C'est étrange que ton include ne fonctionne pas, je fais la même chose et ça fonctionne très bien, fonction JS y comprit. A l'intérieur d'un formulaire par contre c'est un peu bizarre, à quoi correspond exactement ton code PHP ?
Du coup, ton JS n'est pas positionné au bon endroit dans le code HTML et ça peut poser problème.
Tu peux essayer de faire un echo de ton form dans ton fichier PHP à la place de le mettre dans ton fichier appelant.
Sinon ca vient peut-être de la façon dont tu appelles ta fonction, avec un bout de code ça serait plus simple.
Et mélanger HTML/CSS/JS/PHP n'est pas un problème, c'est le cas pour la majorité des sites
Au fait, pour faire un <?php include() ?>, ton fichier doit avoir l'extension PHP, j'espère que c'est le cas sinon t'as trouvé le problème ^^
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