Discussion :

[Benoit_T]

Bonjour, dans le cadre d'un projet de biochimie, j'ai été amené à installé un bindings java d'une librairie c++ servant à lire des fichiers SBML ( xml pour la bio ). J'ai déjà eu du mal à installer la librairie, car je me suis rendu compte qu'il me manquait une dll: MSVCP71.DLL. Je l'ai téléchargé et mis dans System32. Depuis la librairie marche ... un peu. En fait j'ai un bug aléatoire, 3 cas de figure se présente lors de la lecture d'un MEME fichier:

1) soit ça marche (rarement)

2) soit ça plante en lisant un "id" bien défini dans le xml: Le binding renvoie une string qui représente l'id et là elle est nulle d'où un null pointer exception...

3) soit ça produit une EXCEPTION_ACCESS_VIOLATION avec le rapport en fin de message. Peut l'être l'erreur provient-elle de l'ajoute manuel de "MSVCP71.DLL" ? Je ne sais pas quoi en penser et je ne comprends pas grand chose au rapport. Quelqu'un peut-il m'éclairer?



# An unexpected error has been detected by Java Runtime Environment:
#
# EXCEPTION_ACCESS_VIOLATION (0xc0000005) at pc=0x10044b1d, pid=3220, tid=3748
#
# Java VM: Java HotSpot(TM) Client VM (10.0-b22 mixed mode, sharing windows-x86)
# Problematic frame:
# C [sbmlj.dll+0x44b1d]
#
# If you would like to submit a bug report, please visit:
# http://java.sun.com/webapps/bugreport/crash.jsp
# The crash happened outside the Java Virtual Machine in native code.
# See problematic frame for where to report the bug.
#

--------------- T H R E A D ---------------

Current thread (0x00385c00): JavaThread "main" [_thread_in_native, id=3748, stack(0x003a0000,0x003f0000)]

siginfo: ExceptionCode=0xc0000005, reading address 0x00000000

Registers:
EAX=0x00000000, EBX=0x00000000, ECX=0x02e34dc8, EDX=0x02e7fccf
ESP=0x003efb50, EBP=0x02e73e20, ESI=0x00000000, EDI=0x02e7fcd0
EIP=0x10044b1d, EFLAGS=0x00010246

Top of Stack: (sp=0x003efb50)
0x003efb50: 02e37578 1000823e 00000000 1001dfde
0x003efb60: 02e37578 02e73e20 00000000 02e37578
0x003efb70: 003efc00 2699fb78 1001df90 00000000
0x003efb80: 02e37578 02e73e20 00000000 02e73e20
0x003efb90: 1001e04b 00000000 02e37578 02e73e20
0x003efba0: 00000080 00000000 2699fb78 1004339e
0x003efbb0: 02e37578 00385c00 2699fb78 008e9c91
0x003efbc0: 00385cf4 003efc08 02e37578 00000000

Instructions: (pc=0x10044b1d)
0x10044b0d: 8b 00 5e c2 04 00 85 f6 76 06 4e 8b 40 04 75 fa
0x10044b1d: 8b 00 5e c2 04 00 cc cc cc cc cc cc cc cc cc cc


Stack: [0x003a0000,0x003f0000], sp=0x003efb50, free space=318k
Native frames: (J=compiled Java code, j=interpreted, Vv=VM code, C=native code)
C [sbmlj.dll+0x44b1d]

Java frames: (J=compiled Java code, j=interpreted, Vv=VM code)
v ~BufferBlob::Interpreter
v ~BufferBlob::Interpreter
v ~BufferBlob::Interpreter
v ~BufferBlob::Interpreter
v ~BufferBlob::Interpreter
v ~BufferBlob::StubRoutines (1)

--------------- P R O C E S S ---------------

Java Threads: ( => current thread )
0x02a53000 JavaThread "Low Memory Detector" daemon [_thread_blocked, id=884, stack(0x02d00000,0x02d50000)]
0x02a48800 JavaThread "CompilerThread0" daemon [_thread_blocked, id=3968, stack(0x02cb0000,0x02d00000)]
0x02a47400 JavaThread "Attach Listener" daemon [_thread_blocked, id=4040, stack(0x02c60000,0x02cb0000)]
0x02a46800 JavaThread "Signal Dispatcher" daemon [_thread_blocked, id=1988, stack(0x02c10000,0x02c60000)]
0x02a41c00 JavaThread "Finalizer" daemon [_thread_blocked, id=3644, stack(0x02bc0000,0x02c10000)]
0x02a3d800 JavaThread "Reference Handler" daemon [_thread_blocked, id=3492, stack(0x02b70000,0x02bc0000)]
=>0x00385c00 JavaThread "main" [_thread_in_native, id=3748, stack(0x003a0000,0x003f0000)]

Other Threads:
0x02a3c400 VMThread [stack: 0x02b20000,0x02b70000] [id=4092]
0x02a6e400 WatcherThread [stack: 0x02d50000,0x02da0000] [id=3964]

VM state:not at safepoint (normal execution)

VM Mutex/Monitor currently owned by a thread: None

Heap
def new generation total 960K, used 84K [0x228e0000, 0x229e0000, 0x22dc0000)
eden space 896K, 7% used [0x228e0000, 0x228efcb0, 0x229c0000)
from space 64K, 32% used [0x229c0000, 0x229c5450, 0x229d0000)
to space 64K, 0% used [0x229d0000, 0x229d0000, 0x229e0000)
tenured generation total 4096K, used 159K [0x22dc0000, 0x231c0000, 0x268e0000)
the space 4096K, 3% used [0x22dc0000, 0x22de7ef0, 0x22de8000, 0x231c0000)
compacting perm gen total 12288K, used 846K [0x268e0000, 0x274e0000, 0x2a8e0000)
the space 12288K, 6% used [0x268e0000, 0x269b3af8, 0x269b3c00, 0x274e0000)
ro space 8192K, 62% used [0x2a8e0000, 0x2ade2a60, 0x2ade2c00, 0x2b0e0000)
rw space 12288K, 52% used [0x2b0e0000, 0x2b7286e0, 0x2b728800, 0x2bce0000)

Dynamic libraries:
0x00400000 - 0x00423000 C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\javaw.exe
0x7c910000 - 0x7c9c7000 C:\WINDOWS\system32\ntdll.dll
0x7c800000 - 0x7c905000 C:\WINDOWS\system32\kernel32.dll
0x77da0000 - 0x77e4c000 C:\WINDOWS\system32\ADVAPI32.dll
0x77e50000 - 0x77ee2000 C:\WINDOWS\system32\RPCRT4.dll
0x77fc0000 - 0x77fd1000 C:\WINDOWS\system32\Secur32.dll
0x7e390000 - 0x7e420000 C:\WINDOWS\system32\USER32.dll
0x77ef0000 - 0x77f37000 C:\WINDOWS\system32\GDI32.dll
0x7c340000 - 0x7c396000 C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\msvcr71.dll
0x6d7c0000 - 0x6da10000 C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\client\jvm.dll
0x76ae0000 - 0x76b0f000 C:\WINDOWS\system32\WINMM.dll
0x6d270000 - 0x6d278000 C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\hpi.dll
0x76ba0000 - 0x76bab000 C:\WINDOWS\system32\PSAPI.DLL
0x6d770000 - 0x6d77c000 C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\verify.dll
0x6d310000 - 0x6d32f000 C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\java.dll
0x6d7b0000 - 0x6d7bf000 C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\zip.dll
0x10000000 - 0x10133000 C:\WINDOWS\system32\sbmlj.dll
0x02da0000 - 0x02dc5000 C:\WINDOWS\system32\LIBEXPAT.dll
0x7c3a0000 - 0x7c41b000 C:\WINDOWS\system32\MSVCP71.dll

VM Arguments:
java_command: wparser.SBMLParser
Launcher Type: SUN_STANDARD

Environment Variables:
JAVA_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_06
CLASSPATH=C:\Program Files\PhotoDeluxe EE 1.1\AdobeConnectables;C:\lib\tools.jar
PATH=C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin\client;C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\bin;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\apache-ant-1.7.0\bin;C:\eclipse\agent\bin;C:\Program Files\SBML\libSBML-3.1.1-xerces\win32\bin;C:\WINDOWS\system32\Lib\site-packages;
USERNAME=Benoît
OS=Windows_NT
PROCESSOR_IDENTIFIER=x86 Family 6 Model 23 Stepping 6, GenuineIntel



--------------- S Y S T E M ---------------

OS: Windows XP Build 2600 Service Pack 2

CPU:total 2 (2 cores per cpu, 1 threads per core) family 6 model 7 stepping 6, cmov, cx8, fxsr, mmx, sse, sse2, sse3, ssse3

Memory: 4k page, physical 2097151k(2097151k free), swap 4194303k(4194303k free)

vm_info: Java HotSpot(TM) Client VM (10.0-b22) for windows-x86 JRE (1.6.0_06-b02), built on Mar 25 2008 01:22:05 by "java_re" with MS VC++ 7.1

time: Wed Aug 06 13:35:54 2008
elapsed time: 0 seconds

PS: je suis censé rendre le programme dans 1 semaine et demi ...

[djsnipe]

As-tu un manuel détaillé de ta lib en C ? Système, JRE supportés ? Par ce que visiblement, la VM à crashé à cause du code natif exécuté de la dll. Ceux qui ont fait la lib pour Java peuvent peut être t'aider à l'utiliser.

Du coup que fait la lib exactement ? Car si c'est juste du parsing XML avec très peu d'intelligence concernant l'exploitation du format spécifique SBML, autant ne pas embarquer de natif et laisser le code Java lire le XML.

[Benoit_T]

Voici quelques liens vers la doc de la lib en c++ :
http://sbml.org/Software/libSBML/docs/cpp-api/

et la doc du binding java:
http://sbml.org/Software/libSBML/docs/java-api/

La lib construit vraiment des structures de données facile à gérer, avec des outils de parsing pratiques qui me sont indispensables (formules mathématiques MathML --> chaîne de de caractères ), des outils de conversion d'une version sbml vers une autre ... du coup je ne peux vraiment pas m'affranchir de cette lib.

Je me suis inscrit sur le forum de sbml il y a une semaine, mon inscription n'a toujours pas été validée. Je ne peux donc pas y poster.

[djsnipe]

Je ne pourrais pas t'aider d'avantage sur ce coup là désolé

[JohnNC]

As-tu regardé si d'autres versions du fichier "MSVCP71.DLL" existaient ? C'est un dll qui est souvent cherché, et je sais que j'ai déjà eu des problèmes lors de la récupération de celui-ci.

[KindPlayer]

ca ne t'aidera pas mais ca m'a tout l'air d'etre une erreur de segmentation

[Benoit_T]

JohnNC> j'ai cherché d'autre version de la dll mais je n'en ai pas trouvé, c'est toujours la même qui traine sur les site de téléchargement de dll.

KindPlayer> C'est peut être ça mais le truc c'est que j'ai pas envie de retaper en plus dans le code source c++ de la lib.

Du nouveau: quand je n'effectue pas la validation (au sens xml) de mon document, je n'ai plus aucun bugs .... pourtant le plantage se faisait largement après dans le code...

[djsnipe]

Du nouveau: quand je n'effectue pas la validation (au sens xml) de mon document, je n'ai plus aucun bugs .... pourtant le plantage se faisait largement après dans le code...

Oui mais ça, c'est la joie et le bonheur du C, écrire du code qui corrompt la mémoire réservée à d'autres zones et potentiellement écraser des variables ...
Et effectivement, c'est une belle source de core dump. J'avoue ne pas regretter d'être passé très vite à Java pour ce genre de choses .

[Benoit_T]

Oui mais ça, c'est la joie et le bonheur du C, écrire du code qui corrompt la mémoire réservée à d'autres zones et potentiellement écraser des variables ...
Et effectivement, c'est une belle source de core dump. J'avoue ne pas regretter d'être passé très vite à Java pour ce genre de choses .

Exactement. Bon du coup je fais un truc qui manque clairement d'esthétisme: je valide avec une autre lib (100% java mais largement moins performante, pas documentée ... ) et je fais le reste avec ma lib qui plante

En tout cas merci pour tes conseils. J'hésite à mettre résolu ...