Si j'ai bien compris, inutile de me donner les balises vu qu'elles ne se retrouvent jamais dans ta variable.

Ne peux-tu pas utiliser LWP::Simple? En quelque ligne, il réussit a récupérer ce que tu veux (cf post plus haut).

La dernière idée que j'ai est que tu t'arranges afin de faire des concaténations de ta variable $text

Flanking sequence: GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGG
Flanking sequence: GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGG[C/T]
Flanking sequence: GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGG[C/T]GCACACAACCATGTCCAGCTTATTT
A chaque passage, ta chaine s'allongera et tu devras ne récupérer que les valeurs de la chaîne matchant l'expreg. Mais je t'avais déjà proposé quelque chose de ce genre et cela ne t'avait pas convenu.
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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if ($text =~ '[ATCG]+\[[ATCG]/[ATCG]\][ATCG]+'){  # ne match qu'au troisième passage
     # récupération
     # remise à zéro pour le passage suivant $text = "";
}

J'espère que cela pourra t'aider parce que je n'ai aucune autre solution.