Discussion :

[Jasmine80]

Objet $hit

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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							  '_annotation' => {
									     'description' => [
												bless( {
													 'value' => 'Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516, complete genome',
													 'tagname' => 'description'
												       }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
											      ],

Je voudrais récupérer la description (ligne 109 et 110 du code) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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							my $hit_description = $hit->annotation->description;
							print "$hit_description\n\n";

J'obtiens bien la valeur

Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516, complete genome

mais avec un message me prévenant que

Using old style annotation call on new Annotation::Collection object
STACK Bio::Annotation::Collection::description C:/Perl/site/lib/Bio/Annotation/Collection.pm:464
STACK toplevel BioSearchHSPGenericHSP.pl:109

Pourriez-vous me dire la façon correcte d'écrire?


Merci;

[djibril]

Il nous faut un peu plus de codes

[Jasmine80]

Merci de me répondre, j'utilise le module Bio::Tools::Run::RemoteBlast, je commence donc la procédure classique d'un blast en ligne et je récupère les hsp un à un :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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				my $result = $rc->next_result();
 
 
				$factory->remove_rid($rid);
				while ( my $hit = $result->next_hit ) {
					next unless ( $v > 0);
 
						while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
 
 
							#---------------------------------------
							# voir Bio::Search::HSP::GenericHSP
							#---------------------------------------
 
							# Returns a SeqFeature representing the query in the HSP
							my $query = $hsp->query;
 
							# Returns a SeqFeature representing the hit in the HSP
							my $hit = $hsp->hit;

Est-ce plus clair?

[djibril]

Dans la doc de Bio::SeqFeature::Similarity , on a ceci :

Title : seqdesc
Usage : $desc = $obj->seqdesc();
$obj->seqdesc($desc);
Function: At present this method is a shorthand for
$obj->annotation()->description().

Note that this is not stored in the tag system and hence will
not be included in the return value of gff_string().
Returns :
Args :

As tu donc essayé plutôt cette écriture :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $hit_description = $hit->seqdesc();

?

[Jasmine80]

Merci pour ton aide, je n'ai maintenant plus le message. Comment as-tu su qu'il fallait regarder dans Bio::SeqFeature::Similarity ... le problème avec blast est que tu te retrouves avec des dizaines d'objets différents et que ça devient vite un jeu de piste pour retrouver ce dont tu as besoin.

[djibril]

Alors, voici comment s'y prendre. A partir de ton script. La partie m'intéressant est la suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

while( my $hsp = $hit->next_hsp )

$hit->next_hsp retourne un objet de type Bio::Search::HSP::GenericHSP, j'ai donc regardé la documentation de ce module. Ensuite j'ai cherché la méthode hit. On peut lire ceci :

hit

Title : hit
Usage : my $hit = $hsp->hit
Function: Returns a SeqFeature representing the hit in the HSP
Returns : L<Bio::SeqFeature::Similarity>
Args : [optional] new value to set

Il retourne un objet de type Bio::SeqFeature::Similarity. Donc $hit est de type Bio::SeqFeature::Similarity. Je vais donc voir la documentation de ce module pour trouver l'explication de la méthode description. Et hop, je trouve la méthode seqdesc

Voilà. En bioperl, c'est de l'objet à fond et il y a beaucoup d'héritages de classes. Le plus important est donc à chaque fois de savoir qu'elle est le type d'objet qu'une méthode te retourne et ensuite, tu vas lire la documentation adéquate pour trouver les méthodes que tu peux utiliser.
D'où l'importance de donner un peu plus de code quand tu as un souci

[Jasmine80]

Merci c'est très clair maintenant.

[stoyak]

Bioperl demanderait peut-être une doc générale. Pas sur l'utilisation d'un module particulier, mais sur sa construction.
J'ai moi-même eu à chercher les héritages entre les objets, et la toute première fois, ce n'est pas si simple ...

[Jasmine80]

Bioperl demanderait peut-être une doc générale. Pas sur l'utilisation d'un module particulier, mais sur sa construction.
J'ai moi-même eu à chercher les héritages entre les objets, et la toute première fois, ce n'est pas si simple ...

C'est une très bonne idée