Discussion :

[kaiser21]

bjr je cherche a faire une segmentation d'image par la méthde LPE
mais le problème de sur-segmentation se pose
pr régler ce probléme je suis obligé de prétraiter l'image avant d'effectuer la segmentation
mais j'hesite sur la méthode a utiliser pasque c'est des images médicales (cellules cancereuses) DONC JE RISQUE DE PERDRE de l'information utile pr l'interprétation par le médecin
que me conseillez vous ??
et qu'elle méthode dois je utiliser selon vous pr régler ce problème de sur-segmentation sans nuire à l'information utile de l'image
merci

[kmaniche]

Le problème de sur-segmentation est du principalement :

1. Au bruit contenu dans l'image,

2. Le choix des paramètres de segmentation.

La solution à envisager, elle depend du contexte. Citons principalement deux :

Soit par un prétraitement pour réduire le bruit, et là c'est la nature des images qui rentre en jeux. IRM, Mamo, Infra, ...

Soit par une étape de post-segmentation, ici la méthode de segmentation joue le grand rôle, c'est bien elle qui decide tu type de méthode à appliquer en aval. Les plus connues sont : fusion intra-régions, fusion inter-région, ou plus simplement la fusion de régions en utilisant le graph d'adjacence.

Il faut d'abord penser au type d'images que tu vas utiliser

[kaiser21]

ok oui bon
t'as compri que les images que j'ai à traiter sont des images de cellules cancereuses (prises par microscope)
et que la méthode de segmentation c'est la watershed
je n'ai pas le choix je ne peux pas changer d'image ni changer de méthode
tout ce que je peux faire c'est utiliser un algorithme amélioré
comme la LPE avec filtrage
ou LPE mosaique ou je ne sais quoi d'autre
ou alors prétraiter l'image avant la segmentation


et voila je veux qu'on m'aide en me montrant quel choix s'offre a moi et comment faire pr utiliser l'algorithme de watershed amélioré
LPE (mosaique) ou LPE (filtrage)
et aussi qu'on me dise si je peux égaliser par exemple l'histograme d'une image médicale (cellule cancereuse vue par microscope) sans suprimer des détails importants pr le médecin qui va faire l'interprétation

[kaiser21]

peut etre que ma que mes questions ne sont pas tres claires alors globalement ce que je demande c'est
1)Comment ameliorer la ligne de partage des eaux par des pretraitements ?
2)es que je peux utiliser les commandes d'étirement d'égalisation d'histogramme ou de filtrage sur des images médicales?

[kmaniche]

ok oui bon
t'as compri que les images que j'ai à traiter sont des images de cellules cancereuses (prises par microscope)
et que la méthode de segmentation c'est la watershed
je n'ai pas le choix je ne peux pas changer d'image ni changer de méthode
tout ce que je peux faire c'est utiliser un algorithme amélioré
comme la LPE avec filtrage
ou LPE mosaique ou je ne sais quoi d'autre
ou alors prétraiter l'image avant la segmentation


et voila je veux qu'on m'aide en me montrant quel choix s'offre a moi et comment faire pr utiliser l'algorithme de watershed amélioré
LPE (mosaique) ou LPE (filtrage)
et aussi qu'on me dise si je peux égaliser par exemple l'histograme d'une image médicale (cellule cancereuse vue par microscope) sans suprimer des détails importants pr le médecin qui va faire l'interprétation

Il ne s'agit pas de changer les images, mais au contraire. On connaissant le type d'image tu peux demander de te cherche des algorithmes de filtrage de ces images.

Exp :
> méthode de filtrage des IRM filetype:pdf

[kmaniche]

Connaissant le type d'image, tu peux connaître le type de bruit :

1. Impulsionnel,
2. Gaussien,
3. Multiplicatif,
4. Additif.

Tu peux ainsi trouver des méthodes de réduction (et non pas de suppression) de bruit dans la littérature .


Je pense que tu aurais posté sur le forum traitement d'image, peut être que tu aurra d'autres avis.

[pseudocode]

et voila je veux qu'on m'aide en me montrant quel choix s'offre a moi et comment faire pr utiliser l'algorithme de watershed amélioré LPE (mosaique) ou LPE (filtrage)
et aussi qu'on me dise si je peux égaliser par exemple l'histograme d'une image médicale (cellule cancereuse vue par microscope) sans suprimer des détails importants pr le médecin qui va faire l'interprétation

Avant toute chose, regardons comment fonctionne l'algo de LPE : il remplit progressivement des bassins, c'est a dire des zones profondes entourées par une crête, et marque l'emplacement ou les eaux de 2 bassins se rencontrent.

Donc, il faut commencer par avoir une image qui représente cette topographie bassin/crête => la crête doit représenter la limite des zones a segmenter et le fond du bassin représente un point loin de la limite. Cela nous amène a construire un filtre qui fait ressortit les bords des cellules cancéreuses et atténue les points loin des bords. Voila pour le pré-traitement de l'image.

Pour le post-traitement il faut déjà voir le résultat obtenu.

[kaiser21]

vous pouvez me dire comment faire pour faire des transformations géodésiques d'images avec matlab?
le principe de l'érosion géodésique (par exemple) est différent de celui de l'érosion simple dont le code est

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imerode

je suis "out" donc si quelqu'un peut m'aider

[Gwindor]

Je ne sais pas si les opérations de géodésie sont implémentées dans Matlab. Peut-être y a-t-il une toolbox. Mais tu peux surement les développer toi même.
Il s'agit simplement de faire des érosions ou dilatations et des intersections avec un masque.

[kaiser21]

Je ne sais pas si les opérations de géodésie sont implémentées dans Matlab. Peut-être y a-t-il une toolbox. Mais tu peux surement les développer toi même.
Il s'agit simplement de faire des érosions ou dilatations et des intersections avec un masque.

je vois pas comment m y prendre
donne moi un exemple stp

[Gwindor]

C'est probablement que tu n'es pas très à l'aise avec le concept de la géodésie, ou alors avec Matlab.

Un petit rattrapage s'impose, regarde ce cours : http://depinfo.mines.inpl-nancy.fr/E...47/CET47_6.pdf

... en particulier la page 53.

Avec ça tu comprendras qu'une érosion géodésique est une érosion tout bête, contrainte par un masque.

Maintenant si tu n'arrives pas à le programmer, dis nous où tu bloques?

[kaiser21]

C'est probablement que tu n'es pas très à l'aise avec le concept de la géodésie, ou alors avec Matlab.

Un petit rattrapage s'impose, regarde ce cours : http://depinfo.mines.inpl-nancy.fr/E...47/CET47_6.pdf

... en particulier la page 53.

Avec ça tu comprendras qu'une érosion géodésique est une érosion tout bête, contrainte par un masque.

Maintenant si tu n'arrives pas à le programmer, dis nous où tu bloques?

et c'est quoi une boule géodésique comment on utilise ça dans matlab
j'avais compris les concepts de ces opérations mais l'outil tel que celui que je vient de citer pas vraiment
dans les opérations géodésique on utilise bien une boule géodésique de rayon connu ???!!!!!!

[Gwindor]

On utilise un élément structurant tout a fait ordinaire. Généralement une boule de rayon 1 et on itère autant de fois que l'on veut (jusqu'à idempotence dans le cas des reconstructions).

[kaiser21]

pouvez-vous m'aider?
j'veux intégrer des marqueurs manuellement dans mon algorithme watershed
mais je sais pas comment m'y prendre
merci d'avance

[pseudocode]

pouvez-vous m'aider?
j'veux intégrer des marqueurs manuellement dans mon algorithme watershed
mais je sais pas comment m'y prendre
merci d'avance

Et bien, au lieu de prendre tous les minima locaux comme points de départ des bassins, tu prends seulement tes marqueurs.

[kaiser21]

Et bien, au lieu de prendre tous les minima locaux comme points de départ des bassins, tu prends seulement tes marqueurs.

c'est pas le principe que je n'ai pas compris
la ou je bloque c'est l'application
alors ya plusieur méthode pour les marqeurs
mais jtrouve pas de méthode pr imposer les marqeur que je dessine moi méme (choix manuel)

[pseudocode]

c'est pas le principe que je n'ai pas compris
la ou je bloque c'est l'application
alors ya plusieur méthode pour les marqeurs
mais jtrouve pas de méthode pr imposer les marqeur que je dessine moi méme (choix manuel)

"imposer les marqueurs" ? ?

Il y a quelque part dans ton algorithme un moment où tu commences à remplir les bassins. Donc il y a des "points de départ" pour le remplissage. Il suffit de dire a ton algorithme que ces points de départ ce sont les marqueurs.