Tu as bien l'encoding UTF-8 dans ton XML?
Si c'est le cas, alors je suis quasiment sur que cela vient de la source, et donc de ton FileWriter (mais là je ne suis pas un spécialiste Java) ou même de la façon dont les caractères sont codés (table de caractères) par le parser de la base de données. Il ne faut pas oublier qu'un caractère peut avoir un code diffèrent selon le jeu de table de caractère utilisé!
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