Discussion :

[Krokro00]

Bonjour,

suite à cette discussion, j'ai une autre question ....

En fait ce que je cherche à faire c'est delimiter sytematiquement l'extension de mon panache afin de pouvoir calculer des stat à l'interieur de la surface délimitée (genre concentrations max, moyennes...)

Le probleme est que ma limite ne "ferme" pas le panache. (voir fichier joint)
J'ai lu pas mal de doc et j'ai pensé utiliser des fonction comme imerode, imdilate ou imferme pour arranger ca....

Est ce que c'est une bonne idée ? Y'a t'il d'autres pistes que je pourrait suivre pour mieux délimiter mon panache?

Si quelqu'un peut éclairer ma lanterne ?

[Jerome Briot]

Pourquoi ne pas regarder du coté des techniques de seuillage ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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TSMe=load('Poly-TSMc-06-mask.txt');
 
 
BW = TSMe>3;
L=bwlabel(BW);
reg = regionprops(L,'area');
 
[pasbesoin,idx]=max([reg.Area]);
 
L = L==idx;
 
    [nblon nblat]=size(TSMe);
    lat = linspace(-1.9,-1.3,nblat);
    lon = linspace(43.9,43.2,nblon);
    [X,Y]=meshgrid(lat,lon);
 
    figure
    subplot(221)
    pcolor(X,Y,TSMe)
    caxis([0 20]);
    shading interp
    axis equal tight
    title('Image originale')
 
    subplot(222)
    imagesc('xdata',X([1 end]),'ydata',Y([1 end]),'cdata',double(BW))
    axis image
    title('Image seuillée')
 
    subplot(223)
    imagesc('xdata',X([1 end]),'ydata',Y([1 end]),'cdata',double(L))
    axis image
    title('Masque utile')
 
    TSMe = TSMe.*L;
 
    subplot(224)
    pcolor(X,Y,TSMe)
    caxis([0 20]);
    shading interp
    axis equal tight
    title('Image masquée')

Juste une idée... à approfondir bien entendu

[Lost in]

Salut,

Si tu cherches une méthode de fermeture des contours je te propose d'utiliser l'enveloppe convexe.

A+

[Krokro00]

Bonjour Dut, Lost in et tout le monde.

Dut, ta méthode est vraiment très tres joli pour l'image proposée.

Si j'ai bien compris tu seuille sur les valeurs < 1 ?
Le problème c'est que je doit travailler sur une base de données qui rassemblera plusieures centaines d'images et que malheuresement ce n'est pas possible d'imposer un seuil fixe (trop subjectif et tres variable en fonction des images).

J'était partie plus sur des histoire de gradient, car le but était de ne pas imposer de seuil. Après le problème c'est que même en se servant de canny, je doit imposer ma valeur de gradient.....

Du coup jsuis un peu bloquée....

Existe t'il des méthode de seuillage qui soit totalement indépendante (j'entend qui ne necessite pas d'imposer de valeur fixe)???

Lost in, je ne sais pas du tout ce qu'est la méthode de l'enveloppe convexe, mais je vais regarder ca!!

Merci beaucoup pour votre aide!

[Jerome Briot]

Existe t'il des méthode de seuillage qui soit totalement indépendante (j'entend qui ne necessite pas d'imposer de valeur fixe)???

Tu devrais poser ta question dans le forum Algorithmes > Images

Pense à montrer plusieurs images où on voit nettement les différences sur la zone à identifier...

[Krokro00]

Bonjour Dut et le forum

Après (longue...) réflexion ,je vais axer mon étude sous deux aspect :

- non supervisée (la faut encore que je réflechisse )
- et supervisée/avec valeur fixes.

Je voulais savoir s'il était possible à partir de ton programme de seuillage de récuperer, pour les sufaces répondant à la condition "> à telle valeur de concentration" ,non seulement l'aire la plus grande , mais également la plus proche d'un point de coordonnées X,Y??

Ya t'il une fonction qui fasse ca? ou faut il écrire du code?

merci encore!!

[Jerome Briot]

la plus proche d'un point de coordonnées X,Y??

C'est vague ?

La zone dont le centre est le plus proche de P(X,Y) ?
La zone qui possède le point sur son contour le plus proche de P(X,Y) ?
...

[Krokro00]

En fait, dans ma tête ça serait plutôt :

1°) relever les zones (répondant à la condition) qui possède un/des points sur leur contours à une distance inférieure de X pixel de P(lon,lat) (pour X faudrait que je teste).

1°) et parmi ces zones, garder la plus grande.

Après comment définir la distance ?? Est ce qu'on est obligé de regarder verticalement ou horizontalement à partir du pixel P(lon, lat) ?
Ou est ce qu'il est possible à partir du pixel P(lon, lat) de regarder dans toutes les directions?

[Jerome Briot]

Après comment définir la distance ?? Est ce qu'on est obligé de regarder verticalement ou horizontalement à partir du pixel P(lon, lat) ?
Ou est ce qu'il est possible à partir du pixel P(lon, lat) de regarder dans toutes les directions?

Je ne comprends pas bien... tu veux savoir comment on calcul la distance ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

d = sqr((X-lon).^2+ (Y-lat).^2)

C'est ça ?

[Krokro00]

Ok, ma question pour la distance était bête.... . Je pensait qu'il fallait compter soit les pixels sur l'horizontal, soit les pixels sur la verticale... bref faudrait que je révise un peu mes maths du collège.....

Donc du coup ca reste faisable de faire ?? :

- je garde les zones (répondant à TSMe>3) qui sont située à moins de X distance de mon point de ref
- et parmis ces zones je garde la plus grande ??

[Jerome Briot]

Code :

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TSMe=load('Poly-TSMc-06-mask.txt');
 
% Image binarisée
BW = TSMe>3;
% Labelisation
[L, num] = bwlabel(BW);
% Statistiques sur chaque région
reg = regionprops(L);
 
% Point de référence
X = rand*size(BW,2);
Y = rand*size(BW,1);
 
% Distance de chaque point de chaque région
% Seule la plus petite est conservée
for n=1:num
 
    [y,x] = find(L == n);  
    d(n) = min(sqrt((X-x).^2+(Y-y).^2));
 
end
 
% Discrimination des distances 
idx = find(d<150); % Modifier le 150
% Tri des régions selon leur taille
[pasbesoin,idx2] = sort([reg(idx).Area]);
% Récupération de la région la plus proche & la plus grande
idx = idx(idx2(end));
 
figure
 
subplot(131)
imagesc(BW)
axis image
 
hold on
plot(X,Y,'gs')
 
subplot(132)
imagesc(L)
axis image
 
hold on
plot(X,Y,'gs')
hold on
plot(reg(idx).Centroid(1),reg(idx).Centroid(2),'ro')
 
subplot(133)
imagesc(TSMe.*(L==idx))
axis image
 
hold on
plot(X,Y,'gs')
hold on
plot(reg(idx).Centroid(1),reg(idx).Centroid(2),'ro')

A tester

[Krokro00]

Tout d'abord merci (encore !!) pour ta réponse!

J'ai voulu integrer ton code dans le mien. Pour cela j'ai besoin de rajouter des indices aux variables (ici exemple avec "pl")).
Quand je lance le programme, j'ai le message d'erreur :

??? Error: Functions cannot be indexed using {} or . indexing.

Apparement cela vient des lignes de code en rouge...
Je ne pense pourtant pas avoir modifié quoi que ce soit en ajoutant des "pl"....

Code :

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TSMpl=load('Poly-TSMc-06-mask.txt');
Valseuilpl=3
%----------------------------------------

if exist('Valseuilpl','var')==1; disp('seuil de concentration')

BWpl = TSMpl>Valseuilpl;
[Lpl, numpl] = bwlabel(BWpl); regpl = regionprops(Lpl);
Xpl = 130;Ypl = 186;  
for npl=1:numpl 
    [ypl,xpl] = find(Lpl == npl);  
    dpl(npl) = min(sqrt((Xpl-xpl).^2+(Ypl-ypl).^2));
end
idxpl = find(dpl<50);
[pasbesoin,idxpl2] = sort([reg(idxpl).Area]);idxpl = idxpl(idxpl2(end));

PANACHEpl = TSMpl.*(L==idxpl) % calcul des paramètres statistiques au sein du panache
MAXPANACHEpl=max(max(PANACHEpl))
MINPANACHEpl=min(min(PANACHEpl))
MOYENNEPANACHEpl=mean(mean(PANACHEpl))
MEDIANPANACHEpl=median(median(PANACHEpl))
end

[Caro-Line]

Bonjour,

Moi je n'y comprends rien mais juste :
c'est quoi la variable "reg" là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sort([reg(idxpl).Area])

Elle n'est pas définie dans le code avant.
Par contre il y a une variable regpl.
Et comme reg est une fonction de MATLAB, le message d'erreur pourrait correspondre.

[Jerome Briot]

Et comme reg est une fonction de MATLAB, le message d'erreur pourrait correspondre.

Cette fonction fait partie de la Control System Toolbox pour être précis

[Krokro00]

Je regarde ca! Merci pour la piste!!!

[Krokro00]

Effectivement le probleme venait bien de reg.
En ecrivant "regpl" partout, ca à l'air de fonctionner:

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TSMpl=load('Poly-TSMc-06-mask.txt');
Valseuilpl=3
%----------------------------------------

if exist('Valseuilpl','var')==1; disp('seuil de concentration')

BWpl = TSMpl>Valseuilpl;
[Lpl, numpl] = bwlabel(BWpl); 
regpl = regionprops(Lpl);
Xpl = 130;Ypl = 186;  
for npl=1:numpl 
    [ypl,xpl] = find(Lpl == npl);  
    dpl(npl) = min(sqrt((Xpl-xpl).^2+(Ypl-ypl).^2));
end
idxpl = find(dpl<50);
[pasbesoin,idxpl2] = sort([regpl(idxpl).Area]);idxpl = idxpl(idxpl2(end));

PANpl = TSMpl.*(L==idxpl) % calcul des paramètres statistiques au sein du panache
MAXPANpl=max(max(PANACHEpl))
MINPANpl=min(min(PANACHEpl))
MOYPANpl=mean(mean(PANACHEpl))
MEDPANpl=median(median(PANACHEpl))
SURFACEpl =size(PANpl)
end

Par contre quelques petites questions pour mieux comprendre :

- dans l'aide matlab il ya marqué pour la fonction bwlabel :"Label connected components in a binary image" --> c'est cette fonction qui me connecte les valeurs > au seuil et me crée mes régions??

-

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

regpl = regionprops(Lpl);

regionprops :"Positive integer elements of L correspond to different regions" --> ca donne une valeur de 1 à X à mes différentes régions?


- d'une question plus pratique, si j'ai des valeurs NaN au milieu d'une "région" , par exemple dans le cas de mon image, si j'avais des NaN au milieu de mon panache :
- est ce que la région serait quand même prise en compte?
- ou faut il que je donne à mes NaN des valeurs genre 66666 pour qu'ils ne gènent pas la "création" de la région?

- Enfin, je pensait pouvoir avoir la surface de ma région selectionnée avec size(idx(n)) .... mais non.....avec size(PANpl) ca ne marche pas non plus ....

.....

[Jerome Briot]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

MAXPANpl=max(max(PANACHEpl))

=>

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

MAXPANpl = max(PANACHEpl(:))

- dans l'aide matlab il ya marqué pour la fonction bwlabel :"Label connected components in a binary image" --> c'est cette fonction qui me connecte les valeurs > au seuil et me crée mes régions??

Pas mieux

regionprops :"Positive integer elements of L correspond to different regions" --> ca donne une valeur de 1 à X à mes différentes régions?

Euh non... ça c'est BWLABEL qui le fait. REGIOPROPS calcule des paramètres relatifs à chaque région : surface, centre, axe d'inertie...

- ou faut il que je donne à mes NaN des valeurs genre 66666 pour qu'ils ne gènent pas la "création" de la région?

Je dirais des valeurs supérieurs ou égales à la valeur du seuil utilisé si tu souhaites que le "trou" appartiennent à la région, sinon des valeurs inférieurs au seuil

- Enfin, je pensait pouvoir avoir la surface de ma région selectionnée avec size(idx(n)) .... mais non.....avec size(PANpl) ca ne marche pas non plus

Et la documentation alors ? => Measure properties of image regions : Area

Sinon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sum(L(:)==idx(n))

Ce sera tout ?

[Krokro00]

Je sais, ça fait beaucoup de questions...j'ai honte...
mais j'essai de comprendre au max, pour essayer de me débrouiller toute seule pour la suite ... même si c'est pas gagné!!
ça sera tout ... j'espère pour un moment....

Merci encore énormement...

[Babezien]

Bonjour,

j'ai pas eu le courage de tout lire dans le detail (je m'en excuse)

je propose une méthode plus simple, et plus "fiable" pour un seuillage non supérvisé.

pourquoi n'essaierais tu pas avec un calcul de gradient? je m'explique: tu établis une matrice gradient suivant les lignes, une autre suivant les colones , tu calcule son module ( sqrt(GradX^2+GradY^2) ) , et tu établis tes seuils. ça fonctionneras comme par magie vu que tes zones seront définies suivant les derivés des pixels, et non suivant la valeur du pixel en lui meme.

[Krokro00]

Merci pour ta réponse Babezien.

Est ce que ce n'est pas ce que fait la fonction "gradient" de matlab"?