que ce soit avec 1 Thread ou avec plusieurs, c'est pareil, tu auras juste a utiliser un Mutex ou un Lock des que tu utiliseras plusieurs Thread.
ensuite si tu dois juste trouver les doublons dans les noms et non dans le contenu, c'est tout simple :
pour lister les fichiers récursivement d'un disque ou d'une partition :
Directory.GetFiles(@"H:\", "*", SearchOption.AllDirectories);
ensuite farfouille le tableau pour y chercher les doublons
si c'est dans le contenu, j'utiliserais une fonction qui crée un clé MD5 (certains gars utiliseraient plutôt un CRC) des fichiers sources (ceux dont il faut vérifier la copie) a comparer au MD5 des fichiers cible
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