Discussion :

[damilari]

Bonjour,

Voici un fichier txt qui contient les lignes suivantes organisées en plusieurs blocks (3 blocks dans l'exemple):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<objects>
<object CastShadows="yes" ReceiveShadows="yes" file="noPDB/Cryo_70S.3ds" name="70S_ribosome_0" parent="root" visible="true">
<position x="-932.390112" y="465.456642" z="-113.6953240"/>
<rotation w="-0.168567" x="-0.821863" y="0.131280" z="-0.3853420"/>
<scale x="1.000000" y="1.000000" z="1.000000"/>
</object>
<object CastShadows="yes" ReceiveShadows="yes" file="noPDB/Cryo_70S.3ds" name="70S_ribosome_1" parent="root" visible="true">
<position x="-191.334869" y="-815.207902" z="659.0063650"/>
<rotation w="-0.990832" x="-0.622205" y="-0.533263" z="0.8630410"/>
<scale x="1.000000" y="1.000000" z="1.000000"/>
</object>
<object CastShadows="yes" ReceiveShadows="yes" file="noPDB/Cryo_70S.3ds" name="70S_ribosome_2" parent="root" visible="true">
<position x="854.322695" y="645.500598" z="-764.8095280"/>
<rotation w="0.830886" x="0.836896" y="-0.454449" z="0.7615380"/>
<scale x="1.000000" y="1.000000" z="1.000000"/>

Je souhaiterai extraire de chaque bloc les 3 valeurs position x, y et z, les 4 valeurs correspondant à rotation w, x, y et z, et la chaîne de caractères correspondant à name= (ici il faut donc extraire 70S_ribosome_0, 1 et 2).

Ensuite, je souhaite placer ces valeurs dans une matrice qui contient autant de lignes que de blocks et contenant 8 colonnes : la colonne 1 contient le nom, la colonne 2 contient la position x, etc... jusqu'à la colonne 8 qui contient la rotation z.

Cela donnera :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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70S_ribosome_0   -932.390112    465.456642    -113.6953240  -0.168567...-0.3853420
70S_ribosome_1 -191.334869...                                                                                 0.8630410
70S_ribosome_3   854.322695...                                                 0.7615380

J'ai lu pas mal de post sur le sujet mais la logique de textscan m'échappe toujours. Grand merci pour votre aide.

[Jerome Briot]

Jette un oeil à cette contribution : Gestion des fichiers XML avec la XML toolbox

[damilari]

Merci Dut pour cette réponse.

J'ai fait des essais avec xml toolbox sans succès, ainsi qu'avec d'autres comme XML2Mat.

Je préfèrerais utiliser fscanf ou textscan mais leur syntaxe est plutôt difficile.

Quelqu'un a-t-il une idée ?

[duf42]

J'ai fait des essais avec xml toolbox sans succès, ainsi qu'avec d'autres comme XML2Mat.

Pourrais-tu préciser les problèmes que tu as rencontré?

[Jerome Briot]

Une solution vite fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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X = textread('test.xml','%s','delimiter','\n');
 
idx = find(strncmp(X,'<object ',8));
 
idxs = strfind(X(idx),'name="');
idxe = strfind(X(idx),'" parent="');
 
for n=1:numel(idx)
   name{n} = X{idx(n)}(idxs{n}+6:idxe{n}-1);
   [position(n,1),position(n,2),position(n,3)] = strread(X{idx(n)+1},'<position x="%f" y="%f" z="%f"/>');  
   [rotation(n,1),rotation(n,2),rotation(n,3),rotation(n,4)] = strread(X{idx(n)+2},'<rotation w="%f" x="%f" y="%f" z="%f"/>');
end
 
name
position
rotation

A tester...

[damilari]

Merci à Dut pour la solution à tester. Je teste et j'en rends compte.

pour Duf42 :
Supposons que le contenu de mon fichier xml soit le suivant :

<object CastShadows="yes" ReceiveShadows="yes" file="noPDB/Cryo_70S.3ds" name="70S_ribosome_0" parent="root" visible="true">
<position x="-932.390112" y="465.456642" z="-113.6953240"/>
<rotation w="-0.168567" x="-0.821863" y="0.131280" z="-0.3853420"/>
<scale x="1.000000" y="1.000000" z="1.000000"/>
</object>

Dans Matlab, avec XMLtoolbox, je vais écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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xmlstr = fileread('export.gml')

J'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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xmlstr =
 
<object CastShadows="yes" ReceiveShadows="yes" file="noPDB/Cryo_70S.3ds" name="70S_ribosome_0" parent="root" visible="true">
 
<position x="-932.390112" y="465.456642" z="-113.6953240"/>
 
<rotation w="-0.168567" x="-0.821863" y="0.131280" z="-0.3853420"/>
 
<scale x="1.000000" y="1.000000" z="1.000000"/>
 
</object>

puis je tape :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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V = xml_parseany( xmlstr )

J'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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V = 
 
     position: {[1x1 struct]}
     rotation: {[1x1 struct]}
        scale: {[1x1 struct]}
    ATTRIBUTE: [1x1 struct]

Si je tape V.ATTRIBUTE j'obtiens :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ans = 
 
       CastShadows: 'yes'
    ReceiveShadows: 'yes'
              file: 'noPDB/Cryo_70S.3ds'
              name: '70S_ribosome_0'
            parent: 'root'
           visible: 'true'

Ensuite je bloque pour obtenir les valeurs concernant la position, etc...

[duf42]

Ensuite je bloque pour obtenir les valeurs concernant la position, etc...

Et la commande:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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V.position

te renvoie quoi?

[Jerome Briot]

Vu la nature des variables créées, je te conseille d'aller faire un petit tour par la :

• Les tableaux de cellules (cell array)
• Les structures

[damilari]

Pour Duf42 :

V.position donne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ans = 
 
    [1x1 struct]

La solution rapide de Dut fonctionne très bien. Je vais regarder chaque ligne pour bien comprendre les instructions.

Je débute en Matlab donc effectivement un tour du côté de la FAQ ne sera pas une perte de temps.

Grand merci pour tout l'aide apporté.