Merci SQLPro pour toutes ces informations.

J'ai placé les index, j'ai revu la position de la base Centrale (j'ai fait une réplication, mais ça marche moyen, faut que je retravaille la planiffication, ça n'a pas marché cette nuit et je vois pas pourquoi).

Bref, pour l'instant les perf sont pas trop mal, mais il y a quelques comportements incohérents parfois. Aucune activité sur le serveur et des temps de réponses pas possibles.

Bon, je vais cloturer ce topic parce que j'ai plus ou moins ma réponse.
Je vais peut être en rouvir un autre sur un point précis pour faire une jointure au lieu du NOT IN.

En tout cas merci à tout le monde.