Discussion :

[b_reda31]

Bonjour à vous,
Je prépare actuellement mon projet de fin d'étude sur le théme Segmentation d'images médicales par la méthode des contours actifs et plus précisement méthode Snake.
Je voudrai avoir vos avis sur "l'interet" d'utiliser cette méthode pour les images médicales.


Pour decrire un peu a quoi ressemble l'application,l'utilisateur dessinera un contour dans l'image à l'interieur de l'objet qui l'interesse.En déroulant l'algorithme le contour qui a été initialisé changera de forme (Selon des critéres...)pour enfin se superposer avec l'objet (dans le meilleur des cas)
C'est une description trés vaste du processus mais là n'est pas la question c'est juste pour vous donner une idée sur les résultats obtenus.



Toute réponse de votre part m'interresse.Je voudrai bien argumenter sur l'interet d'utiliser cette méthode pendant ma soutenance.
Merci d'avance.

[ToTo13]

Bonjour,

plus qu'une argumentation dans cette discussion, tu obtiendras les meilleures réponses en lisant des articles sur le sujet, surtout les articles faisant des "review" (état de l'art), comparaisons de méthodes.
Tu auras l'avis des chercheurs sur le sujet.

[JeromeBcx]

Bonjour à vous,
Je prépare actuellement mon projet de fin d'étude sur le théme Segmentation d'images médicales par la méthode des contours actifs et plus précisement méthode Snake.
Je voudrai avoir vos avis sur "l'interet" d'utiliser cette méthode pour les images médicales.

C'est un peu vague "image médicale". Ce n'est qu'un avis d'un programmeur ayant déjà joué avec les serpents... comme suggère Toto13, les chercheurs dans le domaine, via les publications, seront à même de te fournir les réponses à ton sujet.
Suivant le type d'images, le contenu, et la manière d'acquisition (IRM, scaner, ...), un snake ne se comportera pas de la même manière, et je pense qu'il est très dangereu de s'aventurer vers une méthode générale s'essayant à couvrir tous les types d'images, les résultats seront passables alors que bien ciblé, les méthodes peuvent faire des miracles.
Enfin dernier avis, je trouve la méthode Snake un peu lente, mais dans le domaine de l'imagerie médicale, cela pose rarement de problème.

Bon projet

[b_reda31]

Tout d'abord merci à vous deux pour ces réponses,ils me serviront beaucoup mais plus tard...
Je pense m'être mal exprimer en posant cette question,pour le moment je ne me spécialise pas dans un certain type d'images médicale,je voudrai juste avoir une idée Générale sur l'interet d'utiliser cette méthode,Je m'explique:
Par exemple sur une IRM du cerveau,le radiologue(l'utilisateur) dessinera un petit cercle à l'interieur d'un objet suspect (Tumeur par exemple),Ensuite le cercle va changer de forme petit à petit pour prendre à la fin la forme de la tumeur.
Cela a l'air intéressant,mais je ne vois pas vraiment à quoi cela peut sérvire puisqu'on voit la tumeur! (ainsi que sa forme!)
Je me dis alors que c'est peut être pour pouvoir récolter automatiquement certaines informations tel que sa surface?? je ne vois pas autre chose ....et vous? des idées?

Pour le moment je ne veux pas l'avis d'un expert (médecin),car vos réponses m'interéssent même si elles sortent du domaine de la medecine pour être plus générales.

Merci à vous.

[JeromeBcx]

En effet, une des applications principales est de simplifier la vie de l'utilisateur.
Il va repérer en gros la zone à vérifier, le serpent, en fonction de ces propriétés, va repérer le contour d'un objet.
Avec ce contour, on peut faire pas mal de chose, comme, effectivement, calculer la surface, les dimensions, la densité à l'interieur de la zone, caractérisation de la texture, de la forme, ...
Bref, tout ce qu'il a besoin pour quantifier l'objet, sans être obligé de se tuer les yeux à compter les pixels manuellement.

C'est une technique de plus en plus employée, et qui je pense fait déjà ces preuves.

Elle s'adapte bien au domaine médicale, mais reste peu efficace dans le domaine de la détection quand le paramètre temps est important (temps réel) car l'algorithme est relativement lent.

Enfin, les paramètres doivent être configurer avec attention pour obtenir de bon résultats.

Voila un peu le bilan que je peux faire sur les snakes, sachant que je ne suis pas spécialiste dans ce domaine, dirons nous que j'ai croisé quelques fois le serpent dans mes projets.

[ToTo13]

Bonjour,

Par exemple sur une IRM du cerveau,le radiologue(l'utilisateur) dessinera un petit cercle à l'interieur d'un objet suspect (Tumeur par exemple),Ensuite le cercle va changer de forme petit à petit pour prendre à la fin la forme de la tumeur.
Cela a l'air intéressant,mais je ne vois pas vraiment à quoi cela peut sérvire puisqu'on voit la tumeur! (ainsi que sa forme!)
Je me dis alors que c'est peut être pour pouvoir récolter automatiquement certaines informations tel que sa surface?? je ne vois pas autre chose ....et vous? des idées?

C'est ça. Tu vois la tumeur, mais la segmentation automatique est extrêmement difficile, donc on demande à un utilisateur de pointer ce qu'il l'intéresse.
Ensuite comme tu l'as supposé, cela permet de donner des première informations sur la surface car cela va permettre une esptimation de la taille et aider le diagnostic. Certains algo plus évolués peuvent même faire une analyse de la texture de la tumeur afin de faire de l'aide au diagnostic.

[sirius2019]

Tout d'abord merci à vous deux pour ces réponses,ils me serviront beaucoup mais plus tard...
Je pense m'être mal exprimer en posant cette question,pour le moment je ne me spécialise pas dans un certain type d'images médicale,je voudrai juste avoir une idée Générale sur l'interet d'utiliser cette méthode,Je m'explique:
Par exemple sur une IRM du cerveau,le radiologue(l'utilisateur) dessinera un petit cercle à l'interieur d'un objet suspect (Tumeur par exemple),Ensuite le cercle va changer de forme petit à petit pour prendre à la fin la forme de la tumeur.
Cela a l'air intéressant,mais je ne vois pas vraiment à quoi cela peut sérvire puisqu'on voit la tumeur! (ainsi que sa forme!)
Je me dis alors que c'est peut être pour pouvoir récolter automatiquement certaines informations tel que sa surface?? je ne vois pas autre chose ....et vous? des idées?

Pour le moment je ne veux pas l'avis d'un expert (médecin),car vos réponses m'interéssent même si elles sortent du domaine de la medecine pour être plus générales.

Merci à vous.

Moi aussi j'ai le même sujet et bonne question pour ma part je vois que la segmentation par les contours actifs permet une meilleure approche de segmentation vis à vis par exemple de la méthode de niveaux d'eux ... Enfin c'est une nouvelle approche elle donne de assez bon résultats mais il faut toujours une bonne initialisation des paramètres et du contour initial.

[ToTo13]

Bonjour,

la méthode de niveaux d'eux ...

en français ça veut dire quoi ???

[pseudocode]

en français ça veut dire quoi ???

Ca doit être "les niveaux d'eaux", aka "Ligne de séparation des eaux / WaterShed"

[velkouby]

C'est compliqué de te donner des conseils sans aucune information sur ce que tu veux faire de ton snake. Si c'est pour une segmentation de tumeur sur des coupe IRM anatomique, alors ca peut etre utile si tu veux qu'il y ai une initialisation par l'utilisateur, bien qu'un algo par croissance de régions ferait tout aussi bien l'affaire. Le snake permet de passer au travers de régions avec peu de contraste. Donc si il y a certains endroits où les contours de ta tumeur sont pas bien définis, le snake pourra s'en sortir avec une contrainte de lissage.

Mais sans plus de précision, on ne peut pas te conseiller. Le type d'images, et leurs contenus sont deux éléments indispensables pour discuter segmentation.

Mais, si c'est juste un projet d'étude, fait l'algo qui te fais plaisir, car de toute manière, il y a des milliers d'algos avec tous une bonne raison de les utiliser!

[b_reda31]

Waaw!!je ne m'attendais pas à toutes ces reponses,merci encore à vous tous.
En ce qui concerne mon PFE je dois réaliser la segmentation des tumeurs du cerveau par la methode de contours actifs (Snake) et pour etre franc c'est la seule méthode de segmentation que j'ai
commencer à implementer.

Envoyé par JeromeBcx

on peut faire pas mal de chose, comme, effectivement, calculer la surface, les dimensions, la densité à l'interieur de la zone, caractérisation de la texture, de la forme, ...

Que représente la Densité à l'interieur de la zone?Est ce que cette valeur peut donner une aide au diagnostique?

Envoyé par velkouby
Si c'est pour une segmentation de tumeur sur des coupe IRM anatomique,
alors ca peut etre utile si tu veux qu'il y ai une initialisation par l'utilisateur, bien qu'un algo par croissance de régions ferait tout aussi bien l'affaire.
Le snake permet de passer au travers de régions avec peu de contraste. Donc si il y a certains endroits où les contours de ta tumeur sont pas bien définis, le snake pourra s'en sortir avec une contrainte de lissage.

Donc si je comprend bien,pour la segmentation des tumeurs des image IRM de cerveau,il vaudrait mieux utiliser le Snake car les image IRM sont de faible contraste?
est ce bien une raison d'utiliser le snake dans ce genre d'image?
Y en a t il d'autres?(de raisons)

[velkouby]

Donc si je comprend bien,pour la segmentation des tumeurs des image IRM de cerveau,il vaudrait mieux utiliser le Snake car les image IRM sont de faible contraste?
est ce bien une raison d'utiliser le snake dans ce genre d'image?
Y en a t il d'autres?(de raisons)

C'est toi qui sais à quoi ressemble tes images... On peut pas le deviner.
Pour le snake, je disais juste qu'avec une contrainte de rigidité, (tu mets un terme, dans l'énergie du snake à minimiser, qui correspond à sa courbure (intégrale de la courbure le long du snake)) on peut passer au travers d'une zone où le contraste est mal défini.

[JeromeBcx]

Que représente la Densité à l'interieur de la zone?Est ce que cette valeur peut donner une aide au diagnostique?

Euh, densité de ce que tu veux. Ce terme se voulait générique pour dire que la région sélectionnée, on peut réaliser toutes les opérations que le souhaite, prétraitements, traitements, analyses, diagnistique, dans le cadre de l'imagerie médicale ou autre.

[b_reda31]

Bonjour à tous,
La segmentation ayant réussi,j'ai devant moi un contour qui se superpose sur la tumeur et plus concrétement je dispose des coordonnées de l'ensemble des points à l'intérieur de ce contour ainsi que le niveau de gris de chaque point.

Maintenant je voudrai récolter le maximum d'informations à partir de ces résultats:
alors première information : le nombre de point à l'intérieurs du contour.Ce qui nous donne une idée sur la surface.

Ensuite je voudrai avoir une idée sur son emplacement...Dois je prendre le centre de gravité du contours comme étant sa position dans l'image?

Ce qui serait également intéressant,c'est avoir une idée sur l'homogénéité de cette surface.Ca aiderai le diagnostic (Présence de kyste à l'intérieur de la tumeur)
Mais comment ?Sous quelle forme représenter cette valeur?(Pourcentage par exemple )

PS:Si vous pouvez me proposer d'autres informations que je pourrais récolter n'hésitez pas...
Merci d'avance.

[ToTo13]

Maintenant je voudrai récolter le maximum d'informations à partir de ces résultats:
alors première information : le nombre de point à l'intérieurs du contour.Ce qui nous donne une idée sur la surface.

Ensuite je voudrai avoir une idée sur son emplacement...Dois je prendre le centre de gravité du contours comme étant sa position dans l'image?

Ce qui serait également intéressant,c'est avoir une idée sur l'homogénéité de cette surface.Ca aiderai le diagnostic (Présence de kyste à l'intérieur de la tumeur)
Mais comment ?Sous quelle forme représenter cette valeur?(Pourcentage par exemple )

Bonjour,

cela n'a plus grand chose à voir avec les Snake, je te conseille fortement de marquer cette discussion comme et d'en ouvrir une autre dans lalquelle tu détailles tes différentes informations.

[b_reda31]

Bonjour,

cela n'a plus grand chose à voir avec les Snake, je te conseille fortement de marquer cette discussion comme et d'en ouvrir une autre dans lalquelle tu détailles tes différentes informations.

Merci encore à vous tous.