Tu ne nous a pas mis le code en entier mais je suppose que la ligne 39 de ton script doit être l'une de ces deux là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
my $x= $lettre cmp $aa;
if ($x != 0){

Essaie de les remplacer uniquement par cette ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if ($lettre ne $aa) {

**fripette** · 09/08/2007, 16h00

j'ai essayé effectivement avec ne : pareil marche pas
oui induire des mutations ponctuelles puis faire des calculs

en fait le A c'est un acide amine je fais induire des mutations dans ma sequences avec chaque acide amine (cf @acideamine)

**djibril** · 09/08/2007, 16h15

la meilleure façon et la plus propre est d'utiliser la fonction substr à 4 arguments

**Arioch** · 09/08/2007, 16h19

Cette ligne là ne va pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

splice(@seq,$seq[$lettre],1,$aa);

tu utilises $lettre comme indice (ou position) dans le tableau $seq alors que $lettre n'est pas un numéro mais une lettre (A par exemple)

**djibril** · 09/08/2007, 16h26

pour te guider sur la puissance de substr, voici un exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $sequence = "AZERTY";
my $position = (length($sequence) - 1);
for(0..$position) {
  my $new_sequence = $sequence;
  substr($new_sequence, $_, 1,"M");
  print "$new_sequence\n"; 
}

Resultat :

MZERTY
AMERTY
AZMRTY
AZEMTY
AZERMY
AZERTM

**djibril** · 09/08/2007, 16h30

un autre plus amelioré pour toi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $sequence = "AZERTY";
my @AcideAmine =("A","R","N","D","C");
my $position = (length($sequence) - 1);
foreach my $AA (@AcideAmine) {
  print "<======== Remplacement de $AA =========>\n";
  for(0..$position) {
    my $new_sequence = $sequence;
    substr($new_sequence, $_, 1,$AA);
    print "$new_sequence\n"; 
  }
}

Resultat :

<======== Remplacement de A =========>
AZERTY
AAERTY
AZARTY
AZEATY
AZERAY
AZERTA
<======== Remplacement de R =========>
RZERTY
ARERTY
AZRRTY
AZERTY
AZERRY
AZERTR
<======== Remplacement de N =========>
NZERTY
ANERTY
AZNRTY
AZENTY
AZERNY
AZERTN
<======== Remplacement de D =========>
DZERTY
ADERTY
AZDRTY
AZEDTY
AZERDY
AZERTD
<======== Remplacement de C =========>
CZERTY
ACERTY
AZCRTY
AZECTY
AZERCY
AZERTC

**djibril** · 09/08/2007, 16h43

pour faire propre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @AcideAmine =("A","R","N","D","C");
my $une_sequence = "AZERTY";
my @seq_mutees;
foreach my $mutation (@AcideAmine) {
  @seq_mutees = creation_mutation_ponctuelle($une_sequence,$mutation);
  #On affiche toutes les sequences
  print "mutation : $mutation\n";
  foreach (@seq_mutees){
    print "$_\n";
  }
}
 
 
sub creation_mutation_ponctuelle {
  my ($sequence, $mutation) = @_;
  my @sequences_mutees;
  my $position = (length($sequence) - 1);
  for(0..$position) {
    my $new_sequence = $sequence;
    substr($new_sequence, $_, 1,$mutation);
    push (@sequences_mutees, $new_sequence); 
  }
  return @sequences_mutees;
}

Voilà, avec ça, ton script devrait etre fait facilement, devrait etre propre, rapide et maintenable.

**fripette** · 10/08/2007, 09h49

Ca marche super bien ! Merci beaucoup pour les codes que tu m'as fait et de m'avoir fait découvrir une autre fonction de substr.

J'ai une deuxieme petite question :
je cherche une expression régulière qui va extaire juste l'identifiant de mes sequences.
En effet voilà des exemples

>gi|111185918|ref|NP;4.52;4.35;
>M.1.A;4.35;
>identifiant_de_ma_sequence;12.5;15.9
donc voilà le schema > n'importe quel caractere possible et imaginable ; chiffre1;chiffre 2;...

donc il faudrait bien entendu que je me base sur le >...; (le premier ;)

j'ai essayé

$ligne =~ /^(>\w+;)/){
my $id = $1;

mais ca ne marche pas dû au :, | .... : comment dire en regex "n'importe quel caractere possible et imaginable " .
Merci bcp bcp Djibril.
Je dois t'avouer que c'est impressionnant la maîtrise que vous avez (moi jeune programmatrice) c'est pas pour passer de la pommade mais on se sent tout petit.
Au fait pourquoi ca marchait pas mon splice ??

**crochepatte** · 10/08/2007, 11h14

mais ca ne marche pas dû au :, | .... : comment dire en regex "n'importe quel caractere possible et imaginable " .

c'est le caractere "."

Va voir la FAQ, c'est une FAQ vraiment utile...

http://perl.developpez.com/faq/?page...72#sectionB72c

Au fait pourquoi ca marchait pas mon splice ??

La reponse t'est deja donné par Arioch...non?

Cette ligne là ne va pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

splice(@seq,$seq[$lettre],1,$aa);

tu utilises $lettre comme indice (ou position) dans le tableau $seq alors que $lettre n'est pas un numéro mais une lettre (A par exemple)

**fripette** · 10/08/2007, 11h21

Merci pr la réponse et désolée pour la faq !!
J'avais essayé les deux techniques : elles ne marchent pas mais merci je vais mettre resolu !

**crochepatte** · 10/08/2007, 11h30

Ton expression avec le "." ne marche pas?

**fripette** · 10/08/2007, 11h47

ben ecoute là apperement non
il faut bien que je ne mette pas de \ devant
donc ca devrait etre ca non? :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if ($ligne =~ /^>.\;/)

j'ai mis un \ devant le ; car je pense que c'est un metacaractere donc pr annuler sa signification
d'ailleurs dans la faq je comprend pas :
dans l'intro ya :
"Il s'agit maintenant d'étudier "le langage" des expressions régulières, fondé sur le rôle d'opérateur des métacaractères. Rappelons qu'il faut les "échapper" avec " \ " pour neutraliser leur action d'opérateurs.
"

puis dans le tableau

\ : Annule le rôle de méta-caractère du caractère qui suit, et lui permet d'avoir sa signification usuelle.

donc \ annule le sens méta caractere ou pas ??

**crochepatte** · 10/08/2007, 12h06

Ok, pour ton expression reguliere pourquoi a tu enlevé le "+"???

essaie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
if ($ligne =~ /^>.+;/)

Concernant les metacaracteres (tu peux voir que le ";" n'en ai pas un), il faut mettre un "\" devant pour annuler leur rôle: c'est a dire dans ton expression, tu a le metacaractere . qui represente n'importe quel caractere (sauf "\n"). Si tu veux te limiter a la recherche du caractere ".", ben il faut mettre un "\" devant... donc:
"." --> nimporte quel caractere
"\." --> seulement le caractere "."

J'espere que c'est pas trop confus...

**fripette** · 10/08/2007, 12h11

je me posais la question " mais pourquoi \d alors ?"
mais je viens de voir dans la FAQ que metacaractere (donc + *...) et caracteres speciaux ( d D W w) ce n'est pas la même chose
On peut faire du délestage là pour mes questions lourdes ?
Merci , je vais faire une pause c'était vraiment bête d'enlever le + ...PAUSE

convertir chaque element d'une liste

Bioinformatique Perl

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