Discussion :

[Djang0]

Bonjour,

Je dispose de fichiers dicom de type CTData.

Afin de lire mes fichiers dicom avec la sequence correcte, je dois accéder dans un premier temps aux tags contenus dans le header de mes fichiers.

Je voulais savoir comment faire pour accéder a ces tags et ensuite classer mes images.

Les tags qui me seraient utiles sont, je pense,
InstanceNumber
Width/Rows
Height/Columns
PixelSpacing
SliceThickness

J ai essaye comme suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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I = dicomread('IM2.dcm');
 
info = dicominfo('IM2.dcm');
I = dicomread(info);
imshow(I,'DisplayRange',[]);

mais la il n apparait que l image.

Je continue mes recherches mais si quelqu un pouvait m aider ca serait gentil.
Merci d´avance.

[Jerome Briot]

Fais simplement ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

info = dicominfo('IM2.dcm')

Et regarde bien la variable info (qui devrait être une structure)

[Djang0]

Merci

ben le probleme c est que j ai pas trouvé comment "regarder" la variable info.
Je pense qu'elle contient les infos mais je sais pas comment les utiliser

[Djang0]

Je crois avoir une petite idée :

Il faut que j'ouvre tous les dicom que je possede dans mon fichier CTData, a l aide d une boucle, que je stocke l'information info.InstanceNumber et info.Filename et qu ensuite quand je vais faire ma compilation des images dans une matrice simple, je la réalise grace aux infos info.InstanceNumber

[Jerome Briot]

Tout à fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = dir('*.dcm');
for n=1:numel(d)
   file = sprintf('IM%d.dcm',n);
   info(n) = dicominfo(file);
end

Sinon, il doit aussi exister un fichier DICOMDIR à la racine du dossier contenant les images, non ?

[Djang0]

Oui ce que j avais cru comprendre c est que les informations sur l ordre de sequencement est contenu dans ce fichier dicomdir mais je n ai rien de ce type.
J ai juste une fichier CTData contenant toutes mes images.

Je vais essayer ta reponse
merci

[Djang0]

Cool merci beaucoup

En fait c est comme le C
(je suis désolé je decouvre matlab ...)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = dir('*.dcm');
 
for n=1:numel(d)
   file = sprintf('IM%d.dcm',n);
   info(n) = dicominfo(file);
end
 
 
for n=1:numel(d)
    for m=1:numel(d)
        if (info(m).InstanceNumber == n)
 
   end
end

mais je sais pas quoi mettre comme instruction apres mon if sachant que mon but c est de lire les fichiers avec un sequencement correct

Bon je continue de chercher

Merci encore

[Djang0]

Voila ce que ca donne (code ci dessous)
Mon resultat est une simple image apres 4-5 minutes de travail (de l ordinateur) jointe ci apres

En fait je sais pas trop sur quoi je dois deboucher.

Ma prochaine etape est de compiler les images dans une simple matrice apres avoir modifie leur slice thickness...
L image que j obtiens ne correspond pas a la simple matrice mais sans modification du slice thickness ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = dir('*.dcm');
 
for n=1:numel(d)
   file = sprintf('IM%d.dcm',n);
   info(n) = dicominfo(file);
end
 
for i=1:numel(d);
    for j=1:numel(d);
        if info(j).InstanceNumber==i
            dicomread(info(j).Filename)
            dicominfo(info(j).Filename)
            imshow(info(j).Filename,'DisplayRange',[]);
        end
    end
end

[Jerome Briot]

Pour obtenir l'ordre des images suivant le champ Instance Number, fais simplement ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d = dir('*.dcm');
 
for n=1:numel(d)
   file = sprintf('IM%d.dcm',n);
   info(n) = dicominfo(file);
   IN(n) = info(n).InstanceNumber;
end
 
[pasbesoin,idx] = sort(IN);

Maintenant pour afficher par exemple la 3ème image :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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I = dicomread(info(idx(3)));
imshow(I,'DisplayRange',[]);

Si tu veux obtenir un empilage de tes images :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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3
for n = 1:numel(idx)
   I(:,:,n) = dicomread(info(idx(n)));
end

Mais il faut que toutes les images soient de la même dimension.

[Djang0]

ok
je me lance dans le resize
merci beaucoup

[Djang0]

J ai essaye avec la methode imresize
mais sans succes
Je pense que c est car j essaye de l appliquer a un fichier dicom
est ce possible ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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info = dicominfo('IM1.dcm');
I = dicomread(info);
imshow(I,'DisplayRange',[]);
 
B = imresize(I,[3,690 3,690],bilinear);
imshow(B);

J ai aussi essaye avec la methode set de la maniere suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

set(I,'XData',[0,9765],'YData',[0,9765]);

mais sans succes non plus

Je me demande si je dois pas attribuer directement les valeurs souhaitées dans le header

Info.Width = '3,690';
Info.Height = '3,690';

Je vais essayer

Ps : je dois les resizer en 0,9765 mm ( soit 3,690 pxl non ? ) dans les directions X et Y mais je dois faire attention car les thickness sont differentes et il faudra les rétablir a 2,5 mm

[Djang0]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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I = dicomread('IM1.dcm');
 
info = dicominfo('IM1.dcm');
 
 
info.Width = '0,9765';
info.Height = '0,9765';
 
dicomwrite(I, 'newimage.dcm', info);

J ai essaye avec cette methode
J obtiens bien un nouveau fichier, mais mes valeurs Width et Height n´ont pas changé

Hum

[Jerome Briot]

Je ne comprend pas pourquoi tu veux changer la taille des images vers l'unité métrique...

[Djang0]

Je n ai pas le choix.
C est dans les consignes du projet

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i=1:224
file_name = strcat('IM',num2str(i));
dicom_info = dicominfo(file_name);
anatomical_location_of_dicom_image = dicom_info.InstanceNumber;
dicom_image = dicomread(file_name);
 
% Do the resizing in the line below
dicom_image_resized = imresize(dicom_image, [<new_im_height> <new_im_width>]);
 
volume_data(:,:,anatomical_location_of_dicom_image) = dicom_image_resized;
end

J ai trouve ce bout de code pour modifier les images mais je sais vraiment pas quoi mettre comme taille : En fait je dois avoir dans les directions x et y 0,9765 mm

Un copain m a dit qu il y avait une autre alternative, il m a donne le code de l exemple
Par ce biais je dois prendre les dimensions de l image et ensuite appliquer les miennes
mais je bloque au meme point : quelles dimensions je dois mettre pour avoir 0,9765 mm en x et y et 2,5 mm en Z

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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% Let's say we have a variable named "volData" of size [304, 256, 90] and we
% want to resize it to [128, 256, 64]; then we use the following:
 
[X, Y, Z] = meshgrid(linspace(1,304,128), 1:256, linspace(1,90,64));
resizedVolData = interp3(volData,X,Y,Z);

[Jerome Briot]

Tout ceci n'est pas très clair... à quoi vont servie tes images redimensionnées ?

Il y a plusieurs champs utiles dans un fichier Dicom pour connaitre les dimensions d'une image :

(0028,0010) Rows : nombre de pixels de chaque ligne
(0028,0011) Columns : nombre de pixels de chaque colonne
(0028,0030) Pixel Spacing : espacement en unité métrique entre deux pixels

Si j'ai bien compris ton problème, tu veux modifier Rows et Columns pour que Pixel Spacing soit égal à 0,9765 mm, c'est ça ? Si c'est le cas, une simple règles de trois fera l'affaire pour trouver les bons paramètres de IMRESIZE.

Mais bon, encore une fois, j'ai bien l'impression que tu n'as pas tout compris dans ton projet.. et encore moins dans la manipulation des fichiers Dicom

[Djang0]

Mais bon, encore une fois, j'ai bien l'impression que tu n'as pas tout compris dans ton projet.. et encore moins dans la manipulation des fichiers Dicom

Je suis pas le seul a me le dire

Avec mes images redimensionnées, je vais ensuite les compiler ensemble pour obtenir un volume.
Mais il faut qu elles aient cette taille et la meme thickness pour pouvoir être compiler ensemble.

Merci pour ton aide