IdentifiantMot de passe
Loading...
Mot de passe oublié ?Je m'inscris ! (gratuit)
Navigation

Inscrivez-vous gratuitement
pour pouvoir participer, suivre les réponses en temps réel, voter pour les messages, poser vos propres questions et recevoir la newsletter

ImageJ Java Discussion :

ImageJ, séparation des noyaux des cellules


Sujet :

ImageJ Java

  1. #1
    Membre confirmé
    Profil pro
    Inscrit en
    Février 2008
    Messages
    66
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Localisation : France

    Informations forums :
    Inscription : Février 2008
    Messages : 66
    Par défaut ImageJ, séparation des noyaux des cellules
    Bonjour,

    Je suis une vraie débutante en la matière mais j'essaie de comprendre..

    J'ai une image avec des noyaus de cellules, j'essaie de connaitre les coordonnées du centre de ces noyaux grace à la fonction detection des particules.
    Cependant quand deux noyaux sont collés, il est difficile de les séparer

    Pour l'instant, avec imageJ, je transforme l'image en 8 bit puis j'utilise la fonction seuillage, je bouche les trous dans les noyaux avec la fonction Fill holes et enfn, j'applique la detection des particules.

    Le seul hic , c'est quand deux noyaus restent collés meme apres avoir tenter plusieurs érosions!!
    Par la suite, j'aimerai mettre tout ca dans une macro pour pouvoir le faire sur plusieur images automatiquement.
    D'ailleurs, à ce sujet, quel masque est pris par défault dans le logiciel imageJ lorsqu'on réalise erosion, dilatation etc.?

    Merci beaucoup de votre aide.

  2. #2
    Modérateur
    Avatar de ToTo13
    Homme Profil pro
    Chercheur en informatique
    Inscrit en
    Janvier 2006
    Messages
    5 793
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 45
    Localisation : Etats-Unis

    Informations professionnelles :
    Activité : Chercheur en informatique
    Secteur : Santé

    Informations forums :
    Inscription : Janvier 2006
    Messages : 5 793
    Par défaut
    Bonjour,

    je fais ma thèse sur le classement de noyaux de cellule, donc j'ai fait quelques tests comme toi.

    Pour une segmentation robuste d'une image acquise au microscope à fluorescence, le meilleur combo à mon goût est d'appliquer un filtre de Fourier puis un seuillage par entropie.

    D'ailleurs, quel type de marqueur utilises tu pour visualiser les noyaux ?
    En fait, qu'est ce que tu regardes exactement lorsque tu parles de noyaux ?

    Pour ce qui est de séparer des noyaux collés, c'est pas facile et dans mon cas cela arrive si peu souvent ( < 0.1%) que j'ai éliminé ce cas automatiquement.
    Sinon j'avais lancé des étudiants en projet sur le sujet et les résultats n'étaient pas fabuleux. Dans la plupart des cas, les noyaux se touchent à peine et une séparation basique fonctionne. Pour cela, il faut utiliser un plugin nommé "Nucleus counter" ou "Nucleus intersect" (suis pas très sûr de celui qui est le bon). Ce plugin est basé sur les watershed qui s'appliquent particulièrement bien ici.

    Pour info, les étudiants avaient ouvert une ou deux discussion sur le sujet dans ce forum.
    Consignes aux jeunes padawans : une image vaut 1000 mots !
    - Dans ton message respecter tu dois : les règles de rédaction et du forum, prévisualiser, relire et corriger TOUTES les FAUTES (frappes, sms, d'aurteaugrafe, mettre les ACCENTS et les BALISES) => ECRIRE clairement et en Français tu DOIS.
    - Le côté obscur je sens dans le MP => Tous tes MPs je détruirai et la réponse tu n'auras si en privé tu veux que je t'enseigne.(Lis donc ceci)
    - ton poste tu dois marquer quand la bonne réponse tu as obtenu.

  3. #3
    Modérateur
    Avatar de ToTo13
    Homme Profil pro
    Chercheur en informatique
    Inscrit en
    Janvier 2006
    Messages
    5 793
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 45
    Localisation : Etats-Unis

    Informations professionnelles :
    Activité : Chercheur en informatique
    Secteur : Santé

    Informations forums :
    Inscription : Janvier 2006
    Messages : 5 793
    Par défaut
    Bonjour,

    ok, visiblement c'est un marqueur de type FITC. Il marque la répartition des Lamines AC qui sont des protéines présentent dans le noyau et qui codent sa structure.
    Par contre, en regardant tes noyaux, on peut dire qu'ils ne sont pas en très bonne santé :s

    Sinon je confirme ce que j'ai marqué plus haut (je travaille aussi sur ce type d'image) :
    - La méthode de segmentation apportera de bons résultats.
    - La séparation simple par watershed devrait également suffire.
    Consignes aux jeunes padawans : une image vaut 1000 mots !
    - Dans ton message respecter tu dois : les règles de rédaction et du forum, prévisualiser, relire et corriger TOUTES les FAUTES (frappes, sms, d'aurteaugrafe, mettre les ACCENTS et les BALISES) => ECRIRE clairement et en Français tu DOIS.
    - Le côté obscur je sens dans le MP => Tous tes MPs je détruirai et la réponse tu n'auras si en privé tu veux que je t'enseigne.(Lis donc ceci)
    - ton poste tu dois marquer quand la bonne réponse tu as obtenu.

Discussions similaires

  1. Ensemble des réels, des complexes, des entiers naturels
    Par ANOVA dans le forum Mathématiques - Sciences
    Réponses: 5
    Dernier message: 08/10/2009, 13h58
  2. Réponses: 2
    Dernier message: 28/06/2007, 19h00
  3. Réponses: 19
    Dernier message: 20/12/2006, 11h15
  4. [MySQL] Utilisation des fonctions des récupérations des données
    Par Konrad Florczak dans le forum PHP & Base de données
    Réponses: 4
    Dernier message: 27/10/2006, 16h17
  5. Gestion des majuscules des miniscules des accent
    Par issam16 dans le forum Access
    Réponses: 2
    Dernier message: 13/07/2006, 15h21

Partager

Partager
  • Envoyer la discussion sur Viadeo
  • Envoyer la discussion sur Twitter
  • Envoyer la discussion sur Google
  • Envoyer la discussion sur Facebook
  • Envoyer la discussion sur Digg
  • Envoyer la discussion sur Delicious
  • Envoyer la discussion sur MySpace
  • Envoyer la discussion sur Yahoo