Quel(s) module(s) pour des alignements?

**angioedema** · 11/01/2010, 11h24

Bonjour à tous,

Voila j'ai un problème, j'ai beau faire des recherches mes pensées sont peu clair. J'ai fais une première partie de programme qui me permet de recuperer sur ncbi les différentes séquences codant pour une enzyme x. Mon but est de réaliser un alignement afin de vérifier si il y a ou non similitude entre ses différentes séquences obtenues. Je suppose que cet alignement doit être de type multiple.

Pour cela j'ai lu plusieurs sujet et je ne sais toujours pas comment procéder et quels modules utilisés, pourriez-vous m'aider svp?

je sais seulement que pour des alignement multiple il faut utililiser ClustalW et donc le module qui lui ai associé. Mais j'ai aussi vu le module Bio::Tools::Run::StandAloneBlast:. Lequel serait le mieux?
De plus si je dois utiliser le module Clustalw, qui me semble le plus judicieux ici, dois-je instaler des bdd locales ou d'autres modules annexes?

merci de votre attention ^^

**Jasmine80** · 11/01/2010, 11h53

Tu dois utiliser le module use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw.

Tu dois évidemment installer Clustalw. Une DB n'est pas nécessaire, tu peux donner en entrée au programme un fichier avec tes séquences.

Bio::Tools::Run::StandAloneBlast, est pour les Blast, donc des alignements locaux contrairement à ClustalW qui fait des alignements globaux. Cela dépend donc de ce que tu veux faire, comparer tes séquences localement ou globalement.

N'hésite pas poser d'autres questions si ce n'est pas clair.

**angioedema** · 11/01/2010, 14h41

Mes séquences ne sont pas de taille égale et je ne sais pas si elles sont similaires vu que c'est le but de ma recherche donc je supose que je dois obligatoirement passer par un alignement local.
Le problème c'est que j'ai plusieurs séquences donc si je les traitent en local, soit deux à deux, je ne risque pas d'avoir un temps d'execution long au niveau du programme?
du coup je dois utiliser le module Bio::Tools::Run::StandAloneBlas mais dois-je installer autre chose en complément?

merci pour votre réponse

**Jasmine80** · 11/01/2010, 14h47

Envoyé par angioedema

Le problème c'est que j'ai plusieurs séquences donc si je les traitent en local, soit deux à deux, je ne risque pas d'avoir un temps d'execution long au niveau du programme?

Cela dépend de la taille de tes séquences, de leur nombre ainsi que de ton processeur. Mais en général Blast est très rapide, je n'ai jamais eu de problème de temps d'exécution, essaie et tu verras.

Envoyé par angioedema

du coup je dois utiliser le module Bio::Tools::Run::StandAloneBlas mais dois-je installer autre chose en complément?

^^ oui, installer Blast.exe me semblerait une bonne idée

**angioedema** · 11/01/2010, 15h33

je viens de voir mes chefs de projets qui m'ont indiqué que cet alignement leur permettra de dessiner des amorces. L'alignement utilisé les importe peu du moment que la longueur des séquences ne varient pas trop pour un alignement global mais l'alignement local est plus précis selon eux. J'ai récupéré 4 de mes séquences et leur longueur est de 726 b à 816 b.

Je souhaiterais juste un conseil, penseriez-vous que je reste sur la méthode d'alignement local?

pour mon projet j'ai au maximum 33 sequences différentes. Seulement mon programme doit être généraliste et dois être opérationnel quel que soit l'enzyme à partir de laquelle ils partent.

merci pour votre réponse

**Jasmine80** · 11/01/2010, 15h38

Envoyé par angioedema

Je souhaiterais juste un conseil, penseriez-vous que je reste sur la méthode d'alignement local?

Si le but est de définir des amorces, à ta place, j'essaierais avec un alignement global, ça serait plus simple, tu pourras t'aider de la séquence consensus.

A titre informatif, j'ai aligné avec ClustalW 114 séquences de 3000 à 3500 nucléotides et c'est un bel alignement ^^ mais il a fallu 2h. Enfin vu ton problème, ce sera beaucoup plus rapide. Assure toi que tes séquences soient dans la même orientation.

**angioedema** · 11/01/2010, 15h46

ok merci ^^

je vais regarder comment faire avec ClustalW parce que je n'ai aucune idée sur l'utilisation du module associé. Je repasserais en cas de question.

merci encore