Discussion :

[Aitone]

Au fait, je voulais preciser un truc : je discuterai de BLAST 1, mais aussi de la version 2, vu que c'est celle que l'on utilise aujourd'hui
L'article traitant de BLAST 2 est la (acces libre).

Retour aux examens...
Bonne journee

Bonjour,

Il faut un identifiant pour accéder au document

[MaliciaR]

Bizarre, pas chez moi...
Vous pouvez essayer autrement si jamais ca ne veut pas : copier-coller le titre de l'article (Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs) dans Pubmed. Il vous donnera un seul resultat avec un lien sur la droite disant FREE full text article in PubMed Central.

[Aitone]

Bizarre, pas chez moi...
Vous pouvez essayer autrement si jamais ca ne veut pas : copier-coller le titre de l'article (Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs) dans Pubmed. Il vous donnera un seul resultat avec un lien sur la droite disant FREE full text article in PubMed Central.

ça fonctionne merci

si vous faites une recherche des posts d'un membre sur dvp et que vous donnez le lien à un autre membre, ça fonctionnera pas. Là je pense que c'est pareil, il doit attribuer un ID à la recherche.

Bref, c'est ok

[Jasmine80]

Il faut un identifiant pour accéder au document

Pas chez moi, le lien de MaliciaR me donne directement l'accès ... étrange

[vinzzzz]

Parfois les labo utilisent des serveurs proxy pour ne pas avoir a se logger manuellement aux sites, du coup ca se fait automatiquement... C'est peut être pour ca que vous avez directement le liens et pas Adrien Artero...

Sinon l'idée du journal club est bonne, mais en effet ca s'adresserai surtout aux bioinformaticiens avisés, a moins que les articles présentés ne soient vraiment didactiques et non d'actualité... D'ailleurs, il existe, par exemple, un journal prévu a cet effet (plus ou mois, ça s'adresse toujours a des scientifiques à la base) pour la bioinformatique:

http://www.mrw.interscience.wiley.co...51/cp/cpbi/toc

Mais encore faut-il y avoir accés...

Peut être qu'il faudrait d'abord faire un sondage pour savoir quel type de personne utilise ce forum? Etudiants (licence? master?) ? Chercheurs confirmés? Ingénieurs? Biologistes? ...

[MaliciaR]

Parfois les labo utilisent des serveurs proxy pour ne pas avoir a se logger manuellement aux sites, du coup ca se fait automatiquement... C'est peut être pour ca que vous avez directement le liens et pas Adrien Artero...

Possible. Mais j'étais chez moi quand j'avais posté le lien et sans me servir des mots de passe du labo

Sinon l'idée du journal club est bonne, mais en effet ca s'adresserai surtout aux bioinformaticiens avisés, a moins que les articles présentés ne soient vraiment didactiques et non d'actualité...

Pas forcément qu'aux bioinformaticiens avisés. Perso, je viens de la bio et ça fait vraiment très peu de temps que je m'intéresse à l'info. Alors, l'idée est justement d'échanger des connaissances et de les discuter jusqu'à ce que ce soit compris par tout le monde. Ceci dit, si tu es en 1re année d'info ou de bio, on va dire que tu vas galérer Mais à partir du moment où il y a des gens qui connaissent soit le côté info, soit le côté bio assez bien (soit les deux, ce qui est l'idéal ), je ne vois pas pourquoi on n'arriverait pas à se dépatouiller.

Concernant les articles : il s'agit selon moi de justement choisir dans un premier temps des articles méthodologiques fondamentaux. C'est pour cette raison que j'ai choisi celui sur BLAST (que j'ai presque fini de commenter avant les vacances, mais ayant commencé mon stage au CNRS hier, disons que j'ai un peu la tête ailleurs pour quelques jours ).
L'actualité peut faire l'objet d'un fil à part mais c'est à voir un peu plus tard : allons pasà pas. Concernant les revues, la plupart sont en accès gratuit. Si tu es étudiant, tu peux aller à la bibliothèque universitaire et chopper des choses de là : les bibliothèques de fac sont abonnées à plein de revues. Enfin, au pire, si tu ne les trouves pas, tu peux toujours envoyer un mail au corresponding author : c'est ce que je faisais quand j'avais la flemme d'aller à la bibliothèque Les gens sont généralement très contents que des jeunes s'y intéressent, parfois tu tapes la discute avec, c'est marrant.

Peut être qu'il faudrait d'abord faire un sondage pour savoir quel type de personne utilise ce forum? Etudiants (licence? master?) ? Chercheurs confirmés? Ingénieurs? Biologistes? ...

Beh regarde un peu les sujets et les gens ayant pris part à ce fil même. Si je comprends bien, Jasmin et Stoyak sont ingés, je suis en M2 recherche, il y a quelques thésards et/ou post-docs qui ont déjà posé des questions sur ce forum, ainsi que des étudiants d'un niveau Licence 3 - Master 1 de bio souhaitant s'orienter vers la bioinfo.
Etant donné qu'un espace de qualité consacré à la bioinfo n'existe pas sur l'espace internet francophone, je pense que des gens de tous domaines seront vite attirés. De toute manière, je suis pour mettre la barre suffisamment haut pour ne pas "décevoir" les gens à la recherche de discussions de qualité, mais aussi laisser suffisamment de place pour ceux qui souhaitent comprendre sans forcément aller aussi en profondeur que nous pour l'instant.

Je retourne à Perl pour la bioinfo

[vinzzzz]

De toute manière, je suis pour mettre la barre suffisamment haut pour ne pas "décevoir" les gens à la recherche de discussions de qualité, mais aussi laisser suffisamment de place pour ceux qui souhaitent comprendre sans forcément aller aussi en profondeur que nous pour l'instant.

Toute la difficulté est là: si tu tombe sur un informaticien qui vient de débarquer en bioinfo sans aucune base en bio ou en chimie (comme moi a l'époque ), va falloir que tu baisse sacrément le niveau de la discussion, car toute les problématiques (le pourquoi de la chose, qui n'apparait pas forcément en terme usuel dans les publis) qui sont derrière risquent de ne pas être connues.
Idem, un bioinformaticien aguerri ne portera pas forcément d'intérêt sur un article lui réexpliquant comment BLAST fonctionne mais préfèrera plutôt un article d'actualité sur une nouvelle méthode ou autre...

Mais bon je pinaille peut être là aprés tout... Comme ça a été dit, trêve de bavardage, il faut faire un essai voire ce que ca donne

Si je puis me permettre une idée: pour commencer, plutôt que présenter directement un article sur BLAST, peut être que tu pourrait plutôt te tourner vers un article très généraliste sur la bioinformatique, expliquant les diverses problématiques & applications liées au domaine etc... Ca touchera surement un plus large public ce qui ne peut être que bénéfique pour la suite.

[MaliciaR]

Tes idées ne sont pas inintéressantes Mais je suis en train de rédiger de quoi un informaticien venant à la bio comprendra de quoi ça parle sans avoir eu de formation préalable en bio

J'espère d'ailleurs te compter parmi les participants au forum Bioinfo

[vinzzzz]

Tes idées ne sont pas inintéressantes Mais je suis en train de rédiger de quoi un informaticien venant à la bio comprendra de quoi ça parle sans avoir eu de formation préalable en bio

J'ai hate de te lire
Malgrés tout, ne sous estime pas l'ignorance potentielle d'un pure informaticien (plus généralement, d'un non biologiste/chimiste etc...) en ce qui concerne la bio

J'espère d'ailleurs te compter parmi les participants au forum Bioinfo

Je ferai au mieux (a noter que je ne suis plus tout a fait un bioinformaticien, mais un chemoinformaticien... la différence est là, mais beaucoup de choses se recoupent et sont communes a ces deux domaines)

[MaliciaR]

J'ai hate de te lire

Merci

Malgrés tout, ne sous estime pas l'ignorance potentielle d'un pure informaticien (plus généralement, d'un non biologiste/chimiste etc...) en ce qui concerne la bio

Non, je ne sous-estime pas du tout. J'enseigne la bio aux "petites classes" d'un côté et d'un autre, j'ai passé 6 semaines en cours avec des gens qui venaient de toutes sortes de formations sauf la bio... C'était duuuuur

Je ferai au mieux (a noter que je ne suis plus tout a fait un bioinformaticien, mais un chemoinformaticien... la différence est là, mais beaucoup de choses se recoupent et sont communes a ces deux domaines)

Tiens, c'est intéressant ça Je fais de la métagénomique mwé.

[Philou67430]

Mais je suis en train de rédiger de quoi un informaticien venant à la bio comprendra de quoi ça parle sans avoir eu de formation préalable en bio

Peux-être auras-tu progressé dans ce tuto-bio ?