Discussion :

[TopCao]

Salut à tous,

J'ai posté récement sur le forum pour avoir un ptit coup de main sur l'optimisation de mon prog de fitting.
Depuis il marche très bien, un peu plus vite mais je voulais gagner du temps en multithreadant. Ma version étudiant ne me permet pas d'avoir accès à ces fonctions, mais l'ordi de mon patron a une version de matlab intégrale sur quadcore.
Du coup j'ai essayé de lancer le prog en remplacant une de mes boucles FOR par PARFOR mais il me retourne en permence une erreur de prog que je n'arrive pas à résoudre.

Voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Algorithme d'extraction compartimentale par fitting %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 
clear all;close all;clc;% Vide toute la mÈmoire pour plus de claretÈ
tic;% Initialise le timer
slice = 4; % Coupe anatomique ‡ analyser
%% Place les images en mÈmoire dans une matrice image
diffIm = zeros(128,128,48) ;
for i =1:48
    n = i*8 - slice;
    diffIm(:,:,i) = dicomread(sprintf('Diff%03d',n));
end
 
% PrÈpare les 6 images paramÈtriques
res_image=zeros(128,128,6);
 
% DÈclare les valeurs de b
XVAL = 0 : 100: 4700  ;
XVAL = XVAL(:);
 
% Compteur d'itÈrations
h = waitbar(0,'Calcul du fitting en cours...');
steps = 8910;
step = 1;
matlabpool close force local
matlabpool(4)
% Pour Chaque pixel
parfor x= 10:119
    for y= 24:104
        %CrÈe un tableau contenant les diffÈrentes valeur du signal en (x,y)
        YVAL = double(diffIm(x,y,:));
 
        % Fit les donnÈes contenues dans le tableau experimentalValue
        paramValue = createFit(XVAL,YVAL);
 
        % InsËre les valeurs des paramËtres retournÈs dans une matrice
        for k=1:6
            res_image(x,y,k) = paramValue(k);
        end
 
        % Affiche le % d'itÈrations de la double boucle dÈja effectuÈ
        step = step+1;
        waitbar(step / steps)
    end
end
 
close(h)
toc

Voici le message d'erreur :

Sending a stop signal to all the labs ... stopped.
Destroying 1 pre-existing parallel job(s) created by matlabpool.

Starting matlabpool using the 'local' configuration ... connected to 4 labs.
??? Error: The variable res_image in a parfor cannot be classified.
See Parallel for Loops in MATLAB, "Overview".

Error in ==> Compex at 29
parfor x= 10:119

Si l'un de vous à une idée je suis preneur

A bientôt

[tug83]

Comme indiqué dans le message d'erreur il faut lire la doc, c'est le résulat attendu que tu obtiens

La petite note technique:
Why am I unable to assign values to matrix blocks like A(10:20,i) inside my PARFOR loop in Parallel Computing Toolbox 4.1 (R2009a) ?

et la doc Overview

[TopCao]

Oui j'ai bien lu la notice
Si je comprends bien il veut une "sliced variable"
Alors j'ai modifié dans tous les sens mon prog mais rien n'y fait il me retourne toujours ce message

[TopCao]

Hum, alors j'ai essayé de tout bien déclarer et j'ai mis mon parfor dans la 2ème boucle mais j'obtiens la chose suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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clear all;close all;clc;
tic;
slice = 4;
diffIm = zeros(128,128,48) ;
for i =1:48
    n = i*8 - slice;
    diffIm(:,:,i) = dicomread(sprintf('Diff%03d',n));
end
 
res_image=zeros(128,128,6);
XVAL = 0 : 100: 4700  ;
XVAL = XVAL(:);
h = waitbar(0,'Calcul du fitting en cours...');
steps = 8910;
step = 1;
k=1:6;
for x=10:119
    parfor y=24:104
        YVAL = double(diffIm(x,y,:));
        paramValue = createFit(XVAL,YVAL);
        res_image(x,y,k) = paramValue(k);
        step = step+1;
        waitbar(step / steps)
    end
end
close(h)

??? Error: The variable step is
perhaps intended as a reduction
variable, but is actually an
uninitialized temporary.
See Parallel for Loops in
MATLAB, "Temporary Variables
Intended as Reduction
Variables".

Error in ==> Compex at 22
parfor y=24:104

Je ne vois pas comment je pas réutiliser y entre YVAL et res_image...

[Jean Dumoncel]

Comme te l'indique le message d'erreur, le problème vient de la variable step. Je ne connais pas bien la parallel computing toolbox mais ça me paraît logique : tu fais des boucles en paralleles, comment veux-tu incrémenter la variable step alors que les boucles sont effectués au même moment?

Il faut sortir la waitbar de ta boucle parfor, en la mettant dans la boucle for par exemple.

[TopCao]

Bon alors j'ai revu et simplifé mon code au maximum
J'ai tout déclaré avant la boucle
MAIS ca ne marche toujours pas

Je ne dois pas voir quelque chose ...

Code :

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clear all;close all;clc;tic;
matlabpool close force local;
matlabpool(4);
slice = 4;
diffIm = zeros(128,128,48) ;
for i =1:48
    n = i*8 - slice;
    diffIm(:,:,i) = dicomread(sprintf('Diff%03d',n));
end
 
res_image=zeros(128,128,8);
XVAL =( 0 : 100: 4700).';
fo_ = fitoptions('method','NonlinearLeastSquares',...
    'MaxFunEvals',600,'MaxIter',400,...
    'Lower',[ 25  25  25 0.00001 0.0015 0.0025 10],...
    'Upper',[255 255 255  0.0015 0.0025 0.0035 14]);
st_ = [25 75 150 0.001 0.002 0.003 12];
set(fo_,'Startpoint',st_);
ft_ = fittype('a1*exp(-b1*x)+a2*exp(-b2*x)+a3*exp(-b3*x)+noise',...
    'dependent',{'y'},'independent',{'x'},...
    'coefficients',{'a1', 'a2', 'a3', 'b1', 'b2', 'b3', 'noise'});
k=1:7;
for x_=1:128
    parfor y_=1:128
        YVAL = double(diffIm(x_,y_,:));
        YVAL = YVAL(:);
        res_image(x_,y_,k) = coeffvalues(fit(XVAL,YVAL,ft_,fo_));
    end
end
 
toc

??? Error using ==>
parallel_function at 594
Error in ==> strmatch at 18
Requires character array or cell
array of strings as inputs.

Error in ==> Compex at 29
parfor y_=1:128