Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un problème avec la requête suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT DISTINCT organism FROM fungi2 
WHERE sequence like '%GATTTTATACGCGGTGTC%CTACCCAACGTAT%' 
AND organism NOT IN (SELECT DISTINCT(organism) FROM fungi2_consensus WHERE linking_consensus = 'Aspergillus fumigatus') 
AND organism <> 'Aspergillus fumigatus'

J'ai essayer en la simplifiant par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT DISTINCT organism FROM fungi2 
WHERE sequence like '%GATTTTATACGCGGTGTC%CTACCCAACGTAT%'

Mais, j'ai le même problème, ça semble trop lourd même en ne passant pas par l'interface graphique mais via un programme écrit en Perl (j'utilise EasyPHP).

C'est vrai que j'ai énormément de données dans de nombreuses bases de données, cela pourrait-il expliquer ce problème?

Comment puis-je y remédier?


Merci,

[qi130]

Il nous faudrait le script des tables, ainsi que les index déclarés sur ces tables.

[Jasmine80]

Merci d'avoir répondu si rapidement.

Pour ce qui est de la précédente requête, le programme Perl a fini par donner une réponse au bout d'au moins 15 minutes.

Pour ce qui est d'utiliser l'intefrace graphique, je pense que c'est sans espoir étant donné que la requête simplifiée de mon message précédent ne fonctionne déjà pas.



J'ai amélioré la requête :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT DISTINCT organism FROM fungi2 f 
LEFT JOIN fungi2_consensus fc ON f.id = fc.id AND fc.linking_consensus = 'Aspergillus fumigatus'
WHERE sequence like '%GATTTTATACGCGGTGTC%CTACCCAACGTAT%'
AND f.organism  <> 'Aspergillus fumigatus' 
AND  fc.id IS NULL

Penses-tu que cela fera bien la même chose?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CREATE TABLE `test`.`fungi_2` (
`Id` int( 10 ) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT ,
`Organism` varchar( 50 ) default NULL ,
`Taxon` int( 10 ) unsigned default NULL ,
`Seq_length` smallint( 5 ) default NULL ,
`Sequence` longtext,
`Date` date default NULL ,
PRIMARY KEY ( `Id` ) ,
KEY `Organism` ( `Organism` ) 
) ENGINE = InnoDB DEFAULT CHARSET = latin1;

Index de Fungi2 : Organism

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CREATE TABLE `test`.`fungi2_consensus` (
`id` smallint( 5 ) unsigned NOT NULL default '0',
`linking_consensus` enum( 'Aspergillus fumigatus', 'Alternaria alternata', 'Davidiella tassiana' ) default NULL ,
`organism` varchar( 60 ) NOT NULL default '',
`score` decimal( 5, 2 ) NOT NULL default '0.00',
`blast_length` smallint( 5 ) unsigned NOT NULL default '0',
`cover` decimal( 5, 2 ) NOT NULL default '0.00',
PRIMARY KEY ( `id` ) 
) ENGINE = MYISAM DEFAULT CHARSET = latin1 COMMENT = 'Les espèces les plus proches (BLAST) du consensus de A_alte'

Ces 2 tables ont les mêmes clés primaires.


Merci pour ton aide.

[qi130]

Un index sur linking_consensus pourrait améliorer les perfs.