Discussion :

[onaris123]

Bonjour,

j'ai un script qui utilise le programme formatdb. voici le bout de code qui pose problème

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        if (-e $file)
          {
             system ("formatdb -i $file -pT") and confess "formatdb : formatdb -i $file $!";
          }

Si je lance le script en ligne de commande, il n'y a aucun problème.
En revanche via une interface web de type perl -cgi : j'ai l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

formatdb : formatdb -i /v2/admin/test/Jeu_de_donnees_test.fasta No such file or directory at /v2/admin/test/run.pl line 126

or pourtant ce fichier existe et il a tous les droits (777)

Si vous avez une idée !

[djibril]

par cgi, il te faut mettre le chemin complet de /pathComplet/formatdb

[onaris123]

merci, pour la réponse si rapide,

voilà ce que j'ai fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (-e $file)
         {
            system ("/usr/local/ncbi-toolbox/bin/formatdb -i $file -pT") and confess "formatdb : formatdb -i $file $!";
         }

mais ça n'a pas résolu le problème, j'ai maintenant un message d'erreur différent.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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formatdb : formatdb -i /v2/admin/test/Jeu_de_donnees_test.fasta Inappropriate ioctl for device at  /v2/admin/test/run.pl line 126

[Jasmine80]

Voici un de mes programmes qui fonctionne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#------------------  Programme DBblast_create.pl
 
chdir('C:/BLAST/bin');
 
my $fasta_file = 'chemin/sequences.txt';
my $blast_db = 'chemin/test_BlastDB';
 
 
system "formatdb -p F -i $fasta_file -n $blast_db" or print $!;

Essaie avec chdir().

[Jasmine80]

Essaie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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chdir('/usr/local/ncbi-toolbox/bin');
 
 
my $file = '...';
 
# fichier de sortie !!! sans extension, juste le chemin et un nom
# car 3 fichiers avec différentes extensions seront créé
my $blast_db = '...';
 
 
if (-e $file){
	system "formatdb -p T -i $file -n $blast_db" or print $!;
}

Vu le message 'Inappropriate ioctl' c'est peut-être un problème de fichier. Je n'utilise pas souvent cette commande mais je pense qu'elle attend un nom pour les fichiers de sortie.

[onaris123]

merci, beaucoup ça marche !!