Si tu ne peut pas laisser ton soft tourner sur la machine (en service par ex), je ne vois pas ce que tu peux faire sinon de tout lister et de comparer avec la liste d'une session différente.
Par contre tu peux gagner du temps en triant les fichiers que tu veux lister :
par ex pour tous les exe du dossier :
Fichiers = Directory.GetFiles("C:\\MonRépertoire", "*.exe", SearchOption.AllDirectories);
Maintenant, reste à savoir si ton soft ne fait cette recherche qu'une seule fois au démarrage ou s'il le fait encore plusieurs fois en cours d'exécution. Je veux dire par là qu'un listage, même s'il est plus ou moins long, s'il n'est lancé qu'à l'initialisation de l'application, ça peut encore passer.
Mais c'est vrai que si tu veux lister tout le répertoire c: ça peut durer un moment.
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