Discussion :

[Fango]

Bonjour à tous,

cette discussion vous rappellera sans doute le sondage "Création d'une application bioinformatique", mais je viens plus ici pour recueillir des besoins.

En fait, avec un collegue, on aimerait developper d'autres connaissances informatiques que celles liées a notre travail (essentiellement C++ / Oracle pour la partie technique pure et dure). On aimerait s'investir dans un projet perso du debut a la fin, et surtout utile. Comme j'ai suivi pendant mes etudes un petit module de bioinformatique, et que j'ai trouvé cela interessant, j'aimerais bien developper une application dans ce cadre. Ce qui m'amene a vous demander si vous avez des propositions, besoins, etc pour un outil ? ça pourrait être lié a des calculs, des simulations, ou tout autre besoin que vous rencontrez. Ce serait à priori une application multi-plateformes avec une GUI. En ce qui concerne la partie fonctionnelle, j'imagine qu'il ne faudrait pas que ce soit trop pointu, bien que developper nos domaines de connaissances fasse clairement partie de nos objectifs.

J'ai commencé à jeter un oeil à des applications deja existantes, notamment dans le domaine de la phylogenie, mais on aimerait bien ne pas reproduire un outil.

Merci.

[50Nio]

C'est pas vraiment utile, mais ça peut toujours être un début:
http://c.developpez.com/defis/5-Cube-Soma/

Sinon, pourquoi ne pas carrément vous lancer dans l'écriture de modules CPAN ?
http://www.cpan.org/

[Jasmine80]

Bonjour,

Je sais qu'en ce qui concerne la phylogénie, ce qui me pose problème est de faire un blast en local (sur une base de données locale ou un fichier fasta) et ensuite d'en obtenir un beau cladogramme. Cela est faisable via le programme BioNumerics (qui coûte très cher).

[50Nio]

Voilà la différence entre les "Nouveau membre du Club" et les "Expert Confirmé Sénior"

[Fango]

Bonjour,

merci a ceux qui ont pris le temps de repondre

C'est pas vraiment utile, mais ça peut toujours être un début:
http://c.developpez.com/defis/5-Cube-Soma/

Super interessant c lien, je ne connaissais pas ces defis ! Ca me parait une piste très sympa...

Sinon, pourquoi ne pas carrément vous lancer dans l'écriture de modules CPAN ?
http://www.cpan.org/

En fait, je me debrouille pas trop mal en Perl, donc j'aimerais bien eviter de faire ce projet ci en Perl. Mais je garde l'idee aussi, ça me botterait pas mal en fait de faire ça !

Bonjour,

Je sais qu'en ce qui concerne la phylogénie, ce qui me pose problème est de faire un blast en local (sur une base de données locale ou un fichier fasta) et ensuite d'en obtenir un beau cladogramme. Cela est faisable via le programme BioNumerics (qui coûte très cher).

Je vais creuser un peu pour me remettre a jour et que ça me parle un peu plus tous ces termes

[Fango]

Voilà la différence entre les "Nouveau membre du Club" et les "Expert Confirmé Sénior"

[Jasmine80]

Je vais creuser un peu pour me remettre a jour et que ça me parle un peu plus tous ces termes :)

Module que j'ai utilisé et qui fonctionne très bien :
Bio::Tools::Run::StandAloneBlast - Object for the local execution of the NCBI Blast program suite (blastall, blastpgp, bl2seq)

modules de phylogénie ... je ne sais pas trop lequel te conseiller, je ne fais que très peu d'arbres.

C'est juste une suggestion, attends peut-être de voir si d'autres membres n'ont pas des idées qui t'intéressent plus.

[MaliciaR]

Salut,

Faisant du C++, connais-tu ce toolkit ? Je crois qu'un autre projet est créé mais je n'arrive pas à remettre la main dessus...

[Fango]

Hello,

desolé pour le retard, j'ai pas mal de boulot en ce moment, mais je regarde les pistes que vous me donnez