Discussion :

[ctobini]

Bonjour,

Je suis en train de créer une base sous PostgreSQL 8.2 dans laquelle je stocke des séquence d'ADN, dont la longueur maximum est de 13 000 caractères environ.

Je voudrais sélectionner les séquences communes d'une table temporaire avec ma table de séquences.

Pour ceci, j'ai créé un index pour les séquences de chacune des tables :

target_sequence
idtarget_sequence SERIAL,
sequence TEXT

CREATE INDEX sequence_indx ON target_sequence(sequence);

targettmp
seq_ TEXT

CREATE INDEX seq_indx ON targettmp(seq_);

Je tente la commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

EXPLAIN select sequence, seq_ from targettmp, target_sequence where sequence = seq_

Et voici le résultat de l'EXPLAIN :



Apparement les index ne sont pas utilisés, les 2 tables ont 7 000 000 d'entrées chacune, si le parcourt est séquentiellement, la requête sera impossible.

Pourriez-vous m'aiguiller là-dessus ?

En vous remerciant,

C. Tobini

[ctobini]

Petite modification, j'ai tenté de saisir la totalité de mon fichier et des séquences trop longues ne sont pas acceptées en indexation.

Voici l'erreur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
ERROR:  index row size 2948 exceeds btree maximum, 2713
HINT:  Values larger than 1/3 of a buffer page cannot be indexed.
	Consider a function index of an MD5 hash of the value, or use full text indexing.

Sauriez-vous s'il est possible d'augmenter la taille du buffer en question ?

Auquel cas je vais me renseigner sur l'indexation full text.

En vous remerciant,

C. Tobini

[scheu]

Pour qu'il ait une chance d'utiliser l'index, il faut calculer les statistiques sur ta table : regarde du côté des commandes VACUUM et ANALYZE.
Essaie par exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

VACUUM FULL ANALYZE ta_table;

et regarde de nouveau le plan d'exécution pour voir si l'index sera utilisé.
Par ailleurs ce n'est pas parce que tu as un index qu'il sera toujours préféré au "seq scan" par l'optimiseur, ça dépend du coût estimé