Discussion :

[Kro86]

Bonjour

Je dois realiser un programme pour ameliorer des images en niveaux de gris sous Matlab. Le probleme etant que je debute sur ce logiciel.
Les images representent des molecules d'ADN que je dois isoler mais qui sont tres diffuses et l'arriere plan est tres bruite.
Auriez vous quelques conseils au niveau des traitements que je pourrais utiliser ? J'ai deja fait un rehaussement de contrastes et essayer plusieurs types de filtres.

Merci de votre aide.

[Jerome Briot]

Une ou deux images permettraient de se faire une meilleur idée de ton problème.

En plus, je ne pense pas que le problème soit spécifique à MATLAB, donc je déplace dans le forum Algorithme

[pseudocode]

Oui, donne nous des images pour qu'on puisse t'aider.

[Kro86]

Voici 2 exemples des images que je dois traiter. Normalement ce sont des séquences de plusieurs images mais pour le moment je travaille sur une seule pour cerner le problème.
Je vous remercie du temps que vous maccordez.

[pseudocode]

et tu voudrais obtenir quel résultat, au final ?

[Kro86]

Je dois isoler les molecules d'ADN qui sont aligne au centre de l'image et avoir un arrière plan plus homogènes. C'est pour faciliter la phase de mesures qui peut etre tres laborieuse pour certaines images.

[pseudocode]

Comme d'habitude dans ce genre de cas, je conseille un seuillage par maximum d'entropie. Ca devrait nettoyer une bonne partie du bruit sur l'image.

[Kro86]

Je suis desolee mais etant novice en la matiere, comment on fait ca. Je sais realiser un seuillage, mais qu'est-ce que c'est le maximum d'entropie.
Avec Matlab, j'ai fait un seuillage avec le seuil donne par graythresh, mais les resultats ne sont pas optimises car certaines molecules d'ADN sont eliminees de la meme facon que le bruit.
J'ai egalement applique un filtre lineaire pour essayer d'attenuer les bruits parasites mais ne connaissant pas leur origine, jái du mal a trouver un bon traitement.
Merci pour le temps que vous m'accorder.

[pseudocode]

Je ne pourrais pas t'aider sur le codage en Matlab. Il faudra retourner dans le forum adéquat .

Par contre, tu peux faire une recherche dans ce forum car on a déjà parlé de cette technique de seuillage. Je peux meme te donner le code en Java si tu veux. Et puis sinon, il reste google.

[Kro86]

ok
Je veux bien voir le code en JAVA et je vais chercher sur internet.
Merci beaucoup.

[pseudocode]

Code java :

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public static int maxEntropyThreshold(GrayLevelImage glimg) {
 
	// normalized histogram 
	double[] hist = histogramNormalized(glimg);
 
	// Cumulative distribution function
	double[] cdf = new double[256];
	cdf[0] = hist[0];
	for (int i = 1; i < 256; i++)
		cdf[i] = cdf[i-1] + hist[i];
 
	// compute low and high entropy for each possible threshold value
	double[] h_low  = new double[256];
	double[] h_high = new double[256];
	for (int t = 0; t < 256; t++) {
 
		// low-threshold entropy
		double count_low = cdf[t];
		if (count_low > 0) {
			for (int i = 0; i <= t; i++)
				if (hist[i] > 0) h_low[t] -= (hist[i]/count_low) * Math.log(hist[i]/count_low);
		}
 
		// high-threshold entropy
		double count_high = 1.0 - count_low;
		if (count_high > 0) {
			for (int i = t + 1; i < 256; i++)
				if (hist[i] > 0) h_high[t] -= (hist[i]/count_high) * Math.log(hist[i]/count_high);
		}
	}
 
	// Find threshold value with the maximum total entropy
	double h_max = h_low[0] + h_high[0];
	int best = 0;
	for (int t = 1; t < 256; ++t) {
		double h = h_low[t] + h_high[t];
		if (h > h_max) {
			h_max = h;
			best = t;
		}
	}
 
	return best;
}

[Kro86]

Merci beaucoup c'est cool, maintenant je vais essayer de l'adapter a Matlab.