Discussion :

[GLDavid]

Bonjour

Voici mon problème : je veux écrire une fonction qui doit analyser le fichier XML suivant dont je vous passe un extrait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
 
<interaction>
           <names>
             <shortLabel>virf-ask1</shortLabel>
             <fullName>Yeast 2 hybrid analysis reveals interaction between  the  VirF protein of Agrobacterium tunifaciens and the ASK1 protein</fullName>
           </names>
           <experimentList>
             <experimentRef ref="EBI-605982"/>
           </experimentList>
           <participantList>
             <proteinParticipant>
               <proteinInteractorRef ref="EBI-605118"/>
               <role>bait</role>
             </proteinParticipant>
             <proteinParticipant>
               <proteinInteractorRef ref="EBI-532357"/>
               <role>prey</role>
             </proteinParticipant>
           </participantList>
           <interactionType>
             <names>
               <shortLabel>physical interaction</shortLabel>
               <fullName>physical interaction</fullName>
             </names>
             <xref>
               <primaryRef db="psi-mi" id="MI:0218"/>
               <secondaryRef db="pubmed" id="14755292"/>
             </xref>
           </interactionType>
           <confidence unit="UI" value="8"/>
           <xref>
             <primaryRef db="intact" id="EBI-606054" secondary="virf-ask1"/>
           </xref>
           <attributeList>
             <attribute name="kd">1.0</attribute>
           </attributeList>
         </interaction>

Voici ma fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
 
private void makeInteraction(Element current, int depth) {
        Protein P;
        int confidence = 0;
        String identity = "";
        Interaction interaction = new Interaction();
        List children = current.getChildren();
        Iterator i = children.iterator();
        while (i.hasNext()) {
            org.jdom.Element e = (Element) i.next();
            String child = e.getName();
            if (child.compareTo("interaction") == 0) {
                System.out.println("interaction trouvé");
                List list = e.getChildren("proteinInteractorRef");
                Iterator it = list.iterator();
                while (it.hasNext()) {
                    System.out.println("pir trouvé");
                    org.jdom.Element elm = (Element) it.next();
                    tour++;
                    if (tour % 2 != 0) {
                        identity = elm.getAttributeValue("ref");
                        System.out.println("id = "+identity);
                        if (!depart.contains(identity))
                            depart.add(identity);
                        for (int k = 0; k < proteinList.size(); k++) {
                            P = (Protein) proteinList.get(k);
                            if (P.id.compareTo(identity) == 0) {
                                place = k;
                            }
                        }
                    } else {
                        identity = e.getAttributeValue("ref");
                    }
                    org.jdom.Element el = e.getChild("confidence");
                    if (el != null) {
                        try {
                            System.out.println("confidence trouvé");
                            confidence = Integer.parseInt(el
                                    .getAttributeValue("value"));
                        } catch (NumberFormatException nfe) {
                        }
                    }
                    interaction.confidence = confidence;
                    interaction.id = identity;
                    P = (Protein)proteinList.get(place);
                    P.interactorList.add(interaction);
                }
            }
            makeInteraction(e, depth+1);
        }
    }

Mon souci est qu'elle trouve effectivement le noeud interaction. Mais je veux ensuite pourvoir lister et récupérer des infos de certains enfants de ce noeud. Par exemple, je veux récupérer tous les noeuds proteinInteractorRef. Si j'ai bien compris, je peux utiliser sur le noeud en cours getChildren("proteinInteractorRef"). Seulement, au final, je ne retire rien. pareil pourla détection du noeud confidence.
Où ai-je fait mon erreur ?
Merci d'avance de vos réponses.

@++

[Vignot]

Salut,

j'ai pas lu tout ton code mais si j'ai bien compris ce que tu veux faire, le plus simple est d'utiliser l'API XPath fournie avec JDom.

Tu pourra récupérer tous tes noeuds interaction dans une liste, puis appliquer à nouveaux des XPath dessus pour récupérer tes noeuds proteinInteractorRef ou confidence en une seule opération.

Là j'ai pas le code exact en tête mais je pourrai t'en dire plus demain depuis le taf si tu veux.
A+

[GLDavid]

Très volontiers Vignot, très volontiers. Toutefois, j'ai un peu progressé dans ma méthode hier, je vais tenter de l'améliorer encore mais il est clair que mes méthodes auraient besoin d'être plus simplifiées.

@++

[Vignot]

Re,

Je saisi pas tout ce que tu veux faire dans ton code, notemment avec les "tour % 2" mais voila comment utiliser XPath, ce qui devrait te simplifier la tâche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
List interactionList = XPath.selectNodes(document, "//interaction");

Tu obtiens ainsi directement la liste de tous tes noeud "interaction" du document, plus besoin de faire ton "if (e.getName().compareTo("interaction") == 0)" (je pense que ta méthode récursive n'a plus lieu d'être du coup).

Si tu browse ta liste, tu peux alors utiliser les méthodes getChild() ou getChildren() de chaque élément ou appliquer de nouveau des XPath dessus.

Bon Jdom
A+

[GLDavid]

Ok, merci Vignot, je jetterais un oeil dessus. As-tu un lien vers la javadoc de XPath ?

@++

[Vignot]

J'ai ça dans mes favoris :
http://www.jdom.org/docs/apidocs/

JDom a ses propres lib pour XPath donc c'est par là que ça se passe.
Note que pour utiliser XPath avec Jdom, il faut inclure en plus du jdom.jar :
-saxpath.jar,
-jaxen-jdom.jar
-jaxen-code.jar

qui se trouve dans jdom-1.X\lib

A+

[GLDavid]

Ok, merci pour ton aide Vignot.
J'arrangerais mes méthodes ainsi.
A charge de revanche.

@++