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**Jasmine80** · 11/06/2008, 13h52

Bonjour,

J'ai un obje $seq contenant plusieurs sous-objets (corrigez moi si mon vocabulaire est incorrect)

Voici 2 des nombreux sous-objets de mon objet $seq

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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                                 bless( {
                                          '_source_tag' => 'EMBL/GenBank/SwissProt',
                                          '_gsf_seq' => $VAR1->{'primary_seq'},
                                          '_location' => bless( {
                                                                  '_strand' => -1,
                                                                  '_seqid' => 'CP000733',
                                                                  '_location_type' => 'EXACT',
                                                                  '_start' => '1892972',
                                                                  '_end' => '1893048',
                                                                  '_root_verbose' => 0
                                                                }, 'Bio::Location::Simple' ),
                                          '_gsf_seq_id' => 'CP000733',
                                          '_primary_tag' => 'tRNA',
                                          'annotation' => bless( {
                                                                   '_typemap' => bless( {
                                                                                          '_type' => {
                                                                                                       'locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'comment' => 'Bio::Annotation::Comment',
                                                                                                       'reference' => 'Bio::Annotation::Reference',
                                                                                                       'product' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'dblink' => 'Bio::Annotation::DBLink',
                                                                                                       'old_locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue'
                                                                                                     }
                                                                                        }, 'Bio::Annotation::TypeManager' ),
                                                                   '_annotation' => {
                                                                                      'locus_tag' => [
                                                                                                       bless( {
                                                                                                                'value' => 'CBUD_1916'
                                                                                                              }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                     ],
                                                                                      'product' => [
                                                                                                     bless( {
                                                                                                              'value' => 'tRNA-Ile'
                                                                                                            }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                   ],
                                                                                      'old_locus_tag' => [
                                                                                                           bless( {
                                                                                                                    'value' => 'COXBU7E912_1916'
                                                                                                                  }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                         ]
                                                                                    }
                                                                 }, 'Bio::Annotation::Collection' )
                                        }, 'Bio::SeqFeature::Generic' ),                                 bless( {
                                          '_source_tag' => 'EMBL/GenBank/SwissProt',
                                          '_gsf_seq' => $VAR1->{'primary_seq'},
                                          '_location' => bless( {
                                                                  '_strand' => -1,
                                                                  '_seqid' => 'CP000733',
                                                                  '_location_type' => 'EXACT',
                                                                  '_start' => '1893237',
                                                                  '_end' => '1894693',
                                                                  '_root_verbose' => 0
                                                                }, 'Bio::Location::Simple' ),
                                          '_gsf_seq_id' => 'CP000733',
                                          '_primary_tag' => 'rRNA',
                                          'annotation' => bless( {
                                                                   '_typemap' => bless( {
                                                                                          '_type' => {
                                                                                                       'locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'comment' => 'Bio::Annotation::Comment',
                                                                                                       'reference' => 'Bio::Annotation::Reference',
                                                                                                       'gene' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'product' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                                                       'dblink' => 'Bio::Annotation::DBLink',
                                                                                                       'old_locus_tag' => 'Bio::Annotation::SimpleValue'
                                                                                                     }
                                                                                        }, 'Bio::Annotation::TypeManager' ),
                                                                   '_annotation' => {
                                                                                      'locus_tag' => [
                                                                                                       bless( {
                                                                                                                'value' => 'CBUD_1917'
                                                                                                              }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                     ],
                                                                                      'gene' => [
                                                                                                  bless( {
                                                                                                           'value' => 'rrsA'
                                                                                                         }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                ],
                                                                                      'product' => [
                                                                                                     bless( {
                                                                                                              'value' => '16S ribosomal RNA'
                                                                                                            }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                   ],
                                                                                      'old_locus_tag' => [
                                                                                                           bless( {
                                                                                                                    'value' => 'COXBU7E912_1917'
                                                                                                                  }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                                                         ]
                                                                                    }
                                                                 }, 'Bio::Annotation::Collection' )
                                        }, 'Bio::SeqFeature::Generic' ),

J'aimerais parcourir ces sous-objets et récupérer des informations. Je recherche la position de départ du produit '23S ribosomal RNA'. Un seul des sous-objets possède cette valeur comme produit. Dans cet exemple, je voudrais récupérer la valeur 1893237 de 'start'.

Je ne sais pas comment procéder. J'ai essayé avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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            foreach my $feature ($seq->get_SeqFeatures){
                if($feature->primary_tag eq 'rRNA') {
                    if($feature->has_tag('product') eq '23S ribosomal RNA') {
                        my $product = $feature->get_tag_values('product');
                        print "$product\n";
                    }
                }
            }

mais je ne sais pas où indiquer que le tag 'annotation' doit être utilisé.

Ou alors faire quelque chose comme ceci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        my @Features = $seq->get_SeqFeatures;
 
        $NombreObjets = @Features;
        print "Nbr objets = $NombreObjets\n";
 
 
        for ($s=0; $s<$NombreObjets; $s++){
 
                my $Features = $Features[$s];  # avance block par block
                foreach my $k (keys %$Features)
                {
                         ...

Ce n'est pas très clair car je ne sais pas quels termes utiliser, n'hésitez pas à me poser des questions.

Merci de votre aide,

**Jasmine80** · 12/06/2008, 16h12

J'ai fait

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print Dumper $feature->get_tag_values('product');

et j'obtiens

$VAR1 = '26S ribosomal RNA';

Y a-t'il moyen de récupérer 26S ribosomal RNA plus facilement que par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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                        my $rib;
                        foreach  ($feature->get_tag_values('product')){$rib = $_;};

Avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print Dumper $feature->location;

J'obtiens

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$VAR1 = bless( {
                 '_strand' => 1,
                 '_seqid' => 'CP000733',
                 '_location_type' => 'EXACT',
                 '_start' => '1096955',
                 '_end' => '1097233',
                 '_root_verbose' => 0
               }, 'Bio::Location::Simple' );

Je récupère start avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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                    foreach my $hash ($feature->location){
                        print ${$hash}{'_start'}."\n";
                    }

Est-ce correct? En tous cas, cela semble fonctionner.

Merci de votre aide,

**CKLN00** · 12/06/2008, 18h19

bha pour le coup de RIEN xD !

**Jasmine80** · 12/06/2008, 19h44

Je parlais comme aide, de vos conseils et commentaires utile ("utiles" ... n'est ce pas CKLN00) au sujet de mes morceaux de script

Merci,

**Jedai** · 12/06/2008, 20h02

Pourquoi est-ce que tu mets des foreach() partout ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $rib = $feature->get_tag_values('product');

et

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $start = $feature->location->{'_start'};

marchent tout aussi bien, non ?

--
Jedaï

**Jasmine80** · 12/06/2008, 21h16

Oui, merci. Je testerai demain matin au labo. Cela me paraissait bien compliqué avec foreach mais je ne voyais pas comment faire d'autre

.
... le pire, c'est que pour 'product', je l'avais bien fait sans foreach, ça devait être la fatigue.

Merci,

**Jasmine80** · 13/06/2008, 09h44

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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            foreach my $feature ($seq->get_SeqFeatures){
                my $start = $feature->location->{'_start'};
                my $end = $feature->location->{'_end'};
                if($feature->primary_tag =~ /rRNA/) {
                    my @tags = $feature->get_all_tags;
                    if($feature->has_tag('product') ) {
                        my $rib;
                        #foreach  ($feature->get_tag_values('product')){$rib = $_;}
                        $rib = $feature->get_tag_values('product');
                        if(($rib =~ /16S/)||($rib =~ /23S/)){
                            print "$rib\tstart : $start\tend $end\n";
 
                        }
                    }
                }
            }

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $start = $feature->location->{'_start'};

Cela fonctionne bien

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $rib = $feature->get_tag_values('product');

Mais cela ne fonctionne pas

Je me demandais aussi si le module PDL pourrait optimaliser ce script-ci?
http://search.cpan.org/dist/PDL/Basic/PDL.pm

En fait, chaque objet est énorme. J'ai imprimé le plus petit par un print $out_file Dumper $objet et il fait 257361 lignes.
Je dois récupérer dans ces objet, la séquence ADN, les index de début et de fin de la sous-séquence à extraire (par un substring). Les séquences à récupérer sont des génomes bactériens entiers et font parfois plus de 2 millions de nucléotides.

Avec une telle longueur de caractères, est-il préférable d'utiliser une référence sur mon scalaire?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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            my $genome = $seq->seq;
            my $ref_genome = \$genome;

Merci beaucoup,

**Jasmine80** · 13/06/2008, 10h33

Voici le script simplifier, (dans le script original, j'effectue la requête sur une liste d'accession). Cela pourra peut-être aider quelqu'un.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use Bio::DB::GenBank;
 
my $db="nucleotide";
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
my $accession = 'CP000733';
print "\n\nRécupération de la sous-séquence 23S_16S de $accession\n\n";
my $seq = $gb -> get_Seq_by_acc($accession);
my $genome = $seq->seq;
my $ref_genome = \$genome;
my $start_23S;
my $end_16S;
foreach my $feature ($seq->get_SeqFeatures){
    my $start = $feature->location->{'_start'};
    my $end = $feature->location->{'_end'};
    if($feature->primary_tag =~ /rRNA/) {
        my @tags = $feature->get_all_tags;
        if($feature->has_tag('product') ) {
            my $rib;
            foreach  ($feature->get_tag_values('product')){$rib = $_;}
            if($rib =~ /16S/){
                print "$rib\tstart : $start\tend $end\n";
                $end_16S = $end;
            }
            elsif($rib =~ /23S/){
                print "$rib\tstart : $start\tend $end\n";
                $start_23S = $start;
            }
        }
    }
}
my $length = $end_16S - $start_23S + 1;
my $sous_seq = substr(${$ref_genome}, $start_23S, $length);
print "Sous-sequence $accession\tstart 23S : $start_23S\tend 16S : $end_16S\n\n";
print ">Sous_seq_".$accession."\n".$sous_seq."\n";

**Jedai** · 13/06/2008, 11h18

A priori cela veut dire que la méthode renvoie bien un tableau, mais pourquoi ferait-elle cela s'il n'y a qu'une seule valeur dedans...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $rib = ($feature->get_tag_values('product'))[-1];

devrait faire la même chose que ta boucle, mais je reste sceptique sur le sens de la manœuvre.

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Jedaï

**Jasmine80** · 13/06/2008, 12h03

Oui, en effet cela fait la même chose. Merci pour ton aide.

parcourir un objet

Langage Perl

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