Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un petit problème :

Voila ce que j'ai
$Table_MUT{$Position_MUT}{$Type_MUT}=$Score_MUT;
$Table_WT{$Position_WT}{$Type_WT}=$Score_WT;

et ce que je veux
1) Rechercher les positions n'étant pas communes
2) Pour les positions communes à MUT et WT vérifier que les types et les scores sont bien égaux

L'ennui c'est que je n'ai pas d'array pour utiliser la fonction grep.
Vaut-il mieux que je fasse des boucles ou alors que je crée des arrays contenant mes positions puis faire quelque chose qui ressemblerait à

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @Absent_Mut = grep(!exists($Table_MUT{$_}), @Position_WT);

Je récupère les informations dans un fichier donc je crée mes hash en parallèle avec mes array mais cela rend l'information redondante. Les deux tableaux non indexés contiennent environ 600 entrées mais cela pourrait être bien plus.


Merci,


Jasmine,

[Jasmine80]

Voila, j'ai trouvé grâce à un vieux script où Jedai m'avait aidé.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @Absent_WT = grep{!exists $Table_WT{$_}} keys(%Table_MUT);

Merci,


Jasmine,

[Jasmine80]

Et pour la suite?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @Absent_MUT = grep{!exists $Table_MUT{$_}} keys(%Table_WT);
if(@Absent_MUT > 0)
{
        print "\n\nPosition(s) de la séquence sauvage n'existant pas dans la séquence mutée\n";
        foreach (@Absent_MUT){print "$_\n";}
}
 
my @Absent_WT = grep{!exists $Table_WT{$_}} keys(%Table_MUT);
if(@Absent_WT > 0)
{
        print "\n\nPosition(s) de la séquence mutée n'existant pas dans la séquence sauvage\n";
        foreach (@Absent_WT){print "$_\t";}
}
print "\n\n";
 
# Récupération des valeurs communes aux deux séquences
my %instances = ();
map { $instances{$_}++ } keys(%Table_MUT);
map { $instances{$_}++ } keys(%Table_WT);
my @Commun = grep { $instances{$_} == 2 } keys(%instances);
 
 
# Pour les positions communes à MUT et WT vérifier que les types et les scores sont bien égaux
 
...

Pour les positions communes à MUT et WT vérifier que les types et les scores sont bien égaux.
J'ai une array contenant les positions communes.
Je ne vois pas comment faire sans boucle

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $Com (@Commun)
{
 
       analyse des 2 arrays
       @{$Table_WT{$Com}}
       @{$Table_MUT{$Com}}
       Comparer les types et si ils sont égaux comparer les scores
       Mon but est de récupérer ce qui est différent entre WT et MUT
 
}

Chaque position ne peut avoir qu'un seul type et chaque position est évidemment unique dans une séquence (2 séquences : WT ou MUT).

Merci,


Jasmine,

[Schmorgluck]

Je pense que le mieux, pour toi, est peut-être de créer un nouveau hash avec les positions communes pour clés et les résultats de comparaison pour données. Du coup, il n'est peut-être pas indispensable de créer un array avec les positions communes.

[Jasmine80]

En fait, j'ai crée une hash dont la clé est la position et la valeur la concaténation du type et du score. Ensuite, je les récupère individuellement par une ExpReg. De cette façon, j'évite donc l'array commune.

Jasmine,