Je suis utilisateur de SVN sous Eclipse et de Tortoise et je peux te dire que j'ai toujours les deux sous la main tout simplement parce que les possibilités ne sont pas toujours identiques.
Donc sinon, je pense avoir compris tes contraintes et a priori, il n'y a rien de compliqué mais il va falloir faire des choix.
Si tu ne peux pas créer ta branche c'est effectivement parce que SVN détecte une différence entre le projet local et celui qui est sur le repository. Du coup l'option de création doit être conditionnée par rapport à ça et même si théoriquement ça ne devrait pas franchement gêner, c'est ainsi (sous Tortoise il est probable que ça fasse la même chose mais bon...).
Donc appliquer un filtre "Eclipse" ne sert effectivement à rien puisque ça ne doit faire que masquer le problème. Le status SVN du projet est le même, le filtre n'as pas d'impact même si visuellement il te le fait croire. C'est la même différence qu'il peut y avoir entre une vue logique (comme Package) et une vue physique (comme Navigator et encore...).
Donc, les possibilités sont les suivantes (que tu soies ou non autorisé à les mettre en application) :Versionner le ou les fichiers créés lors de l'import à la condition que ceux-ci puissent convenir également aux autres intervenants sur le même projet. Autrement dit, qu'ils ne contiennent rien qui soit dépendant de ta propre machine tels que des liens absolus.
ouMettre en "ignore" SVN les fichiers qui ne doivent pas être versionnés, puis commiter le répertoire qui les contient. Et donc tout le monde pourra avoir son ou ses propres fichiers .project ou .cproject et personne ne pourra les commiter. Peut-être même que la mise en ignore de ces fichiers est un oubli ... ? Si ce n'est pas le cas, alors cela signifie peut-être qu'Eclipse n'était pas l'EDI de départ et comme ces fichiers sont propres à un environnement Eclipse, ils ne sont donc pas identifiés comme à versionner ou à ignorer.
Voilà, donc une fois que tu sauras quelle option prendre, ton projet pourra être parfaitement synchrone et tout devrait rentrer dans l'ordre.
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