Discussion :

[GLDavid]

Bonjour

J'écris un script sh qui doit être appelé par une tierce application.
En fait, ce script invoque la commande BLAST bien connue des bioinformaticiens

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/sh
 
if [ $# -ne 3  ]
then
        exit 1
fi
 
USER=$1
shift
BLAST_CMD=$1
shift
PATH=$1
 
while [ `ps -fu $USER | grep -v grep | grep -c blastall` -ge 4 ]
do
        sleep `perl -e 'int(rand(100)'`
done
cd $PATH
$BLAST_CMD | at now + `at -l | wc -l` min

Or, à l'exécution, j'ai les erreurs suivantes:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BLAST.sh: line 14: ps: command not found
BLAST.sh: line 14: grep: command not found
BLAST.sh: line 14: grep: command not found
BLAST.sh: line 14: [: -ge: unary operator expected
BLAST.sh: line 19: wc: command not found
BLAST.sh: line 19: at: command not found
BLAST.sh: line 19: at: command not found

Bien bizarre que des commandes simples comme ça ne soient pas reconnues
Si quelqu'un a une idée, il est le bienvenu.

@++

[ggnore]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sleep `perl -e 'int(rand(100)'`

ça m'a tout l'air de manquer de parenthèse fermante

[GLDavid]

Salut ggnore
J'ai corrigé ce problème. Malgré tout, j'ai toujours les mêmes erreurs à l'exécution
Merci à toi de ta réponse toutefois.

@++

[valefor]

C'est quoi la ligne de commande pour invoquer ton script ?

Le troisième paramètre écrase la variable PATH. Donc si tu ne spécifies pas /bin et /usr/bin c'est probable que tu n'ais plus accès aux outils de base.

[GLDavid]

Tu as raison valefor, c'est ma faute, j'ai pas fait gaffe
Merci à toi, j'ai été négligent.

@++