Effectivement, pour traiter un résultat en php/sql, tu as besoin d'Ajax. Il existe de nombreux tutos en particulier sur ce site (une petite recherche te guidera rapidement...).
En revanche, si tu souhaites juste faire des requêtes Ajax simples, inutile de passer par des frameworks comme Prototype... même si l'appel est simplifié, ça reste un gros outil pour s'éviter 10 lignes de code...
Enfin, pour l'emplacement du script dans la page, l'idéal est de créer un fichier javascript (.js) que tu appelles dans le head
<script type="text/javascript" src="url_du_fichier_js"></script>
Sinon, tu peux aussi l'insérer dans le head de ta page
<script type="text/javascript">Ton code javascript</script>
Les fonctions de ton scripts étant soit appelées dans le script (par exemple body.onload=fonction) soit appelées sur les événements de ta page (ex : <div onclick="fonction_javascript()">)
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