Discussion :

[Jasmine80]

Le fichier d'entrée et sortie ont le même nom, seule l'extension .BLAST se change en .txt.

Je n'arrive pas à supprimer mon fichier de sortie.txt alors que
- keys(%hits) est bien égal à 0
- le chemin donné à la fonction unlink semble correct


Merci beaucoup pour votre aide,

Code :

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	open(FILE, $dir.$blast.'/'.$in_file);
 
	# création du fichier de sortie, on change l'extension du fichier d'entrée
	$in_file =~ s/\.BLAST$/\.txt/; 
	my $out_file = FileHandle->new('>'.$dir.$blast.'/'.$in_file);
 
	while (my $line = <FILE>){ 
		... remplissage de %hits
	}
	close(FILE);
 
	foreach my $desc (sort keys %hits){
		print $out_file $hits{$desc}."\t".$desc ."\n";
	}
	close($out_file);
 
	# on supprime les fichiers vides
	# $in_file est le fichier de sortie car il correspond au nom du fichier
	# d'entrée auquel on a modifié l'extension
	if(keys(%hits) == 0){		
		unlink("$dir.$blast.'/'.$in_file");
		print $dir.$blast.'/'.$in_file."\n";
		# chemin correct
		# P:/Theorie/PCR_Bact_Hybridation/amorces_neutres/BLAST_test/ttgtatcaccaacgtaga.txt
	}

[Jasmine80]

J'ai créé exactement le même fichier de sortie mais de façon indépendante du fichier d'entrée et apparemment c'est là que se trouvait le problème.

Je n'ai toujours pas bien compris la raison mais au moins cela fonctionne.
Quand je crée un Handle open(FILE, $dir.$blast.'/'.$in_file); apparemment, je ne peux plus modifier la valeur de $in_file. Cela signifierait donc que le handle crée est lié à la variable $in_file et non à sa valeur au moment de la création.

Ce que je en comprends pas, c'est pourquoi le unlink n'a supprimé ni le fichier d'entrée, ni celui de sortie. Et que mes print $outfile ont tous bien été dans le fichier de sortie et non celui d'entrée ... tout semblait fonctionner correctement, je n'avais aucun avertissement.


Merci,

[Arioch]

As-tu essayé un truc de ce genre ?

Code :

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unlink("$dir.$blast.'/'.$in_file") or warn "unable to unlink : $!\n";

Autre possibilité pour tenter de toper un éventuel message d'erreur, encapsuler ton unlink dans un bloc eval :

Code :

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eval {
    unlink("$dir.$blast.'/'.$in_file");
};
warn "eval returns error during unlink : $@\n" if ($@);

[Jasmine80]

As-tu essayé un truc de ce genre ?

Code :

unlink("$dir.$blast.'/'.$in_file") or warn "unable to unlink : $!\n";

Autre possibilité pour tenter de toper un éventuel message d'erreur, encapsuler ton unlink dans un bloc eval :

Code :

eval {
unlink("$dir.$blast.'/'.$in_file");
};
warn "eval returns error during unlink : $@\n" if ($@);

Merci pour ta réponse, je viens de comprendre ce qu'il n'allait pas en utilisant ton warn.

Code :

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		unlink("$dir.$blast.'/'.$in_file");
		print $dir.$blast.'/'.$in_file."\n";

Le print affichait bien le chemin correct mais en rajoutant des doubles quotes dans le unlink cela n'allait évidemment plus. Quel gâchis d'avoir perdu tant de temps pour un problème si stupide. Enfin, ça me servira de leçon, je ne ferai plus ce type d'erreur et je penserai au warn la prochaine fois.


Merci,