Discussion :

[Bioinfoe]

bonjour

Je veux utilisé la fonction bl2seq, voici mon code ( code fournit par CPAN)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#use strict;
use warnings;
use Bio::Tools::Run::RemoteBlast;
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::StandAloneBlast;
 
 
# Get 2 sequences
  $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'input' , -format => 'Fasta');
  my $seq3 = $str->next_seq();
  my $seq4 = $str->next_seq();
 
  # Run bl2seq on them
  $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program => 'blastn',
                                                   -outfile => 'bl2seq.out');
  my $bl2seq_report = $factory->bl2seq($seq3, $seq4);
 
  # Use AlignIO.pm to create a SimpleAlign object from the bl2seq report
  $str = Bio::AlignIO->new(-file=> 'bl2seq.out',-format => 'bl2seq');
  $aln = $str->next_aln();

J'ai installé blast. J'obtiens ce message d'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Can't locate Bio/Tools/StandAloneBlast.pm in @INC

J'ai 2 questions : Pourquoi ça ne marche pas?
et j'ai vu que bl2seq peut être utilisé avec AlignIO ou StandAloneBlast quelle est la différence ?

Merci et bonne journée

[Beniou]

Pour le module StandAloneBlast il te manque une partie (Run) pour que ce soit correct :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;

Pour ta deuxième question : voici un bout de doc du CPAN : "For bl2seq execution, StandAloneBlast.pm can be combined with AlignIO.pm to directly produce a SimpleAlign object from the alignment of the two sequences produced by bl2seq as in"...

Grosso modo le module StandAloneBlast sert à lancer le programme bl2seq, et les flux d'entrée/sortie du programme bl2seq sont gérés par le module AlignIO.

Un bonne lecture de la doc CPAN de ces deux modules te donneront plus de renseignements.

[Bioinfoe]

Grosso modo le module StandAloneBlast sert à lancer le programme bl2seq, et les flux d'entrée/sortie du programme bl2seq sont gérés par le module AlignIO.

Merci

sinon j'ai changé le RUN mais ça ne marche toujours pas , la compilation se fait mais je n'obtiens aucun résultat. j'ai "juste" un WARNING

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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-------------------- WARNING ---------------------
MSG: cannot find path to bl2seq
---------------------------------------------------

[Beniou]

Ce message veut dire qu'il ne trouve pas le chemin jusqu'à l'executable bl2seq pour exécuter Blast. Tu dois ajouter le répertoire contenant les exécutables de Blast (dont bl2seq) à ta variable d'environnement $PATH et/ou bien d'ajouter une variable d'environnement $BLASTDIR pointant vers ton répertoire d'installation de Blast.
Ex: sous Unix dans un shell bash

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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export BLASTDIR=/chemin/vers/blast

Sous Windows il faut passer par les paramètres systèmes puis variable d'environnement.

Si tu as un soucis n'hésite pas.

[Jasmine80]

Tu peux aussi directement passer le chemin vers l'exécutable en paramètre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$factory->executable("bl2seq", "C:/BLAST/bin/bl2seq.exe");

Je te conseille d'enlever le dièse placé devant ton 'use strict' et de déclarer toutes tes variables avec 'my'.

[Bioinfoe]

Bonjour

Sous Windows il faut passer par les paramètres systèmes puis variable d'environnement.

??

Jasmine j'ai spécifié le chemin mais ça ne marche toujours pas...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Can't call method "executable" on an undefined value

Merci

[Jasmine80]

As-tu bien déclaré $factory au préalable?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program => 'blastn',
                                                    -outfile => 'bl2seq.out');
 
$factory->executable("bl2seq", "C:/BLAST/bin/bl2seq.exe");

[Bioinfoe]

As-tu bien déclaré $factory au préalable?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(-program => 'blastn',
                                                    -outfile => 'bl2seq.out');
 
$factory->executable("bl2seq", "C:/BLAST/bin/bl2seq.exe");

Mes lignes de code étaient inversées

Merci à tous

[Jasmine80]

Ce que Beniou voulait dire avec les variables d'environnement est qu'une autre solution pour résoudre ton problème est de rajouter dans ta variable PATH le chemin vers l'exécutable Blast. Sous Windows cela se fait via : Panneau de configuration > Système > Avancé > Variables d'environnement.