Discussion :

[wonderyan]

Bonjour,

une simple question :

lorsque je compile un programme avec gcc et l'option -O3 (sensée optimiser) j'ai une erreur de segmentation que je ne rencontre pas avec -O1 ou même sans cette option.

Est-ce "normal" ou est ce que mon prog cache une erreure non détectée lors de la compilation.

Et si c'est ce dernier cas, avez vous une idée du genre d'erreur qui peut en etre la cause?

Merci bien,

Yan

[acx01b]

salut

il parait que parfois -O3 provoque des erreurs, et apparemment (presque) personne ne compile les noyaux de linux avec -O3

mais a priori ça cache un bug! (dépassement de chaine de caractère au hasard ?)

si tu mets le code ça peut aussi aider d'une manière générale

[Médinoc]

Pour les erreurs de -O3, je vois trois sources possibles:

• Comportement indéfini qui passe en dans les niveaux inférieurs (-O0, -O1, -O2) mais qui casse en -O3
• Code ne prenant pas en compte les contraintes supplémentaires de -O3 (notamment des trucs comme le "assume no aliasing" qui peuvent faire très mal).
• Bug de gcc.

[wonderyan]

ok donc faiblesses du code qu'on peut casiment considérer comme légitimes.
Je vais m'en tenir à du O1 même si ça semble pas changer grand chose (par contre O3 c'est sensible).
Désolé pour le code mais il fait 1000 lignes environs et utilise une bibliothèque que je parie que vous la connaissez pas (Acnuc).

Merci beaucoup messieurs,

Yan

[Médinoc]

Tu devrais essayer en -O2. Non seulement c'est plus "safe" que -O3, mais certains warnings, même activés, n'apparaissent qu'à partir de -O2...

[wonderyan]

oui he bien là ça pèche, c'est qu'en 02 aussi j'ai un segmentation fault. Vous allez me dire que les erreures doivent-être plus grossière et du coup si vous voulez voir mon code : !!
Et sinon j'ai aucuns warning à la compilation, même en O3 (mais je n'utilise pas l'option -w)

[Elboras]

ne pas utiliser -w est dommage je pense
avec un programme qui compile sans warning par exemple en : -W -Wall -pendantic -ansi
aura beaucoup moins de probleme a l'execution, de plus si tu test la libefence tu verra peut etre que tu fais des choses pas bien avec la memoire

[Médinoc]

Et tu rajoutes -Wwrite-strings pour faire bonne mesure.

[Gruik]

Je suis quasi-certain que c'est une erreur memoire (mauvais free, depassement...) et qui par le fruit du hazard fait planter en -O2/-O3 mais pas en -O0/-O1

[acx01b]

salut

le plus courrant:
c'est qu'en -O3 (et en -O2 dans une moindre mesure) tu as certaines zones mémoires (tableaux, chaines de caractères...) qui sont placées là où ça optimise, et résultat si tu débordes tu te retrouves à écraser tout et nimporte quoi (entre autre le ret de la fin de fonction qui assure un seg fault, ou des variables de la pile qui contenaient l'index dans un tableau...)
alors que sans -O tu avais cette zone mémoire gentiment suivie d'une zone mémoire non utilisée

sinon oui ça peut être un free vers un pointeur dans les choux aussi qui ne fait pas de seg fault sans -O ça m'est déja arrivé

[wonderyan]

wouhaou vous assurez trop!

Donc je tente de compiler et fixer tous les warnings avec ces options :

-W -Wall -pendantic -ansi -Wwrite-strings

J'étudie ça et vous remercie bien fort mersieurs,

yan

[wonderyan]

Ok donc voici la première inquiétude. Je ne comprend pas bien.
J'ai l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

warning: initialization discards qualifiers from pointer target type

Le forum m'a appris que c'est une histoire d'assigner à un pointeur non constant un pointeur constant.. Je savais pas qu'il y avait des pointeurs constant ounon...

Mais du coup c'est quoi qui va pas là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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char* trinuc_arr[] = {  "aaa", "aac", "aag", "aat", "aca", 
			"acc", "acg", "act", "aga", "agc", 
			"agg", "agt", "ata", "atc", "atg", 
			"att", "caa", "cac", "cag", "cat", 
			"cca", "ccc", "ccg", "cct", "cga", 
			"cgc", "cgg", "cgt", "cta", "ctc", 
			"ctg", "ctt", "gaa", "gac", "gag", 
			"gat", "gca", "gcc", "gcg", "gct", 
			"gga", "ggc", "ggg", "ggt", "gta", 
			"gtc", "gtg", "gtt", "taa", "tac", 
			"tag", "tat", "tca", "tcc", "tcg", 
			"tct", "tga", "tgc", "tgg", "tgt", 
			"tta", "ttc", "ttg", "ttt"};

???

[Montag]

Salut,

Remplacer :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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char* trinuc_arr[] = {  "aaa", "aac", "aag", "aat", "aca", 
			"acc", "acg", "act", "aga", "agc", 
			"agg", "agt", "ata", "atc", "atg", 
			"att", "caa", "cac", "cag", "cat", 
			"cca", "ccc", "ccg", "cct", "cga", 
			"cgc", "cgg", "cgt", "cta", "ctc", 
			"ctg", "ctt", "gaa", "gac", "gag", 
			"gat", "gca", "gcc", "gcg", "gct", 
			"gga", "ggc", "ggg", "ggt", "gta", 
			"gtc", "gtg", "gtt", "taa", "tac", 
			"tag", "tat", "tca", "tcc", "tcg", 
			"tct", "tga", "tgc", "tgg", "tgt", 
			"tta", "ttc", "ttg", "ttt"};

par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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14
 
char const *trinuc_arr[] = {  "aaa", "aac", "aag", "aat", "aca", 
			"acc", "acg", "act", "aga", "agc", 
			"agg", "agt", "ata", "atc", "atg", 
			"att", "caa", "cac", "cag", "cat", 
			"cca", "ccc", "ccg", "cct", "cga", 
			"cgc", "cgg", "cgt", "cta", "ctc", 
			"ctg", "ctt", "gaa", "gac", "gag", 
			"gat", "gca", "gcc", "gcg", "gct", 
			"gga", "ggc", "ggg", "ggt", "gta", 
			"gtc", "gtg", "gtt", "taa", "tac", 
			"tag", "tat", "tca", "tcc", "tcg", 
			"tct", "tga", "tgc", "tgg", "tgt", 
			"tta", "ttc", "ttg", "ttt"};

devrait supprimer le warning suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
warning: initialization discards qualifiers from pointer target type

[wonderyan]

Hum en fait je suis coincé en fait car voici le nouveau message d'erreur qui se présente :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

warning: assignment discards qualifiers from pointer target type

pour en fait cette fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void set_trinucl_index(void) {
 
	// The 64 possible trinucleotides -- Look at the commented function "print_table_of_all_trinucl" at the bottom of this file
	char const *trinuc_arr[] = {  
			"aaa", "aac", "aag", "aat", "aca", 
			"acc", "acg", "act", "aga", "agc", 
			"agg", "agt", "ata", "atc", "atg", 
			"att", "caa", "cac", "cag", "cat", 
			"cca", "ccc", "ccg", "cct", "cga", 
			"cgc", "cgg", "cgt", "cta", "ctc", 
			"ctg", "ctt", "gaa", "gac", "gag", 
			"gat", "gca", "gcc", "gcg", "gct", 
			"gga", "ggc", "ggg", "ggt", "gta", 
			"gtc", "gtg", "gtt", "taa", "tac", 
			"tag", "tat", "tca", "tcc", "tcg", 
			"tct", "tga", "tgc", "tgg", "tgt", 
			"tta", "ttc", "ttg", "ttt"
	};
 
	// Initialisation of the dictionnary that will give for a trinucleotide its corresponding index in RFDD-Base
	hcreate(64);
 
	// Element of the dictionnary of trinucleotides
	ENTRY trinuc_dic_e;
	int i;
 
	for (i=0; i < 64; i++) {
		trinuc_dic_e.key = trinuc_arr[i];
		trinuc_dic_e.data = (void*) i+1;
		hsearch(trinuc_dic_e, ENTER);
	}
 
}

et comme je me sents pas trop dans l'ame de toucher à la focntion hsearch de la librairie <search.h> , je suis bien embêté.

Ou alors je fais fit de ce warning ? Mais si ça se trouve c'est lui qui bugg en compilant avec -O3 ?!...

[wonderyan]

Et puis l'option -ainsi est assez trash quand même!

Y'a pas moyen de le rendre silencieux sur les commentaires obliques ?!!!!

[DaZumba]

Et puis l'option -ainsi est assez trash quand même!

C'est -ansi, et effectivement les commentaires a la C++ ne sont pas acceptes en C90. Tu peux essayer -std=c99 a la place.

Pour les chaines de caracteres constantes, les warnings sont plutot informatifs qu'autre chose. Si les chaines ne sont pas jamais modifiees, tu es tranquille et la source de ton erreur n'est pas la.

[wonderyan]

ok merci je vais chercher.

J'applique résolu à ce post car si j'ai aps trouvé ce bug en tout cas vous en avez assez fait!
Bon week end !!!

Et merci encore, vous irez au paradi,

Yan