Discussion :

[saeba357]

Bonjour a tous
je suis nouveau et je debute en perl.
alors ne vous moquer pas trop de moi si les question sont stupide
j'aimerai realiser des comparaisons entre des sequence et connaitre le meilleur alignement du coups j'aimerai faire une matrice.
je voulais savoir si il existe une fonction qui mettrai chaque lettre d'une phrase dans une case du tableau ou dois je faire ca comme en c sachant que la phrase est donner par un stdin?

c'est a dire que si ma phrase est abcde j'ai:

_ a|b|c|d|e|
a
b
c
d
e



merci pour votre aide

[Jasmine80]

Bonjour,


Je ne connais aucune fonction faisant directement cela. A ta place, je récupèrerais la séquence puis j'effectuerais un split. Ensuite, je créerais un tableau.
$Table{$lettre1}{$lettre2}=0;
Par exemple $lettre1 serait la ligne et $lettre2 la colonne.

$Table{"0_A"}{"0_A"} $Table{"0_A"}{"1_B"} $Table{"0_A"}{"2_C"}

$Table{"1_B"}{"0_A"} $Table{"1_B"}{"1_B"} $Table{"1_B"}{"2_C"}

$Table{"2_C"}{"0_A"} $Table{"2_C"}{"1_B"} $Table{"2_C"}{"2_C"}

Avec un chiffre autoincrémenté afin d'être certain de ne pas avoir de clés identiques dans le tableau.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
# use Data::Dumper;
 
my $seq = "ABC";
my %Table;
my @seq = split ("",$seq);
 
for (my $i = 0; $i < @seq; $i++)
{
        my $L1 = $i."_".$seq[$i];
        for (my $j = 0; $j < @seq; $j++)
        {
            my $L2 = $j."_".$seq[$j];
            $Table{$lettre1}{$lettre2}=0;
        }
}
 
# print Dumper %Table;

$VAR1 = '2_C';
$VAR2 = {
'2_C' => 0,
'1_B' => 0,
'0_A' => 0
};
$VAR3 = '1_B';
$VAR4 = {
'2_C' => 0,
'1_B' => 0,
'0_A' => 0
};
$VAR5 = '0_A';
$VAR6 = {
'2_C' => 0,
'1_B' => 0,
'0_A' => 0
};

Pour visualiser les données :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $L1 (sort keys%Table)
{
        foreach my $L2 (sort keys %{$Table{$L1}})
        {
                print $L1."\t".$L2."\t".$Table{$L1}{$L2}."\n";
        }
}

Il y a peut-être plus simple, mais je ne sais pas.


Jasmine,