Discussion :

[Manudu38]

Bonjour !
Etant débutant en Python, je souhaiterais ecrire un programme permettant de calculer l'angle entre deux vecteurs, sachant que les coordonnées X Y et Z des points sont stockeés dans un fichier.
Je souhaite cela pour calculer par moi meme les angles Psi et Phi dans une chaine peptidique, pour ceux qui ont fait ou font de la bio.
Merci vraiment d'avance, je suis en galère....!!! Et assez pressé en +..!!
Mon probleme s'adresse donc a ceux qui savent coder en python... Car la formule est assez simple :
le cosinus de l'angle formé entre 2 vecteurs est, par définition, le rapport du produit scalaire des vecteurs sur le produit des normes :
cos a = (XaXb+YaYb+ZaZb) / sqrt((Xa²+Ya²+Za²)(Xb²+Yb²+Zb² )).
J'ai surtout besoin d'aide pour ouvrir le fichier, lire a la bonne ligne et à la bonne colonne les coordonnées, et les inserer dans le programme, qu'il faut construire grace à ce calcul.
Merci !

[Matthieu Brucher]

Sans exemple, ça va être difficile ! Tu as la fonction fromfile de Numpy qui devrait t'aider, mais sans information supplémentaire, ça va être difficile

[Manudu38]

C'est vrai que je n'ai pas été clair... En fait je dispose d'un fichier .pdb (un fichier texte si vous voulez) avec des caracteres en colonnes :
ATOM, position de l'atome, types d'atome, type de chaine, position de l'acide aminé, et enfin position x, position Y, position Z, (et puis deux autres parametres).
Voci le debut du fichier :

HEADER LYASE 29-FEB-08 3CEP
COMPND TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN;
EXPDTA X-RAY DIFFRACTION
ATOM 1 N GLU A 2 35,805 24,256 31,666 1.00 29,78
ATOM 2 CA GLU A 2 35,369 23,644 30,375 1.00 29,85
ATOM 3 C GLU A 2 35,184 24,697 29,275 1.00 29,55

J'aurai besoin d'aide pour recupérer les positions X Y et Z pour certaines lignes, et appliquer ma fonction pour calculer l'angle. Exemple ici pour la ligne 1 :
X : 35,805 Y : 24,256 Z : 31,666.

Merci beaucoup par avance.

[Matthieu Brucher]

OK, donc tu peux lire ligne par ligne (for line in open(f)) puis splitter la ligne (line.split()). Si le nombre de découpages est assez important (ie c'est un atome et non un en-tête), tu récupères les éléments [6], [7] et [8] dans ta liste et tu les convertis en flottant (fonction float()).